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关于Green-Kubo方法模拟水的粘度 已有3人参与
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求问有没有大神用lammps做过水的模拟？ 我现在改编了一下manual里面计算液氩粘度的那个算例，来模拟水的粘度，300k下得到的结果是0.2mPa.s，查得的标准值是0.8mPa.s，请路过的大神帮忙看一下是哪里出了问题，多谢！ in文件贴在下面，data文件和log文件在附件中。 # LAMMPS input script for viscosity of purewater units real variable T equal 300 variable V equal vol variable dt equal 0.4 variable p equal 400 # correlation length variable s equal 5 # sample interval variable d equal $p*$s # dump interval # convert from LAMMPS real units to SI variable kB equal 1.3806504e-23 # [J/K/ Boltzmann variable atm2Pa equal 101325.0 variable A2m equal 1.0e-10 variable fs2s equal 1.0e-15 variable convert equal ${atm2Pa}*${atm2Pa}*${fs2s}*${A2m}*${A2m}*${A2m} # setup problem dimension 3 boundary p p p atom_style full bond_style harmonic angle_style harmonic pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.125 12 15 kspace_style pppm/tip4p 1e-6 read_data sketch.data pair_coeff 1 2 0.0 0.0 # O-H pair_coeff 2 2 0.0 0.0 # H-H pair_coeff 1 1 0.16275 3.16435 # O-O timestep ${dt} thermo $d # equilibration and thermalization velocity all create $T 102486 mom yes rot yes dist gaussian fix NVT all nvt temp $T $T 40 drag 0.2 run 100000 # viscosity calculation, switch to NVE if desired #unfix NVT #fix NVE all nve reset_timestep 0 variable pxy equal pxy variable pxz equal pxz variable pyz equal pyz fix SS all ave/correlate $s $p $d & v_pxy v_pxz v_pyz type auto file S0St.dat ave running variable scale equal ${convert}/(${kB}*$T)*$V*$s*${dt} variable v11 equal trap(f_SS[3])*${scale} variable v22 equal trap(f_SS[4])*${scale} variable v33 equal trap(f_SS[5])*${scale} thermo_style custom step temp press v_pxy v_pxz v_pyz v_v11 v_v22 v_v33 run 200000 variable v equal (v_v11+v_v22+v_v33)/3.0 variable ndens equal count(all)/vol print "average viscosity: $v [Pa.s/ @ $T K, ${ndens} /A^3" |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : log.lammps
- 附件 2 : sketch.data
2015-05-23 19:35:01, 21.42 K
2015-05-23 19:35:02, 361.88 K
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你好，方便把您的data文件和input文件给我传一份吗？我也在做这个模拟，数据都来在6.8 TIP4P water mode，但是最终的结果却对不上，谢谢您啦 我的邮箱是 1178408727@qq.com 非常感谢 |
6楼2018-03-14 04:04:02
