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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 求教氢离子建模与AC盒子问题
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kuaileniwo89

木虫 (正式写手)

[求助] 求教氢离子建模与AC盒子问题 已有1人参与

做分子模拟 大的神们，小虫是新手，要做氢离子的扩散过程模拟，但是这个氢离子一直没法建啊，我先画个氢原子 然后再能量最小化，发现它不是氢离子，也没法建AC盒子，一直提示原子力场有问题，但是同样的方法可以建钠离子和氯离子，是在搞不懂？
然后我又尝试直接改charge和formalcharge 发现还是不行，只要能量最小化 就又变回去了，还是不成功！
求教大神支招啊
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加把油
1楼 2015-06-03 10:25:04
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
请先说明是用什么计算方法，量子力学还是分子力学。
如果是分子力学，是基于力场的，给原子分配电荷和力场即可。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2015-06-03 10:49:52
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kuaileniwo89

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-06-03 10:49:52
请先说明是用什么计算方法，量子力学还是分子力学。
如果是分子力学，是基于力场的，给原子分配电荷和力场即可。

我用discover跑分子动力学，我改那个property 改完之后能量最小化就又回去了，还是不行！谢谢你的回答
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加把油
3楼2015-06-03 11:07:15
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by kuaileniwo89 at 2015-06-03 11:07:15
我用discover跑分子动力学，我改那个property 改完之后能量最小化就又回去了，还是不行！谢谢你的回答...

你既然做了能量最小化，肯定先设置力场，你力场如何设置的？
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4楼2015-06-03 11:08:25
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kuaileniwo89

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-06-03 11:08:25
你既然做了能量最小化，肯定先设置力场，你力场如何设置的？...

力场就是compass啊 然后summation method是group based
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加把油
5楼2015-06-03 11:10:34
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kuaileniwo89: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-06-03 11:19:09
引用回帖:
5楼: Originally posted by kuaileniwo89 at 2015-06-03 11:10:34
力场就是compass啊 然后summation method是group based...

COMPASS力场有自带的电荷分配。
改property后，如果discover-type中 仍然后自动按力场指定电荷的话 改 property后仍然会按力场指定的来，所以改property没用。
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6楼2015-06-03 11:16:52
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kuaileniwo89

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-06-03 11:16:52
COMPASS力场有自带的电荷分配。
改property后，如果discover-type中 仍然后自动按力场指定电荷的话 改 property后仍然会按力场指定的来，所以改property没用。...

是的  改了没用，但是能量最小化之后他没有给氢离子自动分配电荷，肿么破，钠离子氯离子什么的都是可以的 就这个氢离子不行
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加把油
7楼2015-06-03 11:18:56
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kuaileniwo89: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2015-06-05 10:29:06
引用回帖:
7楼: Originally posted by kuaileniwo89 at 2015-06-03 11:18:56
是的  改了没用，但是能量最小化之后他没有给氢离子自动分配电荷，肿么破，钠离子氯离子什么的都是可以的 就这个氢离子不行...

如果是MS 6.1以下版本 在 discover- animation中设置一下 不要力场自动分配电荷
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8楼2015-06-03 11:22:04
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kuaileniwo89

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-06-03 11:22:04
如果是MS 6.1以下版本 在 discover- animation中设置一下 不要力场自动分配电荷...

我的是7.0版本的
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加把油
9楼2015-06-03 12:24:46
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by kuaileniwo89 at 2015-06-03 12:24:46
我的是7.0版本的...

7.0的也有设置的地方 你找找看 这是MS MD计算最基本的操作。
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kuaileniwo89
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
10楼2015-06-03 12:48:24
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