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[交流]
[求助]如何对gromacs中的OPLS力场参数进行修改
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我想用gromacs的opls力场计算一点非生物体系的东西，需要修改力场参数！现在力场参数文献中已经发表了。主要的问题是如何将这些参数改到opls力场中去，是直接改安装软件下的力场，还是改top文件？我现在一点概念也没有，还请大家帮忙指点一下！谢谢！ [ Last edited by zzgyb on 2008-6-26 at 12:05 ] |
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 高分子学习--qlh |
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2楼2008-06-25 19:49:13
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zzgyb(金币+4,VIP+0):谢谢你的参与，化学区正在举办十大“耐思”版主评选，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527，欢迎你去投票支持计模版版主！
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简单的说一下3.3.1版本的OPLS力场如何添加吧 gromacs中OPLS力场涉及文件为 ffoplsaa.atp （原子在力场中的编号） ffoplsaa.itp （力场的形式，混合规则，参考文献，在哪个文件中包含键，角，二面角势能参数，哪个文件中包含非成键的势能参数，等等） ffoplsaabon.itp （键，角，二面角势能参数） ffoplsaanb.itp （非成键的势能参数，主要是LJ势能和静电作用） －－－－－－我是不华丽的分割线－－－－－－－－－－－－ 在atp文件中给新原子一个新编号，然后在ffoplsaabon.itp 和ffoplsaanb.itp 中加入力场参数基本就可以了。 在添加过程中注意参数的单位和形式，尤其是二面角的，gromacs不是用的傅立叶形式，而文献中OPLS力场一般都是给的傅立叶形式。转换关系在manual里面有 PS：如果要添加新的残基，还需要在*.rtp，*.ddb和*.hdb文件中做一点修改，具体修改可以参考manual。 在具体使用的时候，可以给每个残基写一个itp，然后在一个top文件中将所有itp文件整合起来。具体可参见例子里面对水的top文件的描述。 当然，也可以将所有信息写在一起，但是那样会非常非常的不好看，一般过1个月就基本忘了当初写的是什么了。如果你的分子还是有那么7～8个原子，还是分开写的好。 [ Last edited by shaoqingfly on 2008-6-26 at 11:19 ] |
3楼2008-06-26 11:13:40
4楼2008-06-26 11:29:37
5楼2008-06-26 14:41:39
cloudsea163
金虫 (著名写手)
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6楼2008-06-27 11:15:11
7楼2008-06-28 08:49:25
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