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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 刚从农学转到分子，求助荧光realtime-PCR、数字表达谱和RNAi
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ceel

新虫 (初入文坛)

[交流] 刚从农学转到分子，求助荧光realtime-PCR、数字表达谱和RNAi 已有2人参与

各位高手好！小弟刚从农学转到分子生物学，正在研究一种三年才能成熟药材的根膨大机理作博士课题。想法是采集材料后做高能量测序，挖掘关键基因，然后进行功能验证。
然而看最新的博士论文，很多要做荧光realtime-PCR、表达谱之类的。请问荧光realtime-PCR和表达谱原理是什么？一般是作何用的？在我的课题中可以起到什么作用？
再者，现在一般用拟南芥或烟草等模式植物做基因克隆的功能验证还被承认吗？如果用RNAi做功能验证，难点在哪？
这些问题对我来说很重要，希望能提供一些荧光realtime和表达谱之类的文献。在此先感谢大家了！
PS:没有金币无法悬赏，请见谅
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1楼 2015-05-05 09:36:27
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晞朔

金虫 (正式写手)
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-05-05 22:38:04
你应该是取实验组与对照组的材料做转录组分析，通过差异表达基因的筛选，分析与根膨大相关的代谢基因表达。具体的或许要看文献，到底根膨大与什么相关（激素）？qRT-PCR作为验证。查查相关文献，一大把这样的文章。
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2楼2015-05-05 10:02:02
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ceel

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-05-05 10:02:02
你应该是取实验组与对照组的材料做转录组分析，通过差异表达基因的筛选，分析与根膨大相关的代谢基因表达。具体的或许要看文献，到底根膨大与什么相关（激素）？qRT-PCR作为验证。查查相关文献，一大把这样的文章。

请问QRT是以什么方式验证呢？
是否是提取总RNA，设计相应的引物，通过扩增来测定初始表达量，以确定该基因是否表达，以及表达了多少？
如果确是如此的话，那与表达谱有什么区别呢？可否直接以得到的转录组数据制成数字表达谱代替该步骤？
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3楼2015-05-05 10:21:53
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晞朔

金虫 (正式写手)
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-05-05 22:38:35
引用回帖:
3楼: Originally posted by ceel at 2015-05-05 10:21:53
请问QRT是以什么方式验证呢？
是否是提取总RNA，设计相应的引物，通过扩增来测定初始表达量，以确定该基因是否表达，以及表达了多少？
如果确是如此的话，那与表达谱有什么区别呢？可否直接以得到的转录组数据制 ...

qRT是基因（相对）定量表达的检测方法。
高通量测序数据，算是组学的概率统计分析。具体的特定基因表达分析，尤其是一些重要基因，还是需要用qRT去验证，以证明你的组学分析数据。
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4楼2015-05-05 10:32:51
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ceel

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-05-05 10:32:51
qRT是基因（相对）定量表达的检测方法。
高通量测序数据，算是组学的概率统计分析。具体的特定基因表达分析，尤其是一些重要基因，还是需要用qRT去验证，以证明你的组学分析数据。...

十分感谢！
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5楼2015-05-05 10:52:17
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wopopwz123

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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-05-05 22:38:54
你要是知道基因是哪个可以通过克隆该基因进行研究，分子方面的实验都可以做。对于你要搞生物信息学，例如高通量测序等信息学分析，一般是通过不同条件下处理来看相关基因的表达量变化的。数字表达谱貌似对你的研究不太合适。
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6楼2015-05-05 16:25:30
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ceel

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wopopwz123 at 2015-05-05 16:25:30
你要是知道基因是哪个可以通过克隆该基因进行研究，分子方面的实验都可以做。对于你要搞生物信息学，例如高通量测序等信息学分析，一般是通过不同条件下处理来看相关基因的表达量变化的。数字表达谱貌似对你的研究不 ...

用数字表达谱不是可以大致了解整个转录组的表达情况么？我要的基因可能只有两三个，但是相关的基因和转录因子可能有不少，条件所限，一般不允许全部做QRT，所以用DGE会不会更方便一些？而且基于转录组数据做DGE似乎也不花什么精力。
此外，还想请教RNAi在高等灌木植物中难做吗？现在的基因功能验证用什么方法比较流行呢？
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7楼2015-05-06 09:26:49
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