24小时热门版块排行榜    

查看: 1095  |  回复: 2
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

tewithte

新虫 (初入文坛)

[交流] raxml进行系统发育分析 已有2人参与

大家好,最近在用 raxml 进行系统发育分析,发现raxml的参数很多,想问下大家,就是如果我用raxml建树,蛋白质序列,模型是JTT+G+I模型,bootstrap是100,怎么写命令?我看着说明书写了一个是raxmlHPC --f a --x 12345 --p 12345 --# 100 -s rax0323.phy -m PROTJTTGAMMAI -n RES,但是总觉得不对,那个x和p,看了说明书,但是不知道代表什么。。。有用的同学能看看我的命令吗,如果不对,应该怎么写?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

春恋紫花梦

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
-x  用快速方法进行 Bootstrap
-p  设定随机数
3楼2016-01-04 10:53:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

幸福的粒粒

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也不会感觉好难。楼主现在会了么
2楼2015-10-09 10:08:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见