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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 数字表达谱
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yangyu77

新虫 (初入文坛)

[求助] 数字表达谱 已有2人参与

在诺和之源做了数字表达谱，回来的数据有一项是rna-seq整体质量评估，搞得我一头雾水，就发邮件问他们的技术人员，解释是rna-seq只表示rna测序的意思，不是指转录组，是这样的吗？
    并且还被告知，数字表达谱文库构建流程和转录组文库构建流程是一样的，图片左边没见过，右边是数字表达谱文库构建流程。
    DGE文库构建不应该是：提取样品总RNA并富集mRNA，将其反转录成cDNA，用NlaIII限制性内切酶识别并切断cDNA上的CATG位点，在5’端连接上Solexa测序接头A，再用MmeI限制性内切酶切断CATG位点下游17 bp处，得到带有接头A的标签，然后在标签3’端连接Solexa测序接头B，从而得到两端连有不同接头序列的21 bp的标签文库。那应该是左边的图吧？
     而转录组是，样品提取总RNA后，对于真核生物富集mRNA，对于原核生物用试剂盒去除rRNA，之后向得到的mRNA中加入fragmentation buffer使其打断成为短片段，再以打断后的mRNA为模板，用六碱基随机引物合成cDNA第一链，并加入缓冲液、dNTP、RNase H和DNA聚合酶合成cDNA第二链，纯化并加EB缓冲液洗脱，经末端修复、加碱基A，加测序接头，再经琼脂糖凝胶电泳回收目的大小片段，并进行PCR扩增，从而完成整个文库制备工作。右边的图？
    在一篇论文里，解释说这两个图是数字表达谱文库构建流程的两种类型，一头雾水，请大神们解释~~

数字表达谱
图片1.png
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1楼 2015-06-10 17:29:22
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
yangyu77: 金币+1 2015-06-12 13:50:47
转录组广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。
DGE测序测的是转录组的一部分。
不同的测序仪能测的DNA长度不一样，具体那种仪器能测多长我也忘记了，只记得有些仪器是只能测几十bp，有的能测一两百bp。
你贴出的两个图都是测mRNA的，属于转录组的一部分，但不是全部转录组。
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2楼2015-06-10 21:37:48
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yangyu77

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-06-10 21:37:48
转录组广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。
DGE测序测的是转录组的一部分。
不同的测序仪能测的DNA长度不一样，具体那种仪 ...

恩您好，我想关注的一个酶，合成这个酶的基因差异表达基因有三个，两个上调，一个下调，我应该怎么去解释呢
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3楼2015-06-15 13:38:16
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yangyu77 at 2015-06-15 13:38:16
恩您好，我想关注的一个酶，合成这个酶的基因差异表达基因有三个，两个上调，一个下调，我应该怎么去解释呢...

要做Q-PCR验证才好说明。
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4楼2015-06-15 16:01:39
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lashao

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yangyu77 at 2015-06-15 13:38:16
恩您好，我想关注的一个酶，合成这个酶的基因差异表达基因有三个，两个上调，一个下调，我应该怎么去解释呢...

可能就是两个基因对这个酶正调控，一个负调控吧？
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5楼2015-08-04 00:30:05
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真水留香

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我跟你一样，也是拿到结果不知道怎么用，我也是在诺禾做的DGE,我也在寻求帮助中
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6楼2015-08-24 15:43:43
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