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若两同源基因仅有一个碱基不同，有相关的分子标记技术将其区分开么？ 已有3人参与
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水稻两系不育系和恢复系中一段关键基因，仅其中一个碱基突变，在该位点形成终止密码子而不能表达，构成不育性状。现师兄想让我通过设计分子标记来区分不育系和恢复系，请问有可能么？应该怎么做？ |
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 植物病原细菌学 | 核酸方面 |
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【答案】应助回帖
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-07-12 23:18:09
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-07-12 23:18:09
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不管是不是碰运气，先要用软件分析下单碱基变化是否有酶切位点的变化，这步分析很简单，如果有，那就在该位点两侧设计一对引物，分别做PCR，然后用相应的酶对PCR产物做酶切，电泳，根据电泳结果很容易区分出两种基因型。如果分析没有酶切位点变化，那再考虑dCAPS法或SSCP法。 关于dCAPS的使用，在网站上有介绍，先自己看看。网址：http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html，打开后，页面上有个链接Instructions for how to use dCAPS Finder，打开后就是关于这个的说明：How to use the dCAPS Finder 2.0 program: Type or paste the two haplotypes, with no gaps in the sequence, into the boxes provided. The two sequences must be identical except for the SNP. The SNP should be in the middle of the sequence with approximately 25 nucleotides on each side. No more than 60 nucleotides should be entered in either box. A,C, G and T are the only valid characters that will be accepted by the program. In the box provided, enter the number of mismatches allowed in your PCR primer and run the program. The output from zero mismatches will show whether a CAPS marker is present. If a CAPS marker is not generated, enter 1 mismatch to search for a dCAPS marker. Increase the number of mismatches in each run until a potential dCAPS marker has been identified. The dCAPS primer should include the necessary mismatches 5` of the mutation and not include the SNP being analyzed. The reverse primer should be approximately 200 to 300 nucleotides 3` of the dCAPS primer such that the two haplotypes can be resolved, after digestion with the appropriate restriction endonuclease, on a high-resolution agarose or DNA-agar gel. 关于SSCP法，网上有很多介绍，原理很简单，就是做PCR，然后在聚丙烯酰胺胶上跑电泳，这种胶即使PCR产物有一个碱基差异，也能跑出差异。 |
8楼2015-07-07 00:40:37
liuderong
铁杆木虫 (正式写手)
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