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赵奇一

新虫 (小有名气)

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[求助] QE新手编辑的输入文件在运行中报错，希望能给予解答，谢谢... 已有1人参与

通过查看其他朋友的内容，我尝试编辑了一个输入文件，如下：
&control
calculation='scf'
restart_mode='from_scratch',
pseudo_dir = './',
outdir='./'
prefix='mos2'
tstress = .true.
tprnfor = .true.
/
&system
ibrav = 14, celldm(1) =9.498009, celldm(2) =1.0, celldm(3) =1.9383, celldm(4) =0.0, celldm(5) =0.0, celldm(6) =-0.5, nat= 27, ntyp= 2,
ecutwfc = 25.0, ecutrho = 300.0
occupations='smearing', smearing='gaussian', degauss=0.02
/
&electrons
diagonalization='david'
conv_thr = 1.0e-8
mixing_beta = 0.7
/
ATOMIC_SPECIES
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
ATOMIC_POSITIONS
Mo 0.2222222222222225 0.1111111111111112 0.3333333333333334
Mo 0.5555555555555558 0.1111111111111112 0.3333333333333334
Mo 0.8888888888888892 0.1111111111111111 0.3333333333333334
Mo 0.2222222222222225 0.4444444444444446 0.3333333333333334
Mo 0.5555555555555558 0.4444444444444445 0.3333333333333334
Mo 0.8888888888888892 0.4444444444444445 0.3333333333333334
Mo 0.2222222222222225 0.7777777777777779 0.3333333333333334
Mo 0.5555555555555558 0.7777777777777780 0.3333333333333334
Mo 0.8888888888888892 0.7777777777777779 0.3333333333333334
  S 0.0000000000000003 0.0000000000000002 0.2477001629549158
  S 0.0000000000000003 0.0000000000000002 0.4199000543183055
  S 0.3333333333333336 0.0000000000000002 0.2477001629549158
  S 0.3333333333333336 0.0000000000000002 0.4199000543183055
  S 0.6666666666666669 0.0000000000000001 0.2477001629549158
  S 0.6666666666666669 0.0000000000000001 0.4199000543183055
  S 0.0000000000000003 0.3333333333333335 0.2477001629549158
  S 0.0000000000000003 0.3333333333333335 0.4199000543183055
  S 0.3333333333333336 0.3333333333333335 0.2477001629549158
  S 0.3333333333333336 0.3333333333333335 0.4199000543183055
  S 0.6666666666666669 0.3333333333333334 0.2477001629549158
  S 0.6666666666666669 0.3333333333333334 0.4199000543183055
  S 0.0000000000000003 0.6666666666666669 0.2477001629549158
  S 0.0000000000000003 0.6666666666666669 0.4199000543183055
  S 0.3333333333333336 0.6666666666666669 0.2477001629549158
  S 0.3333333333333336 0.6666666666666669 0.4199000543183055
  S 0.6666666666666669 0.6666666666666669 0.2477001629549158
  S 0.6666666666666669 0.6666666666666669 0.4199000543183055
K_POINTS (automatic)
8 8 8 0 0 0
运行不顺利，输出文件如下
Program PWSCF v.5.1.2 starts on  9Jul2015 at 11:51:38

   This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
   for quantum simulation of materials; please cite
      "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
      URL http://www.quantum-espresso.org",
   in publications or presentations arising from this work. More details at
   http://www.quantum-espresso.org/quote

   Serial version
   Waiting for input...
   Reading input from standard input

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
   Error in routine  card_atomic_species (2):
   two occurrences of the same atomic label
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

   stopping ...
应该怎么修改，请教各位大神

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1楼 2015-07-09 12:03:04

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KalaShayminS

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
赵奇一: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-07-09 18:35:39

ATOMIC_SPECIES 里面是一种原子一行。

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2楼2015-07-09 13:19:49

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赵奇一

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2楼: Originally posted by KalaShayminS at 2015-07-09 13:19:49
ATOMIC_SPECIES 里面是一种原子一行。

抱歉啊，我按您说的将输入文件相应的部分改为：
ATOMIC_SPECIES
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
之后，输出文件结果还是不行，显示如下：
Program PWSCF v.5.1.2 starts on  9Jul2015 at 15: 6:53

   This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
   for quantum simulation of materials; please cite
      "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
      URL http://www.quantum-espresso.org",
   in publications or presentations arising from this work. More details at
   http://www.quantum-espresso.org/quote

   Serial version
   Waiting for input...
   Reading input from standard input
   Message from routine read_cards :
   DEPRECATED: no units specified in ATOMIC_POSITIONS card
   Message from routine read_cards :
   ATOMIC_POSITIONS: units set to alat

   Current dimensions of program PWSCF are:
   Max number of different atomic species (ntypx) = 10
   Max number of k-points (npk) =  40000
   Max angular momentum in pseudopotentials (lmaxx) =  3
同时，命令窗口显示为：
zhaoqiyi@zhaoqiyi-HP-G42-Notebook-PC:~$ pw.x<Mos2.scf.in>Mos2.scf.out
########################################################################################################################
# FROM IOTK LIBRARY, VERSION 1.2.0
# UNRECOVERABLE ERROR (ierr=2)
# ERROR IN: iotk_getline (iotk_scan.f90:947)
# CVS Revision: 1.23
#
iostat=5001
# ERROR IN: iotk_scan_tag (iotk_scan.f90:593)
# CVS Revision: 1.23
# ERROR IN: iotk_scan (iotk_scan.f90:821)
# CVS Revision: 1.23
# ERROR IN: iotk_scan_end (iotk_scan.f90:241)
# CVS Revision: 1.23
# foundl
########################################################################################################################
zhaoqiyi@zhaoqiyi-HP-G42-Notebook-PC:~$
是不是我机子编译器的问题？

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3楼2015-07-09 15:12:46

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引用回帖:

3楼: Originally posted by 赵奇一 at 2015-07-09 15:12:46
抱歉啊，我按您说的将输入文件相应的部分改为：
ATOMIC_SPECIES
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
S 32.0 S.blyp-hgh.UPF
之后，输出文件结果还是不行，显示如下：
Program PWSCF v.5.1.2 starts on 9Jul2015 ...

这个看起来是赝势文件有问题。另外，你的两个赝势用的是不一样的泛函，就算能算，计算结果也没有意义。

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4楼2015-07-09 17:46:35

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4楼: Originally posted by KalaShayminS at 2015-07-09 17:46:35
这个看起来是赝势文件有问题。另外，你的两个赝势用的是不一样的泛函，就算能算，计算结果也没有意义。...

谢谢你的帮助。我的赝势文件是在官网上复制粘贴的...那我再试试。对了，我在进行石墨烯的nscf计算时，总失败，报错为：error in routine pw_readfile(1):error opening xml data file但是进行Si的nscf计算时就不会出现这种情况，这个又该怎么解决╮(╯_╰)╭

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5楼2015-07-09 18:09:08

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5楼: Originally posted by 赵奇一 at 2015-07-09 18:09:08
谢谢你的帮助。我的赝势文件是在官网上复制粘贴的...那我再试试。对了，我在进行石墨烯的nscf计算时，总失败，报错为：error in routine pw_readfile(1):error opening xml data file但是进行Si的nscf计算时就不会 ...

赝势有其特定的泛函，不同的不能混用。请先看看第一性原理计算的基本知识。
后面这个只能检查写的输入文件和scf产生的.save文件夹。

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6楼2015-07-09 18:16:34

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6楼: Originally posted by KalaShayminS at 2015-07-09 18:16:34
赝势有其特定的泛函，不同的不能混用。请先看看第一性原理计算的基本知识。
后面这个只能检查写的输入文件和scf产生的.save文件夹。...

不好意思，关于赝势的问题已经解决了。谢谢您

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7楼2015-07-09 18:35:18

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