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libugou

金虫 (正式写手)

[交流] 求助dock对接后,结合常数的计算?

dock对接后,相互作用能
E(int) = E(vdw )+ E(elec)

根据热力学原理,结合自由能和结合常数K,存在定量的关系:ΔG=RTLnK

请叫高人,E(int)和ΔG是什么关系,如何转换?
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wfeigo

新虫 (初入文坛)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
dock上的打分比较粗糙,不能用作结合自由能计算,

你用autodock算一下就知道了, autodock得分就有两项:
   Estimated free energy 和 docked energy 好像,docked energy 不考虑 torsional energy 的
   而且 autodock 里就同时根据 上面的公式给出了 Ki 值  

准确的说dock只是某种评价的打分,与结合自由能计算相去甚远
2楼2008-07-31 13:38:49
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libugou

金虫 (正式写手)

谢谢楼上的指点!我再试试。
3楼2008-08-04 22:17:47
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