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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】关于结合自由能。
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lifei_dut

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于结合自由能。

最近想计算化合物分子和蛋白质的结合自由能。以前了解用amber可以计算，但是需要有对接好的晶形结构，不知道还有什么别的方法或者软件可以得到？先谢过了。

[ Last edited by zzgyb on 2008-6-3 at 17:50 ]
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1楼 2008-06-03 10:39:44
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shenjjjj

新虫 (初入文坛)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 鼓励新人
很多对接软件都可以。很多打分函数可以计算出近似的结合自由能。

schrodinger软件中的MMGBSA也可以快速的得到结合自由能，amber需要动力学取样，时间需要久一点。
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3楼2008-06-15 21:16:54
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qlzhang

铜虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 鼓励新人
可以用MS得到
E（结合能）=E（蛋白质）+E（化合物）-E(总)
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2楼2008-06-15 18:17:30
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lifei_dut

金虫 (小有名气)
感谢2楼3楼的回复。请问用MS的时候，用他自带的哪部分力场？对于结合能我了解的不多。
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4楼2008-06-18 09:17:55
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qlzhang

铜虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 鼓励新人 十大“耐思”版主评选欢迎参与投票 http://edu.emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1
关于力场的使用，要看你的体系了，对于你现在的体系建议你用DISCOVER里面的DREIDING或COMPASS。
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5楼2008-06-18 17:26:59
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