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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 数学 » 概率论与统计 » 关于费舍尔精确检验单侧还是双侧检验选择的请教
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逆刃刀客

金虫 (正式写手)

[求助] 关于费舍尔精确检验单侧还是双侧检验选择的请教 已有1人参与

我是做生物信息学的研究生，现在我希望通过费舍尔精确检验去判断两个基因的突变是否是同时发生的。例如：1表示基因突变，0表示基因未突变。假设有基因A=[0,1,1,0,0],基因B=[0,1,1,0,0].也就是A和B同时发生，我用MATLAB测试两个基因是否是同时突变的。
当做右侧检验，p=0.1,
当做左侧检验，p=1,
当做双侧检验，p=0.1。
如果两个基因为A=[0,1,1,0,0]，B=[1,0,0,1,1]。也就是A和B不同时发生，使用MATLAB测试，则
当做右侧检验，p=1,
当做左侧检验，p=0.1,
当做双侧检验，p=0.1。
因此我看使用右侧检验更好一些，p值小，更显著，因此我使用了右侧检验。
但是，审稿人说我这样做是不正确的，请问各位，这是为什么？怎样判断使用双侧还是单侧？
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为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平！
1楼 2015-05-05 22:13:06
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逆刃刀客

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 退化or进化 at 2015-05-06 12:28:08
我觉得应该是分别计算两个基因都突变、A突变、B突变、都不突变的个数，你的例子中为2,0,0,3和0,2,3,0，这样直接用Fisher exact双尾检验，都是0.1。

谢谢你，还有些疑问，那我希望去看两个基因是否是同时突变的，使用单侧的检验是否正确？是否需要先验条件才能使用？如果需要，那条件是什么啊？
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为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平！
3楼2015-05-07 09:05:47
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退化or进化

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
逆刃刀客: 金币+3, ★有帮助 2015-05-07 09:06:03
我觉得应该是分别计算两个基因都突变、A突变、B突变、都不突变的个数，你的例子中为2,0,0,3和0,2,3,0，这样直接用Fisher exact双尾检验，都是0.1。
赞一下 回复此楼
2楼2015-05-06 12:28:08
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退化or进化

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
逆刃刀客: 金币+12, ★★★★★最佳答案, 谢谢你，我明白了，豁然开朗，非常感谢。 2015-05-07 10:23:31
引用回帖:
3楼: Originally posted by 逆刃刀客 at 2015-05-07 09:05:47
谢谢你，还有些疑问，那我希望去看两个基因是否是同时突变的，使用单侧的检验是否正确？是否需要先验条件才能使用？如果需要，那条件是什么啊？...

这要看你希望test的hypothesis是什么，如果alternative hypothesis是两个基因的突变不独立，则应该用双尾检验；如果alternative hypothesis是两个基因的突变正相关（倾向同时突变），则应该用上单尾检验；同理，负相关（倾向互斥突变）应该用下单尾检验。
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4楼2015-05-07 10:12:21
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