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yangfang072

新虫 (初入文坛)

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[交流] 关于MEGA构建系统树的问题

为什么每次我进行处理就显示
Error5509:Kimura (1980)distance incalculable
呢？

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1楼 2008-06-26 15:45:20

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QIN0718

至尊木虫 (职业作家)

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用MEGA2做进化树的步骤(图示)

1、打开程序

如下图所示：

2、MEGA2只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式（Clustal的输出文件）转换meg文件。点File:Convert to MEGA Format...打开转换文件对话框

如下图所示：

3、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点OK

如下图所示：

4、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录

如下图所示：

5、关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的meg文件

如下图所示：

6、选择meg文件，点“打开”

如下图所示：

7、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。然后点OK就行了

如下图所示：

8、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型

如下图所示：

9、现在终于可以开始做Bootstrap验证和进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致，我们在此以UPGMA方法为例进行演示。点下图所示的菜单项。

如下图所示：

10、...会弹出如下的对话框，在此你可以选择计算参数。

如下图所示：

11、Distance Options标签页中的Models可以下拉，其中有若干个计算距离的方法可以选择，在此默认泊松校验(Poisson Correction)作为计算距离的方法。

如下图所示：

12、Include sites标签页中可以选择处理空缺或者缺失数据的方法，在此也用默认方法

如下图所示：

13、系统进化树的测试方法，可以选择用Bootstrap，也可以选择不进行测试。重复次数(Replications)通常设定至少要大于100比较好，随机数种子可以自己随意设定，不会影响计算结果。设定完成，点OK，开始计算。

如下图所示：

14、...经过一番计算之后（这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比），程序就会产生这么一个树，该窗口中有两个属性页，一个是原始树，一个是bootstrap验证过的一致树。树枝上的数字表示bootstrap验证中该树枝可信度的百分比。

如下图所示：

15、可以在Image菜单中把图片保存为emf格式，或者直接copy到剪贴板。

如下图所示：

16、保存emf文件，这种格式的图像可以直接paste到Word文档

如下图所示：

17、可以切换树的显示模式

如下图所示：

18、调整树显示选项，比如树枝的粗细，字体以及字体大小等
如下图所示：