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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】关于autodock前配体的准备
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peterpeter

[交流] 【求助】关于autodock前配体的准备

在做autodock前配体该如何准备？如何保存？保存格式等等？
直接在chemdraw或者ISIS draw等软件上画个配体结构保存起来就可以了吗？
本人比较菜，刚开始搞这个，好不容易把autodock装起来了
谢谢大家

[ Last edited by zzgyb on 2008-7-20 at 19:02 ]
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1楼 2008-07-07 15:35:52
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jlz3278

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
peterpeter(金币+2,VIP+0):谢谢
网上有些数据库有小分子的PDB，也可以自己画，我一般是用MS，然后保存为PDB格式，之后在AUTODOCK里用ADT按照步骤做就可以了吧
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2楼2008-07-07 16:33:59
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
peterpeter(金币+2,VIP+0):谢谢
1。将小分子用小分子处理程序加H，加电荷，结构优化，保存成pdb或mol2格式
2。用ADT将其转化为PDBQT格式，也要赋autodock的力场和电荷。
赞一下(12人) 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2008-07-07 16:56:09
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weishenme

金虫 (小有名气)
★ ★
peterpeter(金币+2,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by peterpeter at 2008-7-7 15:35:
在做autodock前配体该如何准备？如何保存？保存格式等等？
直接在chemdraw或者ISIS draw等软件上画个配体结构保存起来就可以了吗？
本人比较菜，刚开始搞这个，好不容易把autodock装起来了
谢谢大家

这个肯定不行，呵呵，你画出来是平面结构。
你可以用chemdraw画好后转化为3D结构，优化一下保存为PDB结构再用ADT处理。或者直接到小分子数据库下PDB结构。
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4楼2008-07-10 20:45:06
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