应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 毕设小白请教用MS的pdb文件借助VMD转成lammps的data文件的问题
51/1返回列表
查看: 5225  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

huizwang

新虫 (初入文坛)

[求助] 毕设小白请教用MS的pdb文件借助VMD转成lammps的data文件的问题 已有1人参与

各位前辈好，我毕设是做一个分子动力学模拟，依照师姐的指导用MS建了模型然后导出pdb文件，再在VMD里打开 用 topo writelammpsdata xx.data charge命令来转data文件
建的模是纤锌矿结构的氧化锌，但是转出来的文件在电荷量那列全是0.00000   自己手动给改成了应该的2和-2后 运行lammps报错 format不对。。。。 紧急求教各位大神，这种情况如何能使VMD文件直接能导出带正确电荷值得的data文件（pbd文件和导出的data文件在附件里上传了）




感谢各位前辈的阅读
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : ZnO5-5.pdb
    • 2015-05-08 16:07:07, 473.24 K
  • 附件 2 : ZnO.data
    • 2015-05-08 16:07:19, 152.15 K

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学-初级问题资源

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-05-08 16:08:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by huizwang at 2015-05-10 16:18:58
十分感谢您的应助，这个电荷我看了几篇文献里设的值就是2与-2，然后我尝试了下在lammps里用 set charge设了电荷值，跑了下加上了，但是结果还没出来。。。不知道能不能准确，最后再次感谢您的指导！ 多谢啦...

你好，我看了一下你的data文件，里面的键角、二面角等数据也都是0，请问用vmd转换成lammps的data文件的问题解决了吗。
赞一下 回复此楼
4楼2019-07-26 17:56:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在模拟里电荷的分配与我们通常所认为的电荷不完全一样，你的电荷不一定是2和-2.第一步先通过高斯计算分配一下准确的电荷，或者你在MS里借助某种力场分配一下电荷，或者根据你所要用的力场参考一下文献来分配电荷
赞一下 回复此楼
2楼2015-05-10 14:20:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huizwang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-05-10 14:20:52
在模拟里电荷的分配与我们通常所认为的电荷不完全一样，你的电荷不一定是2和-2.第一步先通过高斯计算分配一下准确的电荷，或者你在MS里借助某种力场分配一下电荷，或者根据你所要用的力场参考一下文献来分配电荷

十分感谢您的应助，这个电荷我看了几篇文献里设的值就是2与-2，然后我尝试了下在lammps里用 set charge设了电荷值，跑了下加上了，但是结果还没出来。。。不知道能不能准确，最后再次感谢您的指导！ 多谢啦
赞一下 回复此楼
3楼2015-05-10 16:18:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +17 Lanmanbaby 2026-08-09 29/1450 2026-08-12 00:24 by zhanghaozhu
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] FileCode能看出啥？ +7 要乐观耀哥 2026-08-10 17/850 2026-08-11 10:50 by 要乐观耀哥
[基金申请] filecode +9 documentary 2026-08-10 9/450 2026-08-11 10:08 by wk7465
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭