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【求助】关于frcmod文件中参数的含义
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我刚学习amber 做的是含有金属离子 镍的动力学 现在遇到问题是怎么做frcmod文件？ 我尝试用高斯的结果进行电荷拟合生成prepi文件 但是好像amber里面因为没有镍的参数不能进行 看tutorials上直接自己做的frcmod文件 我也想自己做 但是这些参数到底代表什么呢 求求各位指教一下吧 下面是tutorials上的frcmod文件 MASS SM 32.06 CU 65.36 BOND NB-CU 70.000 2.05000 #kludge by JRS CU-S 70.000 2.10000 #kludge by JRS CU-SM 70.000 2.90000 #for pcy CT-SM 222.000 1.81000 #met(aa) （222.000 1.81000 #met(aa) 这些分别是什么含义呢？） ANGLE CU-NB-CV 50.000 126.700 #JRS estimate CU-NB-CR 50.000 126.700 #JRS estimate CU-NB-CP 50.000 126.700 #JRS estimate CU-NB-CC 50.000 126.700 #JRS estimate CU-SM-CT 50.000 120.000 #JRS estimate CU-S -CT 50.000 120.000 #JRS estimate CU-S -C2 50.000 120.000 #JRS estimate CU-S -C3 50.000 120.000 #JRS estimate NB-CU-NB 10.000 110.000 #dac estimate NB-CU-SM 10.000 110.000 #dac estimate NB-CU-S 10.000 110.000 #dac estimate SM-CU-S 10.000 110.000 #dac estimate CU-SM-CT 50.000 120.000 #JRS estimate CT-CT-SM 50.000 114.700 #met(aa) HC-CT-SM 35.000 109.500 H1-CT-SM 35.000 109.500 CT-SM-CT 62.000 98.900 #MET(OL) （50.000 120.000 #JRS estimate 这些的含义也不明白） DIHE X -NB-CU-X 1 0.000 180.000 3.000 X -CU-SM-X 1 0.000 180.000 3.000 X -CU-S -X 1 0.000 180.000 3.000 X -CT-SM-X 3 1.000 0.000 3.000 （这个表示的是什么呢？） NONBON CU 2.20 0.200 SM 2.00 0.200 （这个也不明白） |
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