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lifei_dut

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何评价autodock的结果?

想用amber计算结合自由能。但是pdb文库中没有现成的晶型。于是采用autodock将受体和配体进行对接。但是不知道结果对不对?
另外用amber计算结合自由能,如何写输入文件呢?我是菜鸟,请高手赐教啊。小女子先谢过了。

[ Last edited by zzgyb on 2008-6-3 at 17:37 ]
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chemhz

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢您的参与,欢迎您再次光临计算模拟版!
dock只能预测,所以除了做结构来验证,任何人都不能说是真实的结合模式。  对不对不好说。 只要你能解释的通就ok!如果是操作上的问题,就只能靠自己摸索了! 印象中,amber计算自由能有一些不同的方式,它自带的tutorial中有些不错的模板,你可以照猫画虎!
2楼2008-06-01 11:19:20
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lifei_dut

金虫 (小有名气)

感谢回复,我试试看。
3楼2008-06-02 21:01:36
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