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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 3'RACE引物设计问题
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canfeng2008

银虫 (正式写手)

[交流] 3'RACE引物设计问题

3'RACE的引物设计
已知一段cDNA，要进行3'RACE，用的是TaKaRa的试剂盒，请问只用设计上游的特异性引物吗? 引物的Tm值,GC含量,长度有什么要求上吗?说明书上什么都没说.在些先谢谢了.
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1楼 2008-08-02 21:07:31
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wangning-188

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
reasonspare(金币+3,VIP+0):谢谢分享，欢迎常来
Tm为37－65度，长度一般为18－25个碱基，只需设计上游引物就行了
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2楼2008-08-03 08:40:35
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figo.339

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
reasonspare(金币+3,VIP+0):谢谢分享，欢迎常来
基因特异性引物（GSPs）应该是：
   􀂙23－28nt
   􀂙引物GSP中的GC含量要在50－70％之间。这样可以使用降落PCR。避免使用自身互补性的引物序列，否则会产生回折和形成分子内氢键。另外，避免使用与AP1互补的引物，尤其是在3‘末端。
   􀂙Tm值≥65度，Tm值≥70度可以获得好的结果
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3楼2008-08-03 08:43:08
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canfeng2008

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by figo.339 at 2008-8-3 08:43:
基因特异性引物（GSPs）应该是：
   􀂙23－28nt
   􀂙引物GSP中的GC含量要在50－70％之间。这样可以使用降落PCR。避免使用自身互补性的引物序列，否则会产生回折和形成分子内氢键。另 ...

这是clotech说明书上的要求,和TAKARA应该不一样的吧?
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4楼2008-08-03 09:17:27
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canfeng2008

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wangning-188 at 2008-8-3 08:40:
Tm为37－65度，长度一般为18－25个碱基，只需设计上游引物就行了

和普通的PCR引物一样的吗?没有什么个别的要求吗?
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5楼2008-08-03 09:18:21
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beckham277

木虫 (职业作家)
设计好你的上游引物  控制好温度
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6楼2008-08-03 20:20:44
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xiaochong0101

铜虫 (小有名气)
只需要设计上游引物，和普通PCR引物的要求是一样的。
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7楼2008-08-04 14:38:47
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