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憨憨可爱多

木虫 (正式写手)

[求助] 转录组测序 已有1人参与

请教转录组测序时,用同属几个不同物种的材料混合在一起进行转录组测序,这样的结果设计的SSR引物是不是能够用于该属的物种,这样是有意义的吗?还有就是基于转录组数据设计的SSR引物是EST-SSR吗?
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oyjenvol

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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憨憨可爱多: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢,但是老师已经做了,都是被测序公司的人忽悠啊,那这样发文章是不是也不好发啊?只要验证能用的话也是可以的吧?这样能不能对以后对该属单个物种样品转录组测序或基因表达测序有参考价值呢? 2015-05-19 10:51:48
本来一个物种的无参转录组组装已经有许多不可确定性,组装得好的话,一般开发的引物验证率估计也就是10%以内,而楼主还将同属不同物种的混合组装的话,这样得到的SSR的验证率估计就更低了,因为同源序列的干扰,不建议楼主这么去做!
我思故我存在!
2楼2015-05-18 19:27:45
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