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lying_dragon

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[交流] 陈连福NGS生物信息分析 2015暑期培训班招生简章

陈连福NGS生物信息分析 2015暑期培训班招生简章

      我是陈连福，华中农业大学博士研究生，研究方向是基因组分析。2005年步入生物技术专业，2010年接触生物信息学，到现在有4~5年的生物信息学经历了。

      生物信息学包括的方面很广，其中高通量测序与分析是当前最热门的一类。现阶段的科研任务对高通量测序分析方面的需求量极大并保持快速增长。从大局上看：1. 测序技术非常成熟，我们能在一个月内以非常低廉的价格拿到非常好的测序结果；2. 高通量数据分析技术也非常成熟，我们几乎能找到可以满足我们任何生物学需求的分析软件。但是：1. 绝大部分高通量测序数据的分析软件需要在命令行下运行，这导致软件的学习门槛较高；2. 很多软件的正确使必须得有相应的生物学知识来指导，否则一些参数设置错误会到导致结果不准确，这导致软件的学习难度大； 3. 从软件的分析结果到用于发表文章的图表结果常常需要自行编写程序来解决；4. 一个生物信息项目一般需要分解成很过的分析步骤，由很多不同的生物信息学软件来分析。因此，生物信息学是一个很难并很有市场的学科。

      由于生物信息学是一门新兴学科，生物信息分析软件种类繁多，同时具体的分析流程与方法较为缺乏。想要学习生物信息学的人员，大都需要自行摸索，很难找到合适的人员进行指导。有感于此，我将我的一些生物信息分析经验记录下来，形成了一本培训教材。主要包含各种生物信息学软件的具体使用方法。

      我从2013年暑期第一期培训班起，在寒暑假陆续开班了数期培训班，反响非常好。通过培训班的集训学习，能少走弯路，将我多年的生物信息学经验在短时间内掌握，最后能熟练使用Linux系统，掌握各种生物信息学软件的使用原理和方法。

      2015年暑期，我准备开办第四期培训班，以下是培训班介绍：

1. 培训规模

每次培训班成员数目<=30人。小班授课，手把手教会。

2. 报名方式

推荐淘宝拍下：http://item.taobao.com/item.htm?id=44989123045，在备注中填写上姓名，单位，联系电话。此外，也接受现金报名，直接联系陈连福，到其办公室缴费即可。

报名情况，可以电话询问陈连福本人：15337113306，也可以查询网址： http://www.chenlianfu.com/xueyuan

3. 培训时间与地点

培训地点：华中农业大学

培训时间：初步准备办 1～3 期培训，第一期 7.14～7.24；第二期 7.26～8.5；第三期 8.7～8.17 。举办的期数根据报名人员人数决定：最先报名的 30 人优先排第 1 期并可选择是否排第 2 期；后报名以此拍后面的期数；若报名人数较少或其它因素，则可能取消第 2，3 期，并全额退还学费。

4. 培训内容

参考陈连福编写的《NGS生物信息分析》。当然，本次培训的教材会更新不少内容的哦。

5. 培训收费

本次培训收费共￥1600.00元，住宿与交通费用自理，并无法开具发票（需要自行解决）。培训前会分发培训教材一本，培训用16G U盘一个，和适用于LINUX系统的无线网卡一枚。

推荐在华中农业大学继续教育学院旅店住宿。该旅店属于学校，离培训地点最近，住宿费用约180元/天。旅店房间由学生宿舍改建而成，有空调，电视机，都是双人间。推荐2人合住。

6. 培训方式

培训课全程上机操作，自带笔记本从安装Linux系统开始学习，手把手教会各种生物信息学软件的使用。

7. 培训内容

目录
1. 安装CENOS 6 64位系统 (X86_64)
1.1. 本次生物信息学培训的电脑硬件和软件要求
1.2. 下载CENOS系统
1.3. 将CENTOS系统刻录到DVD光盘上
1.4. 将CENTOS系统刻录到U盘上
1.5. 安装CENTOS系统
2. LINUX系统入门
2.1. LINUX与生物信息学
2.2. LINUX常用命令
2.3. CENTOS系统初装整理
3. 高通量测序技术简介
3.1. ROCHE/454测序技术
3.2. ILLUMINA测序技术
3.3. PACBIO测序技术
4. 高通量测序数据的质量控制
4.1. 高通量测序数据文件与格式
4.2. ROCHE/454测序数据的质量控制
4.3. ILLUMINA测序数据的质量控制
4.4. PACBIO测序数据的质量控制
5. 基因组DE NOVO组装
5.1. 基因组DE NOVO组装原理
5.2. 使用GCE进行基因组评估
5.3. 使用NEWBLER进行基因组DE NOVO 组装
5.4. 使用SOAPDENOVO进行基因组DE NOVO组装
5.4. 使用ALLPATHS-LG进行基因组DE NOVO组装
5.5. 使用MASURCA进行基因组DE NOVO组装
5.6. 使用HGAP进行基因组DE NOVO组装
5.7. 基因组补洞
5.8. 基因组SCAFFOLD连接
5.9. 有参考基因组的基因组组装
6. 基因组的简单特征分析
6.1. 基因组的序列信息统计
6.2. 重复序列分析
6.3. SSR分析与引物批量设计
6.4. 非编码RNA分析
6.5. 次级代谢基因簇分析
7. 高通量测序数据比对
7.1. SAM格式介绍
7.2. 使用BOWTIE2进行比对
7.3. 使用BWA比对
7.4. 使用HISAT比对
7.5. 使用TOPHAT比对
7.6. 使用SAMTOOLS操作SAM文件
7.7. 使用PICARD操作SAM文件
8. VARIANTS 分析
8.1. VCF格式介绍
8.2. 使用GATK进行VARIANTS CALLING
8.3. 使用SAMTOOLS进行VARIANTS CALLING
8.4. 结合GATK和SAMTOOLS进行VARIANTS CALLING
9. 无参考基因组的转录组分析
9.1. 使用TRINITY进行转录组的DE NOVO组装
9.2. 差异表达分析
9.3. 使用TRANSDECODER预测蛋白编码区
10. 有参考基因组的转录组分析
10.1. 使用TRINITY进行有基因组指导的组装
10.2. 使用CUFFLINKS进行有参考基因组的基因表达分析
11. 真核生物基因组基因预测
11.1. GFF3格式介绍
11.2. 使用PASA进行基因预测
11.3. 使用AUGUSTUS进行基因预测
11.4. 使用SNAP进行基因预测
11.5. 使用GENEMARK-ES进行基因预测
11.6. 使用MAKER进行基因预测
11.7. 使用EVM整合基因预测结果
11.8. 使用PASA更新基因预测结果
11.9. 使用SPLICEGRAPHER进行可变剪接分析
12. 基因组的可视化
12.1. CIRCOS圈图制作
12.2. GBROWSE网页化展示
12.3. JBROWSE网页化展示
12.4. 使用WEBAPOLLO进行手工修正
13. 原核生物基因组上传NCBI与注释
14. 基因功能注释与富集分析
14.1. NR注释
14.2. SWISS-PROT注释
14.3. COG / KOG注释
14.4. CDD注释
14.5. INTERPRO注释
14.6. GO注释和富集分析
14.7. KEGG注释和PATHWAY富集分析
14.8. CAZYME注释
16. 比较基因组分析
16.1. 使用ORTHOMCL进行同源基因分析
16.2. 构建物种树
16.3. 使用R8S进行分子钟分析
16.4. 使用CAFE进行基因家族扩张分析
16.5. 使用MCSCAN进行共线性区块分析
16.6. 使用MUMMER对两个基因组进行比较
16.7. 使用MAUVE进行多基因组比较
17. 生物信息学相关杂技
17.1. PERL入门
17.2. MYSQL的简单运用
17.3. 简易搭建WWW服务器
17.4. 简易HTML网页制作

[ Last edited by lying_dragon on 2015-6-10 at 12:45 ]

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