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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » MEME结果怎么分析？？？求助各位大神！
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殿外星辰

新虫 (初入文坛)

[求助] MEME结果怎么分析？？？求助各位大神！已有1人参与

请帮忙看一下：下面的图是用10个物种的RD22基因做的MEME分析结果，这个结果怎么看？怎么阐述？？？

MEME结果怎么分析？？？求助各位大神！
MEME1.png


MEME结果怎么分析？？？求助各位大神！-1
MEME2.png


MEME结果怎么分析？？？求助各位大神！-2
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MEME结果怎么分析？？？求助各位大神！-3
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1楼2015-06-30 17:30:43
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阿雝~哦

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 咕-咕-咕 at 2016-08-30 16:25:48
楼主你好！跪求MEME，实在找不到这个软件，在线的也打不开啊啊啊 ，可不可以发我个安装包呢？

可以打开链接直接在线分析https://meme-suite.org/meme/doc/meme.html
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11楼2022-04-14 12:06:23
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gnot_nail

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
殿外星辰: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-07-01 11:28:36
不同颜色的方块 表示不同的motif，一般来说 就看你分析的序列是不是有相同的motif，比如你分析物种A和B的同一个基因，那么他们结果应该是有一样的motif，而且位置数目基本上也差不多。这个motif长度参数是可以设置的，你设置不同的参数结果也会不一样。而每个motif里用碱基表示，字母越大表示该位点越保守。
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2楼2015-06-30 20:19:03
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殿外星辰

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gnot_nail at 2015-06-30 20:19:03
不同颜色的方块 表示不同的motif，一般来说 就看你分析的序列是不是有相同的motif，比如你分析物种A和B的同一个基因，那么他们结果应该是有一样的motif，而且位置数目基本上也差不多。这个motif长度参数是可以设置的 ...

非常感谢！！！ 我理解了一下，就是说这个基因就不是很保守吧，第一个图里字母是不是就是这个基因上的碱基，保守不需要是位置也是一样的吗？第二个图和第四个图里面小方块都是motif吧，结果差这么多是不是就是以为设置参数不一样？一个p-value 一个E-value 但这个也不是自己设置的啊，尤其第四个图里小方块的位置乱死了啊。。。
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3楼2015-07-01 10:01:14
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gnot_nail

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 殿外星辰 at 2015-07-01 10:01:14
非常感谢！！！ 我理解了一下，就是说这个基因就不是很保守吧，第一个图里字母是不是就是这个基因上的碱基，保守不需要是位置也是一样的吗？第二个图和第四个图里面小方块都是motif吧，结果差这么多是不是就是以为 ...

从你的结果图中不好看出明显的规律，第一图里的字母是软件里筛选出来的motif的碱基，一共有10个motif  你可以在一开始设置中搜索到的motif 数目和大小 这样看下得到的结果是不是一致的。比如你可以只设置3个motif 或者5个 然后motif大小可以稍微大一点 多试试其他参数 如果都是这种结果 那可能是你的基因本身比较不保守吧
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4楼2015-07-04 19:15:38
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