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y1ding铁杆木虫 (著名写手)
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[交流]
【转载一个VASP例子】
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我们用Pd金属作为例子。 Pd金属的实验上的晶格常数为3.89A。在这里，我们用VASP计算它的晶格常数。 首先将Pd所对应的POTCAR文件拷贝到目录下。然后准备好INCAR和KPOINTS文件。POSCAR文件我们将通过一个tcsh的script来产生。 KPOINTS文件可以如下： Monkhorst Pack 0 Monkhorst Pack 11 11 11 0 0 0 INCAR文件可以如下： SYSTEM = Pd bulk calculation Startparameter for this run: PREC = Accurate ISTART = 0 job : 0-new 1-cont 2-samecut ICHARG = 2 charge: 1-file 2-atom 10-const ISPIN = 1 spin polarized calculation? Electronic Relaxation 1 EDIFF = 0.1E-03 stopping-criterion for ELM LREAL = .FALSE. real-space projection Ionic relaxation EDIFFG = 0.1E-02 stopping-criterion for IOM NSW = 0 number of steps for IOM IBRION = 2 ionic relax: 0-MD 1-quasi-New 2-CG ISIF = 2 stress and relaxation POTIM = 0.10 time-step for ionic-motion TEIN = 0.0 initial temperature TEBEG = 0.0; TEEND = 0.0 temperature during run DOS related values: ISMEAR = 0 ; SIGMA = 0.05 gaussian smear Electronic relaxation 2 (details) Write flags LWAVE = F write WAVECAR LCHARG = F write CHGCAR 产生POSCAR和计算晶格常数的工作可以用以下的PBS script来完成。 #!/bin/tcsh #PBS -S /bin/sh #PBS -l nodes=4:athlon:ppn=2 #PBS -l cput=384:00:00 #PBS -m ae #PBS -o output #PBS -e error.log # set parameter set EXEC = 'vasp' set SRC = '/usr/common/executable' # change working directory cd $PBS_O_WORKDIR # copy fresh executable from depository cp -f $SRC/$EXEC . # execute mpi program foreach a (3.3 3.4 3.5 3.6 3.7) echo "a= $a" cat >POSCAR < cubic diamond $a 0.5 0.5 0.0 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 2 direct 0.0 0.0 0.0 0.25 0.25 0.25 ! mpiexec -nostdin ./$EXEC set E=`tail -2 OSZICAR` echo $a $E >>SUMMARY end # remove executable rm -f $EXEC 如果不用不需要用PBS script，则更加简单，如下即可。将其命名为lattice。 #!/bin/tcsh foreach a (3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2) echo "a= $a" cat >POSCAR < fcc lattice $a 0.5 0.5 0.0 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 1 cartesian 0.0 0.0 0.0 ! ./vasp set E=`tail -1 OSZICAR` echo $a $E >>SUMMARY end 用chmod +x lattice，将其改为可执行文件。然后在命令行里键入./lattice 即可。 以下是用USPP-LDA运行完后的SUMMARY文件。每个计算用时13秒。 （在USPP中Pd的截断能量是198.955） 3.5 1 F= -.52384500E+01 E0= -.52371846E+01 d E =-.253072E-02 3.6 1 F= -.58695670E+01 E0= -.58683951E+01 d E =-.234381E-02 3.7 1 F= -.62322232E+01 E0= -.62311104E+01 d E =-.222547E-02 3.8 1 F= -.63932936E+01 E0= -.63921078E+01 d E =-.237151E-02 3.9 1 F= -.64072233E+01 E0= -.64058584E+01 d E =-.272979E-02 4.0 1 F= -.63162916E+01 E0= -.63147061E+01 d E =-.317085E-02 4.1 1 F= -.61523489E+01 E0= -.61504748E+01 d E =-.374817E-02 4.2 1 F= -.59418370E+01 E0= -.59396594E+01 d E =-.435530E-02 用抛物线拟和得到的晶格常数为$3.888\AA$,固体中每个原子的能量是$E_{bulk}=-6.4257$。 以下是采用PAW-LDA势运行完以后的SUMMARY文件。每个计算用时20秒。所以相对来说PAW势所需要的时间多一些，这是因为PAW势的energy cutoff相对比较高（在PAW中Pd的截断能量是250.832）。 3.5 1 F= -.52393107E+01 E0= -.52377274E+01 d E =-.316665E-02 3.6 1 F= -.58814938E+01 E0= -.58798653E+01 d E =-.325695E-02 3.7 1 F= -.62451262E+01 E0= -.62437004E+01 d E =-.285149E-02 3.8 1 F= -.64049388E+01 E0= -.64036223E+01 d E =-.263317E-02 3.9 1 F= -.64158100E+01 E0= -.64143798E+01 d E =-.286044E-02 4.0 1 F= -.63210060E+01 E0= -.63194198E+01 d E =-.317251E-02 4.1 1 F= -.61536329E+01 E0= -.61518107E+01 d E =-.364433E-02 4.2 1 F= -.59385695E+01 E0= -.59364165E+01 d E =-.430601E-02 用抛物线拟和得到的晶格常数为$3.875\AA$,固体中每个原子的能量E_bulk=-6.4185eV 可见，PAW-LDA和USPP-LDA给出的晶格常数都和实验吻合的非常好，两者之间的差别也很小。在以下所有的计算中，如果没有特殊声明，我们都默认采用PAW-LDA的势。 结合能(cohesive energy)的定义如下： -E_coh = [E_bulk-N*E_atom]/N 单个Pd原子的能量为-1.426eV，所以我们得到Pd每个原子（相对于spin non-polorize的原子）的结合能为4.998eV。如果考虑Pd原子的spin-polarize的修正1.46eV， 则结合能为6.458eV。 http://blog.chinaunix.net/u2/65114/showart_569837.html http://blog.chinaunix.net/u2/65114/showart_569837.html [ Last edited by wuchenwf on 2009-6-13 at 23:08 ] |
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