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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 如何将晶体数据导入gview，只显示一个分子结构，而不是晶胞图。
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丁小凡

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何将晶体数据导入gview，只显示一个分子结构，而不是晶胞图。 已有2人参与

我只想要一个分子结构，而不是这种晶胞。

如何将晶体数据导入gview，只显示一个分子结构，而不是晶胞图。
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搞科研
1楼 2015-01-20 15:44:04
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beibyangyang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有一种方法，就是把晶体文件用chem3D打开，再保存成高斯输入文件就会死一个单一的分子。不过得到的结构不是特别完美，因为几个软件的兼容性没那么无缝。但是，楼主可以试试。
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2楼2015-01-20 20:52:06
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丁小凡

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by beibyangyang at 2015-01-20 20:52:06
有一种方法，就是把晶体文件用chem3D打开，再保存成高斯输入文件就会死一个单一的分子。不过得到的结构不是特别完美，因为几个软件的兼容性没那么无缝。但是，楼主可以试试。

你好 我以前没有用过chem3D  按您说的方法下载了chem3D ，但是怎么将晶体文件用chem3D 打开？谢谢啦
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搞科研
3楼2015-01-21 10:34:56
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tiechong

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by 丁小凡 at 2015-01-21 10:34:56
你好 我以前没有用过chem3D  按您说的方法下载了chem3D ，但是怎么将晶体文件用chem3D 打开？谢谢啦...

直接把晶体文件拖到软件界面，或者可以打开，然后在下拉格式里找cif

其实最好害死保存成xyz，然后再用gaussview打开，兼容性会还写
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4楼2015-01-21 11:00:04
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丁小凡

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tiechong at 2015-01-21 11:00:04
直接把晶体文件拖到软件界面，或者可以打开，然后在下拉格式里找cif

其实最好害死保存成xyz，然后再用gaussview打开，兼容性会还写...

您好 我按您的方法使用chem3D可以导入到Gaussview了  但是不知道为什么刚开始放进去还是正常有键的 现在就只有原子没有键了   还有我的结构测出来重影的 一个地方有两个挨着的原子  怎么能让他只有一个？谢谢您了
如何将晶体数据导入gview，只显示一个分子结构，而不是晶胞图。-1
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如何将晶体数据导入gview，只显示一个分子结构，而不是晶胞图。-2
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搞科研
5楼2015-01-21 12:44:00
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tiechong

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
丁小凡: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2015-01-22 10:04:17
引用回帖:
5楼: Originally posted by 丁小凡 at 2015-01-21 12:44:00
您好 我按您的方法使用chem3D可以导入到Gaussview了  但是不知道为什么刚开始放进去还是正常有键的 现在就只有原子没有键了   还有我的结构测出来重影的 一个地方有两个挨着的原子  怎么能让他只有一个？谢谢您了
...

你这个明显是晶体结构里很多原子振荡幅度很大, 解晶体的人不确定原子位置,用了几个可能位置,  cif文件里只有一个是最可能的位置, 你必须去cif文件里把标记叠影原子删除, 这类原子的标记是不一样的
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6楼2015-01-21 15:45:33
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beibyangyang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
丁小凡: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2015-01-22 10:04:36
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3楼: Originally posted by 丁小凡 at 2015-01-21 10:34:56
你好 我以前没有用过chem3D  按您说的方法下载了chem3D ，但是怎么将晶体文件用chem3D 打开？谢谢啦...

右键，打开方式》》打开了，分子乱糟糟的。没关系，保存成高斯输入文件就可以了。再用GV打开。可能还是比较乱，这就需要你自己调试了，再进行优化。前边我也说过，兼容性不是特别好。但是我的不少体系是按这个方法做的。节省了不少的用GV画分子时间。
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7楼2015-01-21 16:56:29
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丁小凡

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by tiechong at 2015-01-21 15:45:33
你这个明显是晶体结构里很多原子振荡幅度很大, 解晶体的人不确定原子位置,用了几个可能位置,  cif文件里只有一个是最可能的位置, 你必须去cif文件里把标记叠影原子删除, 这类原子的标记是不一样的...

您好，我是初学者，也没有人带，我不知道怎么去cif文件里删除重影原子，您可以教我一下吗？
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搞科研
8楼2015-01-22 10:02:10
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