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[求助]Linux下安装Siesta的方法
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| 谁能详细说一下Linux下安装Siesta的具体步骤，包括编译的过程。十分感谢！！ |
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mengsk(金币+10,VIP+0):非常感谢，希望能再详细点！
lei0736(金币+6,VIP+0):谢谢 够详细够专业
mengsk(金币+10,VIP+0):非常感谢，希望能再详细点！
lei0736(金币+6,VIP+0):谢谢 够详细够专业
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SIESTA-2.0安装 0 推荐 SIESTA是采用数值原子轨道基矢展开晶体的波函数，离子实与价电子之间的相互作用采用模守恒赝势来描述的，其突出之处实现了O(N)算法，可以用来进行大规模数值计算，比如模拟蛋白质分子等复杂结构材料体系。目前已开发至2.0版本。要获取该程序，先从http://www.uam.es/departamentos/ciencias/fismateriac/siesta/下载license文件，打印后填写上你的个人信息，签名后，把该license通过航空信邮寄至license上写的地址，大概一周后，就会收到开发组告诉你下载SIESTA-2.0的帐号和密码。 下载，解压后，会有一下几个目录和文件： Docs/ Examples/ Pseudo/ README SIESTA_LICENCE Src/ Tests/ Tutorials/ Util/ version.info 进入Src目录，在它的子目录Confs下，选择合适的configure文件(以.conf结尾的)。它提供了针对pgf90, g95和ifc编译的configure文件。这里以g95的为例： 将Confs子目录下的g95-cdf.conf拷贝至Src目录下arch.make 下面就可以键入make进行编译了。 (这里以假定安装好了g95编译器,以及把libnetcdf.a安装到了/usr/local/netcdf-g95/lib/目录中). 在Redhat上编译Siesta 1.3的步骤 作者：elizerbeth 文章来源：Yepriyo@zixia 点击数：524 更新时间：2005-12-8 平台：Redhat Advanced Server 3.0 Intel Xeon 2 CPU 编译器:pgi 5.1 Linux 86 具体步骤如下： 解压 siesta1.3.tar.tgz 然后到Src/Sys目录下，运行cp pgf90.make ../arch.make 此时应当注意arch.make 理由这样一句话： # Important (at least for V5.0-1 of the pgf90 compiler...) # Compile atom.f without optimization. 我的理解是对pgf90 v5.01 编译atom.f应without optimization, 在此编译器为V5.1 ,因此，将 # atom.o: $(FC) -c $(FFLAGS_DEBUG) atom.f 改为 # atom.o: $(FC) -c $(FFLAGS) atom.f 按照pgf90地说明FFLAGS是对应的with optomization, 保存arch.make退出，然后运行 make 即编译siesta不报错。 此行语句如果不修改的话，编译仍将报错。 接着在Pseudo/atom 目录下运行make编译Pseudo。 为了验证siesta编译成功，按照manual在siesta/test下建立test.fdf atom.psf 文件，其中atom.psf是要考察原子的Pseudo文件， 运行 ../siesta < test.fdf |tee test.out,如果siesta成功编译的话，即会输出相应的计算可结果。 |
2楼2008-06-19 14:13:31
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢持续关注 十大“耐思”版主评选欢迎参与投票 http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢持续关注 十大“耐思”版主评选欢迎参与投票 http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1
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我上次是用gfortran编译的并行版，现在好久没用，也记不是很清楚了。 按照版主的要求“再详细点”，我今天再次重新编译了一次，实际上siesta很容易编译，如果你安装有一个默认的fortran90编译器的，比如intel fortran编译器（ifort），你只要直接下载siesta2.0.1.tar.tgz后，放到你的目录，用tar -zxvf siesta2.0.1.tar.tgz解压，然后进入siesta-2.0.1/Src目录下，./configure后直接make就可以了。 并行版稍微复杂一点点。 |
3楼2008-06-21 17:01:27
4楼2008-06-23 11:10:27