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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » CODEHOP 结果怎么看以及简并引物设计相关问题
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by 308047410 at 2015-05-23 10:20:43
还想问一下，如果选出来音舞之后要不要在软件上 评个分什么的 ？用什么软件 ？怎么评？谢谢 啦...

常见引物设计软件都没有对简并引物评分的操作，因为简并引物是一个引物集，真正起作用的只是其中部分，而对引物集中其他引物评价也就没有意义。不要纠结评价了，合成后做PCR评价吧，就算常规引物设计评价得分很高的引物也未必百分百好使。
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11楼2015-05-23 17:13:08
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by 308047410 at 2015-05-23 10:20:43
还想问一下，如果选出来音舞之后要不要在软件上 评个分什么的 ？用什么软件 ？怎么评？谢谢 啦...

常见引物设计软件都没有对简并引物评分的操作，因为简并引物是一个引物集，真正起作用的只是其中部分，而对引物集中其他引物评价也就没有意义。不要纠结评价了，合成后做PCR评价吧，就算常规引物设计评价得分很高的引物也未必百分百好使。
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12楼2015-05-23 17:13:16
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林之子云

新虫 (初入文坛)
我也是自己刚摸索用codehop设计引物，好难的感觉，
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13楼2016-01-01 18:21:03
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羽化姚俊鹏

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by tency at 2015-05-20 21:54:00
1，先根据你比对的氨基酸位置确定引物上下游，根据一个氨基酸密码子对应3个碱基的关系，就可以确定上下游引物的距离。2，设计好的引物可以再oligo里评价一下，3，如果是几个蛋白质比对之后设引物的话，应该就是找保 ...

设计好的引物如何可以再oligo里评价？使用oligo必须输入一段长长的核酸序列才可以进行引物设计评价等等，最近正做这个卡壳了，恳请你施以援手，O(∩_∩)O谢谢！
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志同道合
14楼2016-08-11 16:18:01
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羽化姚俊鹏

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by tency at 2015-05-20 21:54:00
1，先根据你比对的氨基酸位置确定引物上下游，根据一个氨基酸密码子对应3个碱基的关系，就可以确定上下游引物的距离。2，设计好的引物可以再oligo里评价一下，3，如果是几个蛋白质比对之后设引物的话，应该就是找保 ...

设计好的引物如何可以再oligo里评价？使用oligo必须输入一段长长的核酸序列才可以进行引物设计评价等等，最近正做这个卡壳了，恳请你施以援手，O(∩_∩)O谢谢！
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志同道合
15楼2016-08-11 16:18:48
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谦虚求解

铜虫 (小有名气)
楼主，不知您是否解决该问题，方便的话，可以交流一下吗？
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16楼2018-08-11 20:57:35
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