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chemozhang木虫 (正式写手)
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[讨论]关于AutoDock输出结果中的能量项
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下面是autodock运行输出中打分值最好的各能量项: Rank: 1_1 Binding Energy: -15.1 kI : 8.58pM Intermolecular Energy : -14.39 Internal Energy : -5.38 Torsional Energy : 3.84 Unbound Extended Energy: -0.83 Cluster RMS: 0.0 Ref RMS: 6.79 tutorial中定义 Docked Energy=intermolecular energy+internal energy freeEnergy=intermolecular energy + torsion entropy penalty 那么在此例中Docked Energy=-14.39+(-5.38)=-19.77, freeEnergy= -14.39+3.84=-10.55 而Binding Energy=-15.1 明显地,AutoDock中是按Binding Energy进行排序的.进一步观察发现, Docked Energy(-19.77)与Binding Energy(-15.1)虽然值不同,但两者是平行的,就是说按这两个能量值进行排序都得到相同的排序结果. 困惑的是 如果作为评分标准的Binding Energy就是我们关心的Binding Free Energy(结合自由能,文献中引用的△G值),那么Docked Energy以及freeEnergy又是什么含义? Docked Energy ,Binding Energy, freeEnergy , Binding Free Energy各自是怎么定义的? 还有这里Binding Energy的单位是什么,kcal/mol还是kJ/mol或是其它? [ Last edited by chemozhang on 2008-7-1 at 23:27 ] |
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