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yangyu77

新虫 (初入文坛)

[求助] 数字表达谱已有2人参与

在诺和之源做了数字表达谱,回来的数据有一项是rna-seq整体质量评估,搞得我一头雾水,就发邮件问他们的技术人员,解释是rna-seq只表示rna测序的意思,不是指转录组,是这样的吗?
    并且还被告知,数字表达谱文库构建流程和转录组文库构建流程是一样的,图片左边没见过,右边是数字表达谱文库构建流程。
    DGE文库构建不应该是:提取样品总RNA并富集mRNA,将其反转录成cDNA,用NlaIII限制性内切酶识别并切断cDNA上的CATG位点,在5’端连接上Solexa测序接头A,再用MmeI限制性内切酶切断CATG位点下游17 bp处,得到带有接头A的标签,然后在标签3’端连接Solexa测序接头B,从而得到两端连有不同接头序列的21 bp的标签文库。那应该是左边的图吧?
     而转录组是,样品提取总RNA后,对于真核生物富集mRNA,对于原核生物用试剂盒去除rRNA,之后向得到的mRNA中加入fragmentation buffer使其打断成为短片段,再以打断后的mRNA为模板,用六碱基随机引物合成cDNA第一链,并加入缓冲液、dNTP、RNase H和DNA聚合酶合成cDNA第二链,纯化并加EB缓冲液洗脱,经末端修复、加碱基A,加测序接头,再经琼脂糖凝胶电泳回收目的大小片段,并进行PCR扩增,从而完成整个文库制备工作。右边的图?
    在一篇论文里,解释说这两个图是数字表达谱文库构建流程的两种类型,一头雾水,请大神们解释~~

数字表达谱
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
yangyu77: 金币+1 2015-06-12 13:50:47
转录组广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。
DGE测序测的是转录组的一部分。
不同的测序仪能测的DNA长度不一样,具体那种仪器能测多长我也忘记了,只记得有些仪器是只能测几十bp,有的能测一两百bp。
你贴出的两个图都是测mRNA的,属于转录组的一部分,但不是全部转录组。
2楼2015-06-10 21:37:48
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yangyu77

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-06-10 21:37:48
转录组广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。
DGE测序测的是转录组的一部分。
不同的测序仪能测的DNA长度不一样,具体那种仪 ...

恩您好,我想关注的一个酶,合成这个酶的基因差异表达基因有三个,两个上调,一个下调,我应该怎么去解释呢
3楼2015-06-15 13:38:16
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yangyu77 at 2015-06-15 13:38:16
恩您好,我想关注的一个酶,合成这个酶的基因差异表达基因有三个,两个上调,一个下调,我应该怎么去解释呢...

要做Q-PCR验证才好说明。
4楼2015-06-15 16:01:39
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lashao

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yangyu77 at 2015-06-15 13:38:16
恩您好,我想关注的一个酶,合成这个酶的基因差异表达基因有三个,两个上调,一个下调,我应该怎么去解释呢...

可能就是两个基因对这个酶正调控,一个负调控吧?
5楼2015-08-04 00:30:05
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真水留香

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我跟你一样,也是拿到结果不知道怎么用,我也是在诺禾做的DGE,我也在寻求帮助中
6楼2015-08-24 15:43:43
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