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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】autodock4.0中Grid Box参数的设定

请教各位高手,我用autodock4.0对接后分析结果发现配体分子和受体分子距离好远,请问如何确保Grid的Center在蛋白上呢?
我对接的时候都把原蛋白中的配体删除了,然后用新的化合物进行对接,请问这种情况怎么设置参数?
“Center Grid Box是要求输入grid box的中心坐标值,是不是选择“Center on macromolecule”呢?
“number of points"是不是设置为60左右比较合适?
x,y,z的center一般如何设置呢?
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xxffliu

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
swordzj858(金币+2,VIP+0):Thanks
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
最好是你知道活性位点的残基位置,或者干脆选择一个口袋内部残基的CA原子,用文本编辑器打开PDB文件,记录这个原子的三维坐标,输入到center的x, y, z输入框中。
如果不知道口袋,Center on macromolecule也是可以的,不过number of points要设大一点,尽量使box包住整个蛋白,因为不知道口袋位置只能在蛋白表面都试一试了,当然这样计算量会非常大。
2楼2008-08-01 11:50:23
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