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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 气体在石墨烯空隙中扩散动力学模拟报错、失败
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)

[求助] 气体在石墨烯空隙中扩散动力学模拟报错、失败 已有1人参与

我想模拟CH4分子在石墨烯孔道中的扩散问题，我是这样做的：1.构建石墨烯孔道结构并优化；2.构建一定密度的CH4气体盒子并优化；3.通过“Built Layers”构建Layers结构，并优化；4.跑动力学（NVT、298K、步长1fs、时间10000ps、Andersen控温）
但是在跑到产不多一半的时候就报错，提示能量偏差超过设定值。并且能量和温度曲线呈现上升趋势（如下图）。并且同样的模型在其他密度下（气体盒子中CH4密度不同）都成功计算了，只有在这个密度下的计算失败了。".out"文件如附件所示

气体在石墨烯空隙中扩散动力学模拟报错、失败
温度、能量曲线.png
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1楼 2015-06-10 23:06:09
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-06-11 10:18:13
设定的NVT系综298K居然能升到8000K，很明显哪里设置有问题，这个你自己检查一下，能量差超过定值应该也是因为温度升高这么多引起的

至于1楼说的步长，一般设定是0.1fs不会出现能量偏大的问题

我步长设置的是1fs，我觉得主要原因可能是温度控制出了问题。昨天我试着把控温方法改成了Nose，算了一多半了目前看来温度和能量曲线都正常
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4楼2015-06-11 15:10:40
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sutaolong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
缩短步长试试。估计是系统计算的能量值与实际可能不相符，肯定就是不可能发生的。

[ 发自小木虫客户端 ]
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未来不是未知数，尽在努力！
2楼2015-06-10 23:20:32
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
设定的NVT系综298K居然能升到8000K，很明显哪里设置有问题，这个你自己检查一下，能量差超过定值应该也是因为温度升高这么多引起的

至于1楼说的步长，一般设定是0.1fs不会出现能量偏大的问题
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2015-06-11 10:18:13
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小虫_sang at 2015-06-11 15:10:40
我步长设置的是1fs，我觉得主要原因可能是温度控制出了问题。昨天我试着把控温方法改成了Nose，算了一多半了目前看来温度和能量曲线都正常...

嗯 换个控温可能会好点
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2015-06-11 15:15:42
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