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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » [讨论] cluster集群规划方案是否可以直接用于刀片服务器？
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yfshao

新虫 (小有名气)

[交流] [讨论] cluster集群规划方案是否可以直接用于刀片服务器？

大家好，有个问题想和大家讨论一下。
我们组一直在用由PC组成的cluster集群。硬件配置是
几年前的dell PC（1G cpu，2G内存）10台，普通网卡，网线。
方案是linux+nfs+nis+rsh(ssh)。
现在我们要买dell 的刀片服务器，请问我们的集群规划方案是否还合适呢？
另外，由于我们的刀片是AMD Operon 64 位处理器，在选择操作系统和编译器方面有哪些需要注意的呢？
有经验的请指点一下。
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1楼 2008-06-12 11:43:50
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wgpig

木虫 (小有名气)
★
spur(金币+1,VIP+0):3Q!欢迎常来小木虫！
这个要取决于你们集群的规模，运算的软件，采用的并行环境有关。太笼统了，可否详细点。
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2楼2008-06-12 14:34:15
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yfshao

新虫 (小有名气)
是这样。我们的刀片是AMD Operon 64位。一个刀片有两个cpu，每个cpu为四核，每个刀片8G内存，146G硬盘，千兆网。共16个刀片。

组内都是做第一原理的。8个人，全部采用开源软件。

采用什么软件应该关系不大吧？我们的软件和编译器一直都是用的开源或非商业版的（像Iintel fortran /c++编译器）

[ Last edited by yfshao on 2008-6-12 at 17:23 ]
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3楼2008-06-12 17:20:26
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shenjjjj

新虫 (初入文坛)
没问题的，都是这么做得，不过千兆网的性能应该是并行运算中最大的瓶颈了，你们机器配置那么好，应该用更好的网络环境。当然，如果对并行要求不是很高也无所谓了。
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4楼2008-06-12 20:53:08
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yfshao

新虫 (小有名气)
机器是老板选好的，包括千兆网，我只是干些体力活。
不过主机如何规划，某一直在琢磨。因为有16个146G的硬盘，和8，9个作第一原理的用户。
下面是我的计划，不知道是否可行。
1. 安装64位的linux操作系统（哪位可以推荐一下，什么比较好）
2.在硬盘划分上，采用鸟哥的方案：每个硬盘划出/，/usr，//home，/var，/swap, /disk1几个分区。把服务器上的/home作NFS共享，把16个 /disk1通过NFS共享给服务器和每个节点，充分利用硬盘。
3. NIS 帐户共享
4.设置rsh和ssh服务
5. 下载64位编译器，把我们用的开源软件都编译成64位的。
各位以为如何？
请不吝赐教！
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5楼2008-06-12 21:57:15
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wgpig

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与，化学区正在举办十大“耐思”版主评选，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527，欢迎你去投票支持计模版版主！
我不做第一性原理的。只是经常给别人做机群，还是有一些了解。就我的经验，要全部利用上16个节点跑并行，千兆的交换机是计算的主要瓶颈所在。建议尽可能采用好的交换机。不行的话就用方案B（下面再讲）。
并行的环境包括编译器，数学库，以及MPI全部采用INTEL的或者是PGI的。这样整个环境能够整合的比较好，要是自己编译数学库，和MPICH等等话，问题多多。我们的任务是科研，没有必要在这上面浪费太多功夫。
磁盘的划分，没有什么特别的要求的。不过鸟哥的那个不太好。首先，你是否采用盘阵列，是否用RAID。分区的话，把HOME分出去，另外划分一个专门安装软件的分区，也共享出去，专门的文件独立分区共享。
OS REDHAT基本是唯一的选择。不是说别的不好，或者不行。主要是一般的开源代码都会在REDHAT下调试过。
NIS，NFS，RSH（SSH）是必须配备的。LZ看起来很熟悉了。要费点心思的是网络调优。不用我罗嗦。
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6楼2008-06-12 22:44:16
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wgpig

木虫 (小有名气)
PS才发现这个 spur(金币+1,VIP+0):3Q!欢迎常来小木虫！
其实我是小木虫第一批的注册人了。中间服务器坏了好几次。先把我几百金币还我。
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7楼2008-06-12 22:46:38
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yfshao

新虫 (小有名气)
感谢5楼的耐心帮助。
如果是普通PC组成的集群，比如dell或Hp的，还比较熟悉一些。因为我们一直在用这样的集群。

现在我们购买的刀片服务器是DELL PowerEdge M605. 每个刀片上面有DELL的 256M CERC6 RAID 控制器，还有一套DELL OpenManage管理软件。请问这两个东西是做什么的呢？  我们的交换机是DELL M6220千兆网三层交换机

操作系统需要购买企业版吗？一般支持x86_64位的开源系统就可以吧？suse也应该有比较稳定的吧？我自己用的PC上就是suse10.1。

其实现在我们也有些无奈。科研模式还有些作坊式，没有做到流水线，专门化 。像我们所，因为每个计算组从属于不同的课题大组，所以很分散，而且规模又都不是很大，所以不会请专门的人来管理集群。一般都是组里的学生自己全面负责。这样的好处是，对于学生，比如我，也不失为一个学习的机会。 缺点是设备高效使用和维护不会每个组都做得很好。事实上，我了解到有些组的管理就比较乱。

sorry,说了些没有的。总之，老板让我负责新设备，我只好请教大家，继续学习了。
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8楼2008-06-13 09:42:09
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yqzhang6518

金虫 (正式写手)
可以安装结群管理系统，这样就方便多了
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9楼2008-06-13 10:07:30
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wgpig

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与，化学区正在举办十大“耐思”版主评选，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527，欢迎你去投票支持计模版版主！
用过DELL的1850，2850系列的。256M CERC6 RAID 就是DELL集成的RAID，要是对RAID不熟悉，可以先GOOGLE，设置的时候让DELL的人来做。OpenManage是DELL的管理软件，我们没有购买他们的软件。OpenManage好用不好用不好评价。我这里装的是ganglia，我也推荐你使用这个。
RH没有必要购买他们的服务。或者用社区版那个也行，64的U就用64的OS吧。suse或者别的服务器版本的OS应该都可以，只是在某些情况下要多费点时间。

要是对cluster配置不熟悉可以用rockcluster，非常不错的。
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10楼2008-06-13 18:21:52
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