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chemozhang

木虫 (正式写手)

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[交流] [讨论]关于AutoDock输出结果中的能量项

下面是autodock运行输出中打分值最好的各能量项:
Rank: 1_1
Binding Energy:          -15.1
kI :                      8.58pM
Intermolecular Energy :    -14.39
Internal Energy :          -5.38
Torsional Energy :       3.84
Unbound Extended Energy: -0.83
Cluster RMS:                0.0
Ref RMS:                   6.79

tutorial中定义 Docked Energy=intermolecular energy+internal energy
            freeEnergy=intermolecular energy + torsion entropy penalty
那么在此例中Docked Energy=-14.39+(-5.38)=-19.77,
freeEnergy= -14.39+3.84=-10.55
而Binding Energy=-15.1
明显地,AutoDock中是按Binding Energy进行排序的.进一步观察发现, Docked Energy(-19.77)与Binding Energy(-15.1)虽然值不同,但两者是平行的,就是说按这两个能量值进行排序都得到相同的排序结果.

困惑的是如果作为评分标准的Binding Energy就是我们关心的Binding Free Energy(结合自由能,文献中引用的△G值),那么Docked Energy以及freeEnergy又是什么含义?
Docked Energy ,Binding Energy, freeEnergy , Binding Free Energy各自是怎么定义的?
还有这里Binding Energy的单位是什么,kcal/mol还是kJ/mol或是其它?

[ Last edited by chemozhang on 2008-7-1 at 23:27 ]

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