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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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shenl891

铁虫 (初入文坛)

[求助] amber的问题| Note: 1-4 EEL scale factors are being read from the topology file. 已有1人参与

我想请教一个关于amber的问题。刚接触,做网站的例子b1.能量最小化我算出的结果与例子不太一样,于是我把网站上提供的拓扑文件和坐标文件拷出来核对一下,拓扑文件是相同的,坐标文件不同,把他们拷过来替换原来的文件,重新算,提示出错输出文件到这里就没有了。问题出在哪里呢。


还有一个问题,我之前自己算出的结果输出文件和网站上的输出文件多了两行文字(note这两行),是什么意思呢?



|     Memory Use     Allocated
|     Real               42224
|     Hollerith           1936
|     Integer           153430
|     Max Pairs         203203
|     nblistReal          7656
|     nblist Int        703438
|       Total             4538 kbytes

| Note: 1-4 EEL scale factors are being read from the topology file.

| Note: 1-4 VDW scale factors are being read from the topology file.
| Duplicated    0 dihedrals
| Duplicated    0 dihedrals

amber的问题| Note: 1-4 EEL scale factors are being read from the topology file.
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asb
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dxl20132009

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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shenl891: 金币+5, 有帮助 2015-08-17 15:56:47
坐标不一样很正常,可能是参考原点不一样,至于输出文件多了几行,是因为用的软件版本不一样吧。

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2015-06-14 09:16:38
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