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新虫 (初入文坛)

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[求助] Avogadro 纤维素建模已有1人参与

大家好，最近在做纤维素溶解于离子液体的分子模拟研究。我想描述一下用Avogadro程序来建立纤维素分子模型的步骤，请大家看有没有问题。
我想研究一条单链溶解于离子液体的机理，所以我只要建立一个聚合度为10的纤维素链。
step 1. 画出葡萄糖的结构，采用程序自带的AutoOptimization, 直到能量不再变化，此后AutoOptimization一直打开，即对结构操作时也同时在优化结构；
step 2. 复制9个葡萄糖；
step 3. 删除相应的羟基，依次将这10个分子连接起来，直到能量不再变化时停止；
step 4. 运行conformer search 找出能量最低的构象
我的问题是，每次按以上步骤得到的分子构象都有一定差异，但能量接近，是否任意一个稳定的构象都可以用来做分子模拟？
其次，如果我想得到一条直链，需要有怎样的操作？
或者，大家有其他推荐的画分子结构的软件吗？最好适用于OS X系统
多谢大家！

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