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对马拉二胡

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[求助] 请问谁用过wannier90？急需帮助。已有2人参与

想做结构的费米面，查了下wannier90这个软件可以实现。安装了wannier90 2.0版本
按照官方教程计算Si的能带。
第一步先优化，静态计算。第二步计算DFT virtual orbital 。第三步结合wannier90计算

前两步都没问题，但是到了第三步vasp一直在运行（24h）PS：我用的是40核 96G的服务器。以下已经输出的文件
CHG    PCDAT       W0004.tmp  W0014.tmp  W0024.tmp  W0034.tmp  W0044.tmp  W0054.tmp  W0064.tmp
CHGCAR POSCAR    W0005.tmp  W0015.tmp  W0025.tmp  W0035.tmp  W0045.tmp  W0055.tmp  wannier90.win
CONTCAR POTCAR    W0006.tmp  W0016.tmp  W0026.tmp  W0036.tmp  W0046.tmp  W0056.tmp  WAVECAR
DOSCAR PROCAR    W0007.tmp  W0017.tmp  W0027.tmp  W0037.tmp  W0047.tmp  W0057.tmp  WAVECAR.chi
EIGENVAL  quence    W0008.tmp  W0018.tmp  W0028.tmp  W0038.tmp  W0048.tmp  W0058.tmp  WAVEDER
INCAR    script.out W0009.tmp  W0019.tmp  W0029.tmp  W0039.tmp  W0049.tmp  W0059.tmp  WFULL0001.tmp
INCAR-1 vasprun.xml  W0010.tmp  W0020.tmp  W0030.tmp  W0040.tmp  W0050.tmp  W0060.tmp  XDATCAR
KPOINTS W0001.tmp W0011.tmp  W0021.tmp  W0031.tmp  W0041.tmp  W0051.tmp  W0061.tmp
OSZICAR W0002.tmp W0012.tmp  W0022.tmp  W0032.tmp  W0042.tmp  W0052.tmp  W0062.tmp
OUTCAR W0003.tmp W0013.tmp  W0023.tmp  W0033.tmp  W0043.tmp  W0053.tmp  W0063.tmp

按道理应该很快就可以算完，请问这是出了什么问题呢？另外我还想问下，加入LWANNIER90 = .TRUE. 这个参数后，是不是会产生wannier90.amn, wannier90.mmn, wannier90.eig 这几个输入文件？
求使用过这个软件的虫子指导指导，万分感谢！

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wannier 90

vasp+wannier90

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1楼2015-05-16 21:25:34

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
对马拉二胡: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-05-17 08:54:11

你把你的INCAR贴上来
另外，你重新编译了VASP没？

编译：
Mind: VASP needs to be compiled with the following additional precompiler flag:
-DVASP2WANNIER90
and the variable LIB in the makefile must contain an entry that points to libwannier.a.
For instance:
LIB    = -L../vasp.5.lib -ldmy  \
   ../vasp.5.lib/linpack_double.o $(SCA) $(LAPACK) $(BLAS)
might be changed to
LIB    = -L../vasp.5.lib -ldmy  \
   ../vasp.5.lib/linpack_double.o ../wannier90-1.2/libwannier.a $(SCA) $(LAPACK) $(BLAS)
depending on where you have installed WANNIER90, obviously.

ref：http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/LWANNIER90

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2楼2015-05-17 04:47:34

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引用回帖:

2楼: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-17 04:47:34
你把你的INCAR贴上来
另外，你重新编译了VASP没？

编译：
Mind: VASP needs to be compiled with the following additional precompiler flag:
-DVASP2WANNIER90
and the variable LIB in the makefile must ...

谢谢，我想应该是因为没有编译的原因。我用的是wannier90 2.0版本，是不是不能和VASP结合用啊？
另外，能看看你编译的LWANNIER90文件吗？

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3楼2015-05-17 08:54:03

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awdawdawdd

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对马拉二胡: 金币+10, ★有帮助 2015-05-18 11:40:23

引用回帖:

3楼: Originally posted by 对马拉二胡 at 2015-05-17 08:54:03
谢谢，我想应该是因为没有编译的原因。我用的是wannier90 2.0版本，是不是不能和VASP结合用啊？
另外，能看看你编译的LWANNIER90文件吗？...

没有啥文件吧。。。假定你wannier90的source code文件夹放在和VASP的source code的文件夹的同一目录的地方（也就是在VASP的文件夹用 cd  ../wannier90-1.2 可以进到wannier90的文件夹里面），然后假定你已经变异了wannier90的library（得到了libwannier.a）

然后
1.在vasp的source code的Makefile里面找到类似于
LIB    = -L../vasp.5.lib -ldmy  \
   ../vasp.5.lib/linpack_double.o $(SCA) $(LAPACK) $(BLAS)

改成（或者说加上“../wannier90-1.2/libwannier.a”）使之变成类似于
LIB    = -L../vasp.5.lib -ldmy  \
   ../vasp.5.lib/linpack_double.o ../wannier90-1.2/libwannier.a $(SCA) $(LAPACK) $(BLAS)

2.在VASP的source code的Makefile里面找到你的编译的选项（Pre-compiler flags）加上-DVASP2WANNIER90，类似于这样：
CPP = $(CPP_) -DMPI  -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \
   -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \
   -DMPI_BLOCK=8000 -DRPROMU_DGEMV  -DRACCMU_DGEMV -DVASP2WANNIER90

3.然后再VASP的source code里面先make clean，然后make，等待编译完成就可以了，如果卡在了最后面，有可能是你VASP和wannier90的编译器用的不一样，一般把wannier90的编译器换成和VASP一样就可以了咯

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4楼2015-05-17 19:03:58

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引用回帖:

4楼: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-17 19:03:58
没有啥文件吧。。。假定你wannier90的source code文件夹放在和VASP的source code的文件夹的同一目录的地方（也就是在VASP的文件夹用 cd ../wannier90-1.2 可以进到wannier90的文件夹里面），然后假定你已经变异了 ...

谢谢，我按你写的重新编译了一下。但还是出现同样的问题
第一步
INCAR：
SYSTEM = Si
ENCUT = 450
ISTART =0
ICHARG=2
ISMEAR= 0
SIGMA=0.05
EDIFF=1E-6
EDIFFG=-0.01
NSW= 0
ISIF= 0
IBRION= -1
NELM=100
PREC = Accurate
PSTRESS=0
LREAL = .FALSE.
KPOINTS：
Automatic generation
0
Monhkorst-Pack
4 4 4
0.0 0.0 0.0
POSCAR：
system Si
5.430
0.5 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
2
cart
0.00 0.00 0.00
0.25 0.25 0.25
第二步
INCAR：
SYSTEM = Si
ENCUT = 450
ISTART =0
ICHARG=2
ISMEAR= 0
SIGMA=0.05
EDIFF=1E-6
EDIFFG=-0.01
NSW= 0
ISIF= 0
IBRION= -1
NELM=100
PREC = Accurate
PSTRESS=0
LREAL = .FALSE.
ALGO = Exact
NBANDS  = 64
LOPTICS=.TRUE.
NEDOS=2000
KPOINTS， POSCAR 文件与第一步相同
第三步
INCAR：
SYSTEM = Si
ENCUT = 450
ISTART =0
ICHARG=2
ISMEAR= 0
SIGMA=0.05
EDIFF=1E-6
EDIFFG=-0.01
NSW= 0
ISIF= 0
IBRION= -1
NELM=100
PREC = Accurate
PSTRESS=0
LREAL = .FALSE.
ALGO = GW0
LSPECTRAL = .TRUE.
NOMEGA = 50
NBANDS=64
LRPA = .FALSE.
LWANNIER90=.TRUE.

KPOINTS:
k-points along high symmetry lines
      64
Reciprocal
  0.00000000  0.00000000  0.00000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.00000000  0.25000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.00000000  0.50000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.00000000  0.75000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.25000000  0.00000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.25000000  0.25000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.25000000  0.50000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.25000000  0.75000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.50000000  0.00000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.50000000  0.25000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.50000000  0.50000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.50000000  0.75000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.75000000  0.00000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.75000000  0.25000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.75000000  0.50000000  1.562500e-02
  0.00000000  0.75000000  0.75000000  1.562500e-02
  0.25000000  0.00000000  0.00000000  1.562500e-02
  0.25000000  0.00000000  0.25000000  1.562500e-02
  0.25000000  0.00000000  0.50000000  1.562500e-02
  0.25000000  0.00000000  0.75000000  1.562500e-02
  0.25000000  0.25000000  0.00000000  1.562500e-02
  0.25000000  0.25000000  0.25000000  1.562500e-02
......
wannier.win  ：
num_bands       = 12
num_wann       = 8

dis_win_max    = 17.0d0
dis_froz_max    =  6.4d0
dis_num_iter    =  120
dis_mix_ratio    = 1.d0

num_iter       = 50
num_print_cycles  = 10

Begin Atoms_Frac
Si  -0.25 0.75  -0.25
Si 0.00 0.00 0.00
End Atoms_Frac

Begin Projections
Si : sp3
End Projections

begin kpoint_path
L 0.50000  0.50000 0.5000 G 0.00000  0.00000 0.0000
G 0.00000  0.00000 0.0000 X 0.50000  0.00000 0.5000
X 0.50000 -0.50000 0.0000 K 0.37500 -0.37500 0.0000
K 0.37500 -0.37500 0.0000 G 0.00000  0.00000 0.0000
end kpoint_path

Begin Unit_Cell_Cart
-2.6988 0.0000 2.6988
0.0000 2.6988 2.6988
-2.6988 2.6988 0.0000
End Unit_Cell_Cart

mp_grid    = 4 4 4

begin kpoints
0.0000  0.0000 0.0000
0.0000  0.2500 0.0000
0.0000  0.5000 0.0000
0.0000  0.7500 0.0000
0.2500  0.0000 0.0000
0.2500  0.2500 0.0000
0.2500  0.5000 0.0000
0.2500  0.7500 0.0000
0.5000  0.0000 0.0000
0.5000  0.2500 0.0000
0.5000  0.5000 0.0000
0.5000  0.7500 0.0000
0.7500  0.0000 0.0000
0.7500  0.2500 0.0000
0.7500  0.5000 0.0000
0.7500  0.7500 0.0000
0.0000  0.0000 0.2500
0.0000  0.2500 0.2500
0.0000  0.5000 0.2500
0.0000  0.7500 0.2500
0.2500  0.0000 0.2500
0.2500  0.2500 0.2500
0.2500  0.5000 0.2500
0.2500  0.7500 0.2500
0.5000  0.0000 0.2500
0.5000  0.2500 0.2500
0.5000  0.5000 0.2500
0.5000  0.7500 0.2500
0.7500  0.0000 0.2500
0.7500  0.2500 0.2500
0.7500  0.5000 0.2500
0.7500  0.7500 0.2500
0.0000  0.0000 0.5000
0.0000  0.2500 0.5000
0.0000  0.5000 0.5000
0.0000  0.7500 0.5000
0.2500  0.0000 0.5000
0.2500  0.2500 0.5000
0.2500  0.5000 0.5000
0.2500  0.7500 0.5000
0.5000  0.0000 0.5000
0.5000  0.2500 0.5000
0.5000  0.5000 0.5000
0.5000  0.7500 0.5000
0.7500  0.0000 0.5000
0.7500  0.2500 0.5000
0.7500  0.5000 0.5000
0.7500  0.7500 0.5000
0.0000  0.0000 0.7500
0.0000  0.2500 0.7500
0.0000  0.5000 0.7500
0.0000  0.7500 0.7500
0.2500  0.0000 0.7500
0.2500  0.2500 0.7500
0.2500  0.5000 0.7500
0.2500  0.7500 0.7500
0.5000  0.0000 0.7500
0.5000  0.2500 0.7500
0.5000  0.5000 0.7500
0.5000  0.7500 0.7500
0.7500  0.0000 0.7500
0.7500  0.2500 0.7500
0.7500  0.5000 0.7500
0.7500  0.7500 0.7500
End Kpoints

以上是所有文件，实在找不出

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5楼2015-05-18 17:20:43

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引用回帖:

5楼: Originally posted by 对马拉二胡 at 2015-05-18 17:20:43
谢谢，我按你写的重新编译了一下。但还是出现同样的问题
第一步
INCAR：
SYSTEM = Si
ENCUT = 450
ISTART =0
ICHARG=2
ISMEAR= 0
SIGMA=0.05
EDIFF=1E-6
EDIFFG=-0.01
NSW= 0
ISIF= 0
IBR ...

你是计算VASPWIKI上的Si_GW0的能带的例子吧
第三部你先不用把NELM的值调那么高，一般NELM=4就可以了，推荐你先用NELM=1 （G0W0）来试一试，等算完了应该会有wannier90.amn, wannier90.mmn, wannier90.eig这几个文件，然后拥wannier90做post processing即可。

如果没有这几个文件，你可以在vasprun.xml里面搜索一下“LWANNIER90”看看有没有相关tag出现
例如：我这里就有
<incar>
 normal
 GW0
 64
 50
 T 
 T 
 F 
 F 
</incar>
如果没有的话就说明编译的时候你有东西没搞对，LWANNIER90这个tag没有被vasp程序读进去
另外注意版本，VASPWIKI上说只支持wannier90-1.2版的，我测试过VASP 5.2.12和5.3.5和wannier90-1.2可以用

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6楼2015-05-18 23:44:28

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引用回帖:

6楼: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-18 23:44:28
你是计算VASPWIKI上的Si_GW0的能带的例子吧
第三部你先不用把NELM的值调那么高，一般NELM=4就可以了，推荐你先用NELM=1 （G0W0）来试一试，等算完了应该会有wannier90.amn, wannier90.mmn, wannier90.eig这几个文 ...

又过了一天，我的vasprun.xml 中没有出现 T ，但是编译是按你说的来的，真是醉了。

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7楼2015-05-19 19:12:21

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7楼: Originally posted by 对马拉二胡 at 2015-05-19 19:12:21
又过了一天，我的vasprun.xml 中没有出现 T ，但是编译是按你说的来的，真是醉了。...

那就是你之前编译没有编译出VASP2WANNIER90的接口。
我之前也是搞不出wannier的output files。后来我发现我在修改vasp的makefile的时候
LIB    = -L../vasp.5.lib -ldmy  \
   ../vasp.5.lib/linpack_double.o ../wannier90-1.2/libwannier.a $(SCA) $(LAPACK) $(BLAS)

CPP = $(CPP_) -DMPI  -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \
   -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \
   -DMPI_BLOCK=8000 -DRPROMU_DGEMV  -DRACCMU_DGEMV -DVASP2WANNIER90

还要加在你的MPI section那里（也就是说makefile里面可能有两个声明CPP LIB的地方），你看看是不是漏掉了第二个。当然也有可能只有一个声明CPP LIB的地方

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8楼2015-05-19 22:15:40

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