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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 蛋白质与配体的N-O与O-O之间形成的是什么键
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liusijie1982

新虫 (初入文坛)

[交流] 蛋白质与配体的N-O与O-O之间形成的是什么键

我看蛋白质和小分子配体的之间作用力的时候，显示氢键，结果发现蛋白质和配体之间N-O,O-O之间都用氢键连着，以前从来没有遇到这种情况，请教大家一下，这是什么键阿，不会是共价键吧
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1楼 2008-08-02 22:02:07
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
使用什么图形化软件？分子文件是什么格式？
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2楼2008-08-03 13:32:56
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liusijie1982

新虫 (初入文坛)
用的是MMV软件，是把gold对接后的蛋白和小分子输到里面看对接结果的 ,都是mol2格式的
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3楼2008-08-03 17:21:16
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
呃……没用过这个软件，不过很多软件考虑氢键的距离并不计入氢原子而只是计算重原子的距离，我想你遇到的可能是这样的情况，并不代表两个重原子之间成键。
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4楼2008-08-03 21:08:21
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abeyance0602

铜虫 (正式写手)
是不是之间有水介导拉？
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5楼2008-08-10 11:30:36
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