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古木天恕

木虫 (正式写手)

[求助] 关于SILVA数据库及miseq测序,求助

做了个miseq测序,用的是SILVA数据库比对的,大家有了解这个数据库的么,
对miseq测序大家也聊一聊呗
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liuchi0426

金虫 (小有名气)

SILVA数据库是基于RDP中的数据建的,分类比greengenes要更详细,更新也相对快些,别的就无所谓了
Iamthebest!
2楼2015-05-27 19:34:53
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古木天恕

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuchi0426 at 2015-05-27 19:34:53
SILVA数据库是基于RDP中的数据建的,分类比greengenes要更详细,更新也相对快些,别的就无所谓了

哦,谢谢,那数据方面应该比较全面和准确吧?
3楼2015-05-28 10:55:24
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liuchi0426

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 古木天恕 at 2015-05-28 10:55:24
哦,谢谢,那数据方面应该比较全面和准确吧?...

差不多吧,稍微准确点,如果偏重于微生物,最好用SILVA或者用在线的RDP,如果倾向于生态学问题,用哪个都一样
Iamthebest!
4楼2015-05-28 21:24:00
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