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Lammps模拟苯酚和水在PDMS膜中的扩散，msd没有增加
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我做水和苯酚在聚二甲基硅氧烷膜中的扩散对比，以下是in文件中设置的部分，为什么水和苯酚的msd根本没有增加，只是稍微有波动？（本人是初学者，刚接触几个月） 体系中有3个聚二甲基硅氧烷分子，苯酚和水各五个 pair_style hybrid lj/charmm/coul/charmm 8.0 10.0 lj/cut/tip4p/long 6 7 5 8 0.15 12.0 bond_style harmonic angle_style charmm kspace_style pppm/tip4p 0.001 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes timestep 1.0 min_style fire minimize 1.0e-16 1.0e-16 50000 100000 fix limit all nve fix speed all langevin 293 293 10 482799 run 500000 unfix limit fix relax all nvt temp 293 293 100 run 1000000 |
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【答案】应助回帖
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很难说，你的设置看上去有点奇怪。正常体系的MD模拟，一般是先minimize，然后NVT下平衡，然后NVE下采样。 而你的步骤，在minimize之后，却用了fix langevin + fix nve 你这样做有什么特殊的理由吗？是别人文献里也这么做的？ fix langevin一般是对隐式溶剂(implicit solvent）下的模拟使用的，也就是说在模拟中没有水分子，所有水分子被当成均一的介质，用随机力来模拟溶质分子与水分子的碰撞。但我看你的pair_style里有 lj/cut/tip4p，看起来是有水分子存在的，所以我觉得用fix langevin不是非常合理。 另外, fix langevin不能和fix nvt混用，所以你在unfix nve后也需要unfix langevin。 你的MSD计算是怎么设置的？ |
2楼2015-04-27 13:26:14
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我是想模拟水和苯酚的布朗运动所以用了fix langevin，我对模拟的过程了解的不太多，msd计算用的是 compute m1 phenol msd/molecule compute m2 h2o msd/molecule variable msd1 equal c_m1[1][4] variable msd2 equal c_m1[2][4] variable msd3 equal c_m1[3][4] variable msd4 equal c_m1[4][4] variable msd5 equal c_m1[5][4] variable msd6 equal c_m2[1][4] variable msd7 equal c_m2[2][4] variable msd8 equal c_m2[3][4] variable msd9 equal c_m2[4][4] variable msd10 equal c_m2[5][4] variable step equal step fix msd all print 10000 "${step} ${msd1} ${msd2} ${msd3} ${msd4} ${msd5} ${msd6} ${msd7} ${msd8} ${msd9} ${msd10}" file all.msd screen no |
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