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libugou

金虫 (正式写手)

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[交流] 求助dock对接后，结合常数的计算？

dock对接后，相互作用能
E(int) = E(vdw )+ E(elec)

根据热力学原理，结合自由能和结合常数K,存在定量的关系：ΔG=RTLnK

请叫高人，E(int)和ΔG是什么关系，如何转换？

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1楼 2008-07-25 01:06:37

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wfeigo

新虫 (初入文坛)

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★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！

dock上的打分比较粗糙，不能用作结合自由能计算，

你用autodock算一下就知道了， autodock得分就有两项：
Estimated free energy 和 docked energy 好像，docked energy 不考虑 torsional energy 的
而且 autodock 里就同时根据上面的公式给出了 Ki 值

准确的说dock只是某种评价的打分，与结合自由能计算相去甚远

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2楼2008-07-31 13:38:49

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libugou

金虫 (正式写手)

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谢谢楼上的指点！我再试试。

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3楼2008-08-04 22:17:47

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