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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】找功函数
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suncc311

禁虫 (著名写手)
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1楼 2008-07-12 10:46:01
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):3Q!感谢帮助！
有网友问：文献中，Vacuum level为板间真空区域的平均势，但具体如何计算呢？
  可以有如下方法：
  在VASP的INCAR文件中，指定LVTOT=.TRUE. ,并且在计算时超晶胞大小选取有足够的真空区域，以保证势能函数收敛到真空能级

  。指定LVTOT=.TRUE.后，VASP的运行结果会多出一个叫LOCPOT的文件，里面包含的信息是计算中的electrostatic potential。

  在真空区域的electrostatic potential即为真空能级。

  一个典型的LOCPOT文件有如下的格式
  (8,0) Carbon Nanotube
   1.
   40.000000 0.000000 0.000000
   0.000000 40.000000 0.000000
   0.000000 0.000000 4.320000
   16
  Direct
   0.414696 0.375000 0.000000
   0.403069 0.403069 0.833333
   0.403069 0.403069 0.500000
   0.375000 0.414696 0.333333
   0.375000 0.414696 0.000000
   0.346931 0.403069 0.833333
   ........（省略N行）

   420 420 48
   0.18314769822E+00 0.18314676614E+00 0.18315439435E+00 0.18315348730E+00 0.18316167121E+00
   0.18316060822E+00 0.18316911573E+00 0.18316765858E+00 0.18317566050E+00 0.18317363579E+00
   0.18318169699E+00 0.18317919383E+00 0.18318714885E+00 0.18318423496E+00 0.18319188157E+00
   0.18318824402E+00 0.18319610760E+00 0.18319209212E+00 0.18319995835E+00 0.18319590197E+00
   ........ （省略更多行）

  
  最前面的几行是header部分，主要包括了晶胞大小，原子坐标等信息。注意，计算中的晶胞大小要远超过体系的实际大小，以保证足够的真空区域。从420 420 48这一行开始，说明沿着晶胞的x,y,z方向，分别等分成420,420,48个格点，每个格点上记录该点的electrostatic potential。我们实际上需要的是真空区域的值。为此，我们可以有如下的matlab script来完成类似工作

  ...读入header部分...
  for k=1:z方向格点数
   for j=1:y方向格点数
   for i=1:x方向格点数
   v(i,j,k)=fscanf(fid,'%g',1);
   end
   end
  end

  然后，根据你的真空区域在哪里，你可以对v这个矩阵的一部分做一个平均操作，得到真空能级。像上图的势能图，就可以沿着纳米管的轴，在每个点上对于纳米管的横截面上的electrostatic potential做平均，即可得到如上的势能图。
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2楼2008-07-12 20:06:41
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
http://www.blog.edu.cn/user3/mywai520/archives/2006/1580786.shtml
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3楼2008-07-12 20:07:25
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suncc311

禁虫 (著名写手)
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4楼2008-07-13 10:30:59
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
不会的呀，周期性边界条件下，不会出现左右不一样的。
左右都是一样的才对。
估计你的真空层取的不够厚。
一般至少10埃的真空层
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5楼2008-07-14 19:43:33
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frank178

金虫 (正式写手)
不错，我计划要学习这一块，订阅先
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6楼2008-07-15 08:40:54
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suncc311

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7楼2008-07-15 09:59:12
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mumu03101

楼主，功函数你现在会算了么？
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8楼2008-08-13 10:07:36
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