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数字表达谱 已有2人参与
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在诺和之源做了数字表达谱，回来的数据有一项是rna-seq整体质量评估，搞得我一头雾水，就发邮件问他们的技术人员，解释是rna-seq只表示rna测序的意思，不是指转录组，是这样的吗？ 并且还被告知，数字表达谱文库构建流程和转录组文库构建流程是一样的，图片左边没见过，右边是数字表达谱文库构建流程。 DGE文库构建不应该是：提取样品总RNA并富集mRNA，将其反转录成cDNA，用NlaIII限制性内切酶识别并切断cDNA上的CATG位点，在5’端连接上Solexa测序接头A，再用MmeI限制性内切酶切断CATG位点下游17 bp处，得到带有接头A的标签，然后在标签3’端连接Solexa测序接头B，从而得到两端连有不同接头序列的21 bp的标签文库。那应该是左边的图吧？ 而转录组是，样品提取总RNA后，对于真核生物富集mRNA，对于原核生物用试剂盒去除rRNA，之后向得到的mRNA中加入fragmentation buffer使其打断成为短片段，再以打断后的mRNA为模板，用六碱基随机引物合成cDNA第一链，并加入缓冲液、dNTP、RNase H和DNA聚合酶合成cDNA第二链，纯化并加EB缓冲液洗脱，经末端修复、加碱基A，加测序接头，再经琼脂糖凝胶电泳回收目的大小片段，并进行PCR扩增，从而完成整个文库制备工作。右边的图？ 在一篇论文里，解释说这两个图是数字表达谱文库构建流程的两种类型，一头雾水，请大神们解释~~  图片1.png |
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