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巨蟹水蜜桃

铜虫 (初入文坛)

[求助] VASP计算时需要考虑范德华力，我的体系有铊元素,对应的VDW_C6= 和VDW_R0=值是多少急求 已有2人参与

VASP计算时需要考虑范德华力，我的体系有铊元素，对应的LVDW=.TRUE.
VDW_RADIUS=30.0
VDW_SCALING=0.75
VDW_D=20.0
VDW_C6= 和
VDW_R0=值是多少？急求，谢谢!!!!!!
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1楼 2015-05-20 15:31:22
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awdawdawdd

金虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 微6凉 at 2015-07-28 11:34:50
请问pt的这些值是什么呢？希望能给与帮助...

用我前面说的方法做就可以了吧。。。。
其实我发现新版VASP里面集成了后面那些元素的值了，你可以看看源代码里面有(vdwforcefield.F)：

1234 FORMAT(/,"  DFT-D2 method for vdW energy calculation",&
              /,"  -------------------------------------------------------------------"
  1235 FORMAT(/,"  Parameters of vdW forcefield:",&
              /,"         C6(Jnm^6/mol)     R0(A)",&
              /,"   -----------------------------"
  1236 FORMAT("   ",A2,5X,F7.3,8X,F7.3)
  2250 FORMAT(/,"  IVDW = ",I3)
  1237 FORMAT("  VDW_RADIUS = ",F9.3," A"
  1233 FORMAT("  VDW_S6 = ",F9.3)
  1241 FORMAT("  VDW_SR = ",F9.3)
  1240 FORMAT("  VDW_D = ",F9.3)
  2246 FORMAT("  LVDW_EWALD = ",L1)
        

          if (historycounter==1) then
            ALLOCATE(cc_(T_INFO%NTYP),r0_(T_INFO%NTYP))
            tags=(/'H ','He','Li','Be','B ','C ','N ','O ','F ','Ne',&
                   'Na','Mg','Al','Si','P ','S ','Cl','Ar','K ','Ca',&
                   'Sc','Ti','V ','Cr','Mn','Fe','Co','Ni','Cu','Zn',&
                   'Ga','Ge','As','Se','Br','Kr','Rb','Sr',&
                   'Y ','Zr','Nb','Mo','Tc','Ru','Rh','Pd','Ag','Cd',&
                   'In','Sn','Sb','Te','I ','Xe','X ', &
                   'Cs','Ba','La','Ce','Pr','Nd','Pm',&
                   'Sm','Eu','Gd',&
                   'Tb','Dy','Ho','Er','Tm','Yb','Lu',&
                   'Hf','Ta','W ','Re','Os','Ir','Pt','Au','Hg',&
                   'Tl','Pb','Bi','Po','At','Rn'/)

            cc=(/0.14,0.08,1.61,1.61,3.13,1.75,1.23,0.70,0.75,0.63,&
                 5.71,5.71,10.79,9.23,7.84,5.57,5.07,4.61,10.8,10.8,&
                 10.8,10.8,10.8,10.8,10.8,10.8,10.8,10.8,10.8,10.8,&
                 16.99,17.10,16.37,12.64,12.47,12.01,24.67,24.67,&
                 24.67,24.67,24.67,24.67,24.67,24.67,24.67,24.67,24.67,24.67,&
                 37.32,38.71,38.44,31.74,31.50,29.99,29.99, &
                 315.275,226.994,176.252,140.68,140.68,140.68,140.68,&
                 140.68,140.68,140.68, &
                 140.68,140.68,140.68,140.68,140.68,140.68,140.68, &
                 105.112,81.24,81.24,81.24,81.24,81.24,81.24,81.24,57.364,&
                 57.254,63.162,63.540,55.283,57.171,56.64/)
            r0=(/1.001,1.012,0.825,1.408,1.485,1.452,1.397,1.342,1.287,1.243,&
                 1.144,1.364,1.639,1.716,1.705,1.683,1.639,1.595,1.485,1.474,&
                 1.562,1.562,1.562,1.562,1.562,1.562,1.562,1.562,1.562,1.562,&
                 1.650,1.727,1.760,1.771,1.749,1.727,1.628,1.606,&
                 1.639,1.639,1.639,1.639,1.639,1.639,1.639,1.639,1.639,1.639,&
                 1.672,1.804,1.881,1.892,1.892,1.881,1.881,&              
                 1.802,1.762,1.720,1.753,1.753,1.753,1.753,&
                 1.753,1.753,1.753,&
                 1.753,1.753,1.753,1.753,1.753,1.753,1.753,&
                 1.788,1.772,1.772,1.772,1.772,1.772,1.772,1.772,1.758,&
                 1.989,1.944,1.898,2.005,1.991,1.924/)
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15楼2015-07-28 12:32:19
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qlihytc

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
VASP manual 里面应该有个表格，表格里面没有就到原始文献（手册上就有文献信心）看看有没有，原始文献也没有的话就没有了。但是5.3以上貌似增加了D3
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2楼2015-05-20 15:37:20
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awdawdawdd

金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 巨蟹水蜜桃 at 2015-05-21 16:39:43
@awdawdawdd应助我的Tl的范德华力参数C6=57.22 R0=1.986值跟你所说的vasp5.3.5里边的值一样吗...

http://www.thch.uni-bonn.de/tc/i ... mp;amp;lang=english
网页中点击：
Tarball of the current versions of the code and coefficient file (V3.1 Rev 0 )
可以下载到DFT-D3 的 source code
解压缩以后，编译可以得到dftd3的binary
然后把你要计算的POSCAR拷过来，运行 dftd3 POSCAR -pbc -func pbe -old （相关参数设置见http://www.thch.uni-bonn.de/tc/downloads/DFT-D3/data/man.pdf 最后几页有写,-pbc是指使用POSCAR的结构文件，-func pbe指你使用PBE的functional，-old指切换到DFT-D2的模式）

然后可以得到C6和R0，但是貌似单位有些许问题，你可以对照http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/DFT_D2_method_Grimme.html 里提供的表格矫正以下单位，例如：
程序给出H的C6=2.43，然而网页上是C6_H=0.14，程序给出的Tl是993.09，网页没有给出相关数值，于是C6_Tl=(0.14/2.43)*993.09=57.22
R0用类似的方法计算即可。注意一下，C6最好用上面Z=xx那里的数值，因为下面的表格内的只有一位小数，可能计算出来有误差

单位是怎么变的，我也没搞清楚，但用这种办法进行校正的话是可以给出正确数值的，我测试过H,C,N 都给出了网页上的正确数值
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11楼2015-05-21 21:57:47
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limurphy

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
11楼: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-21 21:57:47
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/index.php?section=downloads&subsection=getd3&lang=english
网页中点击：
Tarball of the current versions of the code and coefficient file (V3.1 Rev 0 )
可以下 ...

我在網上查到, 發現DFT-D3的單位是atomic unit, 所以長度是Bohr, 能量是Hartree.

DFT-D3給的C6單位是Hartree*Bohr, 而VASP網站上的C6單位是(J/mol)*(nm)^6
1 Hartree = 2625499.39949012 J/mol
1 Bohr = 0.052917725 nm
所以 1 Hartree*Bohr = 0.0576526021 (J/mol)*(nm)^6

而以 Tl為例, C6的單位轉換為 993.09*0.0576526021 = 57.2542226 (J/mol)*(nm)^6
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18楼2015-12-03 07:08:23
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普通回帖

巨蟹水蜜桃

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qlihytc at 2015-05-20 15:37:20
VASP manual 里面应该有个表格，表格里面没有就到原始文献（手册上就有文献信心）看看有没有，原始文献也没有的话就没有了。但是5.3以上貌似增加了D3

我没有找到啊你可以帮我找一下吗？谢谢
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3楼2015-05-20 21:02:37
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awdawdawdd

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
巨蟹水蜜桃: 金币+15, ★★★很有帮助 2015-05-21 09:15:54
Tl
C6=57.22
R0=1.986

ref:
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/i ... mp;amp;lang=english
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/downloads/DFT-D3/data/man.pdf
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/DFT_D2_method_Grimme.html
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4楼2015-05-20 23:29:08
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巨蟹水蜜桃

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-20 23:29:08
Tl
C6=57.22
R0=1.986

ref:
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/index.php?section=downloads&subsection=getd3&lang=english
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/downloads/DFT-D3/data/man.pdf
http:// ...

我打开看了链接，也没有找到Tl的范德华力参数
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5楼2015-05-21 09:22:24
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yuraining

木虫 (小有名气)
用vasp5.3.5，自带vdw-dft-d3，里面所有的元素vdw参数默认都有。
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6楼2015-05-21 11:50:25
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巨蟹水蜜桃

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yuraining at 2015-05-21 11:50:25
用vasp5.3.5，自带vdw-dft-d3，里面所有的元素vdw参数默认都有。

没有用过，你可以帮我截个图发过来吗？谢谢O(∩_∩)O谢谢
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7楼2015-05-21 13:47:32
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yuraining

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 巨蟹水蜜桃 at 2015-05-21 13:47:32
没有用过，你可以帮我截个图发过来吗？谢谢O(∩_∩)O谢谢...

不需要设置那些数值，只需要INCAR里面IVDW= 11
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/DFT_D3_method.html
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8楼2015-05-21 15:12:07
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巨蟹水蜜桃

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by yuraining at 2015-05-21 15:12:07
不需要设置那些数值，只需要INCAR里面IVDW= 11
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/DFT_D3_method.html...

我们使用的是vasp5.2，你给我发的链接我找不到啊。
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9楼2015-05-21 16:33:47
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巨蟹水蜜桃

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 巨蟹水蜜桃 at 2015-05-21 16:33:47
我们使用的是vasp5.2，你给我发的链接我找不到啊。...

@awdawdawdd应助我的Tl的范德华力参数C6=57.22 R0=1.986值跟你所说的vasp5.3.5里边的值一样吗
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10楼2015-05-21 16:39:43
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