应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 用VASP-DFPT+phonopy计算石墨烯声子谱求助
53/1返回列表
查看: 10914  |  回复: 37
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

conperint

金虫 (正式写手)

[求助] 用VASP-DFPT+phonopy计算石墨烯声子谱求助

本人用VASP-DFPT+phonopy计算声子谱，下图是我计算得到的石墨烯的声子谱
用VASP-DFPT+phonopy计算石墨烯声子谱求助

下图是一篇PRB文章里给出的石墨烯的声子谱（PHYSICAL REVIEW B 77, 125401 2008）
用VASP-DFPT+phonopy计算石墨烯声子谱求助-1

两个图形状差不多，也都有一点虚频（很小）。但是仔细观察可以发现，PRB文章算出的声子谱在Gamma点的频率为1586cm-1，而我算出的值为1300cm-1，其他点频率值也都不一样。我不清楚是什么原因，还请高手指导一下。（我测试了一下phonopy给的NaCl的例子，没有问题，会不会是计算二维材料声子谱跟块体材料声子谱的计算有不一样的地方呢？）

我在这里把我算声子谱的过程贴出来给大家分享一下：
（1）优化石墨烯晶格，我用的GGA-PBE，能量判据为10-4eV，力收敛到0.01eV/A。优化得到石墨烯晶格常数为2.4673A。这一步应该没有问题。

（2）按照phonopy给的提示，扩胞，我扩了4*4的胞，a,b方向长度都接近10A，总共32个C原子。利用该超胞计算力常数。K点设定6*6*1。计算力常数的INCAR文件贴出来如下：
SYSTEM = graphene
PREC = Accurate
ISTART = 0
ICHARG = 2
LREAL = .FALSE.
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.

ENCUT = 550
EDIFF = 1.0E-8
GGA = PE
NELM = 60
NELMIN = 4

NSW = 1
IBRION = 8
ISIF = 2
POTIM = 0.2
ISMEAR = 0 !Gaussian
SIGMA = 0.02
IALGO = 38
ADDGRID = .TRUE.

（3）计算完力常数以后，根据phonopy里给出的提示，运行命令：phonopy --fc vasprun.xml，得到文件FORCE_CONSTANTS。

（4）运行命令：phonopy --dim="4 4 1" -c POSCAR-unitcell band.conf 得到band.yaml文件，然后采用phonopy提供的scirpts程序bandplot得到数据，导入origin画声子谱

band.conf文件设置如下：
ATOM_NAME = C
DIM = 4 4 1
PRIMITIVE_AXIS = 0.25 0.0 0.0 0.0 0.25 0.0 0.0 0.0 1.0
BAND = 0.0 0.0 0.0 0.08333333 0.08333333 0.0 0.125 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
BAND_POINTS = 200
FORCE_CONSTANTS = READ
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼2015-01-31 21:26:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

国花1989

铜虫 (小有名气)
大神，您好！这是2015年的帖子，想必计算石墨烯的声子普现在对你来说易如反掌了吧！我想请教一个问题，望回复。
我的计算采用VASP+DFPT+phonopy（IBRION=8然后用phonopy处理）
超胞用的6*6*1,K点为9*9*1
这是我的INCAR
system=osc
ISTART=0
ICHARG=2
ENCUT=500
PREC = Accurate

ISMEAR=0
SIGMA=0.1
EDIFF=1E-08
IALGO=38
NELM=60

NSW=1
IBRION=8
EDIFFG=-1E-04
#POTIM=0.2

#ISIF=2
ADDGRID = .TRUE.

LREAL=.FALSE.
LWAVE=.FALSE.
LCHARG=.FALSE.

GGA=PE
#LMAXTAU=6
LSUBROT=T #
图片是我的计算结果（声子普）

我的计算输出为
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1     0.272182855342E+04    0.27218E+04   -0.10197E+05  2080   0.106E+03
DAV:   2    -0.158855122404E+03   -0.28807E+04   -0.27773E+04  3040   0.252E+02
DAV:   3    -0.692955056835E+03   -0.53410E+03   -0.53287E+03  2400   0.121E+02
DAV:   4    -0.708964673237E+03   -0.16010E+02   -0.15955E+02  2400   0.276E+01
DAV:   5    -0.709397935827E+03   -0.43326E+00   -0.43292E+00  2816   0.403E+00    0.376E+01
DAV:   6    -0.677015902513E+03    0.32382E+02   -0.30477E+01  2144   0.100E+01    0.221E+01
DAV:   7    -0.664463657658E+03    0.12552E+02   -0.41458E+01  2240   0.115E+01    0.568E+00
DAV:   8    -0.664220895831E+03    0.24276E+00   -0.90711E-01  2304   0.195E+00    0.548E-01
DAV:   9    -0.664172638386E+03    0.48257E-01   -0.72933E-02  2336   0.478E-01    0.436E-01
DAV:  10    -0.664099768725E+03    0.72870E-01   -0.84114E-02  2176   0.397E-01    0.358E-01
DAV:  11    -0.664112393672E+03   -0.12625E-01   -0.22063E-02  2208   0.237E-01    0.218E-01
DAV:  12    -0.664136461507E+03   -0.24068E-01   -0.45457E-03  2176   0.128E-01    0.794E-02
DAV:  13    -0.664148178612E+03   -0.11717E-01   -0.58636E-04  2080   0.385E-02    0.493E-02
DAV:  14    -0.664168062230E+03   -0.19884E-01   -0.29950E-03  2048   0.562E-02    0.168E-02
DAV:  15    -0.664171036448E+03   -0.29742E-02   -0.31765E-04  2144   0.190E-02    0.466E-03
DAV:  16    -0.664171436932E+03   -0.40048E-03   -0.22567E-05  2016   0.597E-03    0.404E-03
DAV:  17    -0.664171668598E+03   -0.23167E-03   -0.11372E-05  1952   0.482E-03    0.158E-03
DAV:  18    -0.664171760753E+03   -0.92155E-04   -0.18372E-07  2016   0.886E-04    0.930E-04
DAV:  19    -0.664171817344E+03   -0.56591E-04   -0.58797E-07  1952   0.968E-04    0.499E-04
DAV:  20    -0.664171832640E+03   -0.15296E-04    0.15921E-08  1600   0.358E-04    0.212E-04
DAV:  21    -0.664171834878E+03   -0.22384E-05    0.10949E-07  1728   0.142E-04    0.871E-05
DAV:  22    -0.664171835375E+03   -0.49700E-06    0.12023E-07  1216   0.818E-05    0.405E-05
DAV:  23    -0.664171835374E+03    0.11933E-08    0.12113E-07  1632   0.309E-05    0.335E-05
DAV:  24    -0.664171835378E+03   -0.46202E-08    0.12142E-07  1376   0.143E-05    0.323E-05
DAV:  25    -0.664171835380E+03   -0.13497E-08    0.12267E-07  1504   0.710E-06    0.323E-05
DAV:  26    -0.664171835379E+03    0.78944E-09    0.12150E-07  1568   0.408E-06    0.323E-05
DAV:  27    -0.664171835379E+03   -0.12005E-09    0.12105E-07  1440   0.260E-06    0.323E-05
DAV:  28    -0.664171835379E+03    0.27285E-09    0.12203E-07  1408   0.177E-06    0.323E-05
DAV:  29    -0.664171835379E+03   -0.18554E-09    0.12074E-07  1440   0.130E-06    0.323E-05
DAV:  30    -0.664171835379E+03   -0.34925E-09    0.12095E-07  1408   0.916E-07    0.323E-05
DAV:  31    -0.664171835379E+03   -0.21828E-10    0.12119E-07  1440   0.694E-07    0.323E-05
DAV:  32    -0.664171835379E+03    0.22919E-09    0.12216E-07  1440   0.529E-07    0.323E-05
DAV:  33    -0.664171835380E+03   -0.47658E-09    0.12042E-07  1376   0.414E-07    0.323E-05
DAV:  34    -0.664171835379E+03    0.57116E-09    0.12199E-07  1440   0.319E-07    0.323E-05
DAV:  35    -0.664171835379E+03   -0.76398E-10    0.12135E-07  1440   0.252E-07    0.323E-05
DAV:  36    -0.664171835379E+03    0.24374E-09    0.12205E-07  1408   0.196E-07    0.323E-05
DAV:  37    -0.664171835380E+03   -0.81127E-09    0.12073E-07  1440   0.156E-07    0.323E-05
DAV:  38    -0.664171835379E+03    0.17099E-09    0.12154E-07  1440   0.123E-07    0.323E-05
DAV:  39    -0.664171835379E+03    0.40382E-09    0.12159E-07  1344   0.985E-08    0.323E-05
DAV:  40    -0.664171835379E+03   -0.98225E-10    0.12241E-07  1280   0.775E-08    0.323E-05
DAV:  41    -0.664171835379E+03   -0.33833E-09    0.12078E-07  1344   0.626E-08    0.323E-05
DAV:  42    -0.664171835379E+03    0.43656E-10    0.12095E-07  1312   0.495E-08    0.323E-05
DAV:  43    -0.664171835379E+03    0.36744E-09    0.12211E-07  1280   0.402E-08    0.323E-05
DAV:  44    -0.664171835379E+03   -0.10186E-09    0.12245E-07  1344   0.319E-08    0.323E-05
DAV:  45    -0.664171835379E+03    0.12369E-09    0.12187E-07  1344   0.263E-08    0.323E-05
DAV:  46    -0.664171835379E+03    0.72760E-10    0.12178E-07  1312   0.209E-08    0.323E-05
DAV:  47    -0.664171835379E+03    0.47294E-10    0.12281E-07  1344   0.171E-08    0.323E-05
DAV:  48    -0.664171835379E+03   -0.36380E-09    0.12229E-07  1280   0.137E-08    0.323E-05
DAV:  49    -0.664171835379E+03    0.50568E-09    0.12234E-07  1248   0.113E-08    0.323E-05
DAV:  50    -0.664171835379E+03    0.18190E-09    0.12249E-07  1248   0.913E-09    0.323E-05
DAV:  51    -0.664171835379E+03   -0.25466E-09    0.12181E-07  1248   0.757E-09    0.323E-05
DAV:  52    -0.664171835379E+03   -0.43292E-09    0.12121E-07  1248   0.617E-09    0.323E-05
DAV:  53    -0.664171835379E+03    0.45475E-09    0.12276E-07  1248   0.521E-09    0.323E-05
DAV:  54    -0.664171835379E+03   -0.29468E-09    0.12108E-07  1248   0.430E-09    0.323E-05
DAV:  55    -0.664171835379E+03    0.28740E-09    0.12326E-07  1248   0.367E-09    0.323E-05
DAV:  56    -0.664171835379E+03   -0.37835E-09    0.12157E-07  1248   0.306E-09    0.323E-05
DAV:  57    -0.664171835380E+03   -0.44020E-09    0.12191E-07  1248   0.267E-09    0.323E-05
DAV:  58    -0.664171835379E+03    0.32014E-09    0.12200E-07  1248   0.229E-09    0.323E-05
DAV:  59    -0.664171835379E+03    0.66939E-09    0.12163E-07  1152   0.201E-09    0.323E-05
DAV:  60    -0.664171835379E+03   -0.56025E-09    0.12214E-07  1152   0.175E-09
   1 F= -.66417184E+03 E0= -.66416732E+03  d E =-.902703E-02
Linear response reoptimize wavefunctions to high precision
DAV:   1    -0.664171835379E+03   -0.12733E-09    0.12201E-07  1056   0.157E-09
DAV:   2    -0.664171835379E+03    0.37835E-09    0.12343E-07  1056   0.139E-09
DAV:   3    -0.664171835379E+03   -0.25466E-09    0.12138E-07  1056   0.127E-09
Linear response DOF=           2
Linear response progress:
  Degree of freedom:   1/  2
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
RMM:   1    -0.148813587331E+00   -0.14881E+00    0.32617E-02  9250   0.857E-01
RMM:   2    -0.122463619931E+00    0.26350E-01   -0.10851E-02  5855   0.224E-01    0.259E-01
RMM:   3    -0.119917510682E+00    0.25461E-02   -0.39110E-03  5328   0.100E-01    0.130E-01
RMM:   4    -0.118931791076E+00    0.98572E-03   -0.56747E-04  5382   0.418E-02    0.493E-02
RMM:   5    -0.118582905734E+00    0.34889E-03   -0.59806E-05  5363   0.155E-02    0.870E-03
RMM:   6    -0.118603091486E+00   -0.20186E-04   -0.35631E-06  5781   0.362E-03    0.213E-03
RMM:   7    -0.118619378680E+00   -0.16287E-04   -0.11216E-06  5941   0.115E-03    0.713E-04
RMM:   8    -0.118619293187E+00    0.85493E-07   -0.15409E-06  6010   0.383E-04    0.271E-04
RMM:   9    -0.118619719101E+00   -0.42591E-06   -0.15407E-06  6115   0.183E-04    0.121E-04
RMM:  10    -0.118619285641E+00    0.43346E-06   -0.13532E-06  6166   0.146E-04    0.607E-05
RMM:  11    -0.118619171547E+00    0.11409E-06   -0.13236E-06  6445   0.119E-04    0.321E-05
RMM:  12    -0.118619180885E+00   -0.93376E-08   -0.15839E-06  6833   0.100E-04    0.191E-05
RMM:  13    -0.118619210317E+00   -0.29432E-07   -0.14772E-06  7348   0.808E-05    0.109E-05
RMM:  14    -0.118619231149E+00   -0.20832E-07   -0.16626E-06  7741   0.688E-05    0.545E-06
RMM:  15    -0.118619219601E+00    0.11549E-07   -0.14926E-06  7782   0.649E-05    0.361E-06
RMM:  16    -0.118619249265E+00   -0.29665E-07   -0.17996E-06  8223   0.602E-05    0.262E-06
RMM:  17    -0.118619204794E+00    0.44472E-07   -0.13753E-06  8067   0.594E-05    0.173E-06
force on displaced ion       1 direction 1 : -61.436  -0.000   0.000
Linear response progress:
  Degree of freedom:   2/  2
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
RMM:   1    -0.110434693204E+00   -0.11043E+00    0.27705E-03  3660   0.622E-01
RMM:   2    -0.107524025501E+00    0.29107E-02   -0.37807E-03  3225   0.109E-01    0.175E-01
RMM:   3    -0.106516338541E+00    0.10077E-02   -0.44343E-04  2624   0.406E-02    0.944E-02
RMM:   4    -0.105721296554E+00    0.79504E-03   -0.45926E-04  2742   0.385E-02    0.145E-02
RMM:   5    -0.105922642210E+00   -0.20135E-03   -0.24097E-05  2998   0.912E-03    0.302E-03
RMM:   6    -0.105895526110E+00    0.27116E-04   -0.10421E-06  3271   0.188E-03    0.114E-03
RMM:   7    -0.105911113437E+00   -0.15587E-04   -0.14701E-07  2970   0.633E-04    0.161E-04
RMM:   8    -0.105909853470E+00    0.12600E-05    0.38011E-08  3426   0.143E-04    0.781E-05
RMM:   9    -0.105910392499E+00   -0.53903E-06    0.47833E-08  3420   0.747E-05    0.415E-05
RMM:  10    -0.105910044845E+00    0.34765E-06   -0.10475E-08  3584   0.532E-05    0.204E-05
RMM:  11    -0.105909834667E+00    0.21018E-06    0.24963E-08  3609   0.517E-05    0.138E-05
RMM:  12    -0.105909960334E+00   -0.12567E-06   -0.16925E-08  3804   0.357E-05    0.668E-06
RMM:  13    -0.105909931785E+00    0.28549E-07    0.67272E-09  3895   0.316E-05    0.351E-06
RMM:  14    -0.105909900178E+00    0.31607E-07    0.18023E-08  4110   0.265E-05    0.207E-06
RMM:  15    -0.105909909342E+00   -0.91648E-08   -0.11498E-08  4031   0.245E-05    0.107E-06
force on displaced ion       1 direction 3 :   0.000   0.000 -14.353
Linear response finished


声子普在ZA支有虚频，（1）我在想二维材料用DFPT计算有什么要注意的吗？
                               （2）我的Degree of freedom:  2，我知道二维材料的自由度为2，但是计算声子普是不是三个方向都要震动呢？您的计算也这样吗？我是刚入门，很纠结··

望大神指导·····
用VASP-DFPT+phonopy计算石墨烯声子谱求助-2
graphene-2fc-DFPT.jpg


用VASP-DFPT+phonopy计算石墨烯声子谱求助-3
graphene-2fc-DFPT-zoom.jpg
赞一下 回复此楼
有梦就不要怕痛！！
27楼2017-03-24 10:00:17
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 38 个回答

conperint

金虫 (正式写手)
我刚才又仔细看了一下，只有LO和TO这两支光学波在Gamma点附近不一样，其他地方两幅图基本完全一样。
赞一下 回复此楼
2楼2015-01-31 21:33:12
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuanghua304

禁虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
conperint(ljw4010代发): 金币+40, 楼主奖赏 2015-02-04 11:20:04
ljw4010: 应助指数+1 2015-02-05 16:04:53
本帖内容被屏蔽

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

conperint
3楼2015-02-01 11:27:03
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

conperint

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chuanghua304 at 2015-02-01 11:27:03
首先看文献用的是LDA还是PBE？SIGMA = 0.02太小了，用0.1就行了。还有就是看人家都到底是扩的多大的包。

谢谢回复。

（1）文献里没说扩的多大胞，这个也就没法比较了。我又重新扩了6*6*1的胞，算出的声子谱只有3支声学波，光学波完全没有。

（2）文献里泛函用的是LDA，我用的PBE。我用LDA重新算了一下声子谱。画出来的Gamma点LO和TO的频率反而变得更小了，只有1000cm-1多一点，与文献的数据1586cm-1差的更多了，很奇怪。。。不知道是什么原因？

LDA泛函画出的声子谱
用VASP-DFPT+phonopy计算石墨烯声子谱求助-4
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2015-02-01 14:44:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 38 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭