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【求助】关于模拟盒和边界条件问题(硬着头皮继续问)
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继续问一些非常基础甚至会有点小白的问题哟，希望大家拍轻点。 这类问题我一直感觉自己是一知半解，希望高手们能点拨一下，小女子跪谢呢~ 1. 模拟盒的作用 模拟盒是在任何一类分子动力学模拟中都是必须定义的吗？ 如果模拟的对象在三个方向上都是采用自由边界条件，而且也不会涉及到NPT系综的计算，那么模拟盒的定义是否就没有意义，故而可以不定义呢？ 2. 模拟盒大小的选取 模拟盒大小的选取主要根据模拟对象的规模以及模拟对象的密度来确定的吗？ 对于模拟对象需要使用周期性边界条件的问题，模拟盒在这些方向上的长度确定有什么原则吗？如果说，一个模拟对象有5*5*5这么大，如果在X，Y，Z三个方向都采用周期性边界条件，那么模拟盒在这三个方向上应该取最接近模拟对象在这些方向上的长度，还是有别的规则呢？ |
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------------------------------------------------------------------------------------------- 嗯，模拟对象的范围不是可以通过模拟对象在三个方向的坐标来体现吗？ 比如说，模拟对象是7*8*3的，这样不就知道它的大小了吗？ 而如果对其采用自由边界条件，那么模拟盒就是取比7*8*3大得多的空间盒，比如100*100*50，对吧？可问题是，当边界设定为自由边界时，计算的时候，基本不会用到模拟盒的这个尺寸了，基本上都是用的模拟对象的尺寸呀！那这个模拟盒的定义看起来不是就可有可无呢？ 再比如说，模拟碳纳米管时，如果碳纳米管的管径和管长都设定为有限的，那么这个时候边界不能使用周期性的，可能会采用固定边界或者补氢来处理，这时定义一个模拟盒把碳纳米管置于其中，这个模拟盒起到的是什么作用呢？因为我们研究的对象有非常具体的尺寸呀，可以不需要由模拟盒来给出模拟的范围呀。 还是很困惑。。。。。。。。。。。。。。 |
5楼2008-07-30 10:16:50
2楼2008-07-30 09:06:48
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-------------------------------------------------------------------------------------- 非常谢谢你的解答 不过我还是有不明白的地方 1. 必须定义。三维自由边界就是一个纳米颗粒 可以将边界取的无限大 当然大到超出势的截尾就行了 -------------------------------------------------------------------------------------------- 您的意思是说，不管什么边界问题，模拟盒都需要定义吗？ 可是我不明白的地方是，如果假设三个方向上都用自由边界条件或者固定边界条件或者其他边界条件(但不使用周期性边界条件)，那模拟盒定义了有什么意义呢？它的作用体现在哪里呢？貌似在这些情况下，原子的坐标也不需要通过周期性原则来替换，计算力时也不需要采用镜像原则，那模拟盒的作用就没体现出来了，除非是要算系统的密度时才会有用吧。 “MD中一般为相对坐标 将原子坐标约化到比0.5小很多就行了” 这句话我不明白 您指的是采用无量纲化的坐标吗? 对于有具体构型的材料，原子间坐标相关性不是根据材料的化学结构来确定的吗？原子的单位不是可以采用nm或者angstrom等单位来描述吗？ |
3楼2008-07-30 09:51:03
4楼2008-07-30 10:04:53