24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 571  |  回复: 6
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子,参与交流,就有机会分得作者 tsihu 的 4 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

tsihu

捐助贵宾 (小有名气)

[交流] [求助]如何从优化好的out文件中提取出三维数据

结构已经优化好了,在Gaussview,Chem3D,molstudio中都能显示三维构型,但是怎么才能提取出txt格式的三维空间数据啊。
回复此楼
我思故我为
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fspdlh

金虫 (正式写手)

★ ★
tsihu(金币+1,VIP+0):谢谢
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
可以将坐标和原子序数存成gjc文件从chemoffice里打开,就会显示分子。
在out文件中选择某列或者某几列用editplus比较方便
7楼2008-08-02 20:05:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

yuanqh_2006

新虫 (初入文坛)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
看不明白,你所说的三维结构指的可是分子的坐标?如果是的话只要在.out文件中取出收敛好的坐标即可。自己写成txt文件就好了。
2楼2008-07-31 14:35:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tsihu

捐助贵宾 (小有名气)

就是分子的空间坐标,可是在out文件的哪个部分啊。

是在最后的 GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

下面紧接着的
Coordinates (Angstroms)
X           Y           Z
下面列出来的坐标吗

怎么用这些坐标在origin里面画出来的点组成的构型跟Gview里不一样啊。

不能用什么软件直接可以存为txt文件吗,ASCII格式的都行啊。
我思故我为
3楼2008-07-31 15:22:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

herosmzd

银虫 (正式写手)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
就是那个
Coordinates (Angstroms)
X           Y           Z

.out文件直接用记事本打开不就是了,还txt干吗
4楼2008-08-01 09:25:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料工程281还有调剂机会吗 +42 xaw. 2026-04-11 43/2150 2026-04-15 09:57 by ssssjqrr
[考研] 291求调剂 +5 关忆北. 2026-04-14 5/250 2026-04-15 09:30 by 逆水乘风
[考研] 求调剂 +9 小聂爱学习 2026-04-11 13/650 2026-04-14 19:18 by Art1977
[考研] 272分材料子求调剂 +41 Loy0361 2026-04-10 54/2700 2026-04-14 18:00 by lhj2009
[考研] 材料299专硕求调剂 +16 +21 2026-04-09 16/800 2026-04-14 17:06 by jiangguiquan11
[考研] 一志愿085502,267分求调剂 +19 再忙也要吃饭啊 2026-04-08 20/1000 2026-04-14 16:03 by zs92450
[考研] 279学硕食品专业求调剂院校 20+6 孤独的狼爱吃羊 2026-04-12 28/1400 2026-04-14 15:44 by zs92450
[考研] 农学0904 312求调剂 +4 Say Never 2026-04-11 4/200 2026-04-14 09:10 by zs92450
[考研] 一志愿211 0703化学 346分求调剂 +26 土豆er? 2026-04-09 29/1450 2026-04-13 15:15 by 独醉梦孤城
[考研] 生物学调剂,一志愿西南大学348,Top期刊一区二作、二区三作,三等奖学金三次 +5 candyyyi 2026-04-09 5/250 2026-04-13 09:02 by 可淡不可忘
[考研] 本科南方医科大学 一志愿985 药学学硕284分 求调剂 +5 弱水听文 2026-04-09 5/250 2026-04-12 13:16 by shengxi123
[考研] 326求调剂 +6 Shansyn 2026-04-10 6/300 2026-04-12 09:46 by hammer3
[考研] 263能源动力专硕求调剂 +3 加大号饭盒袋 2026-04-10 3/150 2026-04-10 22:23 by 286640313
[考研] 083200 305分 求二轮调剂 不接受跨专业 +9 Claireyyyy 2026-04-09 10/500 2026-04-10 21:21 by Claireyyyy
[考研] 309求调剂 +14 wdhw 2026-04-10 15/750 2026-04-10 21:06 by zhouxiaoyu
[考研] 263能源动力专硕求调剂 +4 加大号饭盒袋 2026-04-10 4/200 2026-04-10 20:52 by gong120082
[考研] 314求调剂 +18 xhhdjdjsjks 2026-04-09 19/950 2026-04-10 18:53 by HPUCZ
[论文投稿] mdpi小修rvr时间四五天了 20+3 哈哈high 2026-04-08 5/250 2026-04-10 16:02 by 北京莱茵润色
[考研] 求调剂 +11 翩翩一书生 2026-04-09 13/650 2026-04-10 10:27 by liuhuiying09
[考研] 复试调剂,一志愿郑州大学材料与化工289分 +31 硕星赴 2026-04-08 31/1550 2026-04-09 16:54 by Delta2012
信息提示
请填处理意见