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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » [求助]如何从优化好的out文件中提取出三维数据
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tsihu

捐助贵宾 (小有名气)

[交流] [求助]如何从优化好的out文件中提取出三维数据

结构已经优化好了，在Gaussview，Chem3D，molstudio中都能显示三维构型，但是怎么才能提取出txt格式的三维空间数据啊。
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我思故我为
1楼 2008-07-31 11:46:44
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fspdlh

金虫 (正式写手)
★ ★
tsihu(金币+1,VIP+0):谢谢
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
可以将坐标和原子序数存成gjc文件从chemoffice里打开，就会显示分子。
在out文件中选择某列或者某几列用editplus比较方便
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7楼2008-08-02 20:05:25
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yuanqh_2006

新虫 (初入文坛)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
看不明白，你所说的三维结构指的可是分子的坐标？如果是的话只要在.out文件中取出收敛好的坐标即可。自己写成txt文件就好了。
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2楼2008-07-31 14:35:59
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tsihu

捐助贵宾 (小有名气)
就是分子的空间坐标，可是在out文件的哪个部分啊。

是在最后的 GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

下面紧接着的
Coordinates (Angstroms)
X           Y           Z
下面列出来的坐标吗

怎么用这些坐标在origin里面画出来的点组成的构型跟Gview里不一样啊。

不能用什么软件直接可以存为txt文件吗，ASCII格式的都行啊。
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我思故我为
3楼2008-07-31 15:22:51
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herosmzd

银虫 (正式写手)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
就是那个
Coordinates (Angstroms)
X           Y           Z

.out文件直接用记事本打开不就是了，还txt干吗
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4楼2008-08-01 09:25:05
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