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spacemimi

新虫 (初入文坛)

[交流] Miseq测序的16S数据能定位到种水平吗? 已有3人参与

今天看到有个啥联川公司的海报,说是能做到种水平,我们实验室自己做也才能做到属水平。
有两个问题困扰了,毕竟才开始实验,也和将来发文章有关咯
1、定位到种水平有没有必要;
2、如果有必要,离线数据库在哪里下;

求高手解答啦…………我又吓到自己一回
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王丹2013

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问你的课题是什么?如果只是16S没必要用Miseq测序吧,一代测序就可以得到质量很好的序列
2楼2015-04-21 15:43:14
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音乐之声0921

银虫 (小有名气)

同问。。。。。
3楼2015-04-22 18:42:48
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qqray

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
订到种水平,序列长度要全长吧,约1400bp,现在miseq双端测序也就500多,最多能到属;但如果用miseq来测宏基因组,有软件能够把结果鉴定到种(虽然个人认为有一定问题,但发文章没问题)。
4楼2015-04-23 07:42:54
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