应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 用pamlx做codeml的结果怎么分析？
41/1返回列表
查看: 2691  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

小小的散

新虫 (初入文坛)

[求助] 用pamlx做codeml的结果怎么分析？ 已有1人参与

小虫想用codeml观察某个基因在进化过程中是正选择还是负选择，请问应该怎么分析下面的结果呢？
不胜感激


pamlx的输出结果：
15         verbose | verbose                1.00
  7         runmode | runmode                0.00
  4         seqtype | seqtype                1.00
13       CodonFreq | CodonFreq              0.00
14         estFreq | estFreq                0.00
34           ndata | ndata                  1.00
  9           clock | clock                  0.00
18          aaDist | aaDist                 0.00
16           model | model                  0.00
20         NSsites | NSsites                0.00
22           icode | icode                  0.00
23           Mgene | Mgene                  0.00
24       fix_kappa | fix_kappa              0.00
25           kappa | kappa                  2.00
26       fix_omega | fix_omega              0.00
27           omega | omega                  0.40
28       fix_alpha | fix_alpha              1.00
29           alpha | alpha                  0.00
30          Malpha | Malpha                 0.00
31           ncatG | ncatG                  5.00
11           getSE | getSE                  1.00
12    RateAncestor | RateAncestor           0.00
36      Small_Diff | Small_Diff             0.00
  6       cleandata | cleandata              0.00
37     fix_blength | fix_blength            0.00
  8          method | method                 0.00
CODONML in paml version 4.7, January 2013

----------------------------------------------
Phe F TTT | Ser S TCT | Tyr Y TAT | Cys C TGT
      TTC |       TCC |       TAC |       TGC
Leu L TTA |       TCA | *** * TAA | *** * TGA
      TTG |       TCG |       TAG | Trp W TGG
----------------------------------------------
Leu L CTT | Pro P CCT | His H CAT | Arg R CGT
      CTC |       CCC |       CAC |       CGC
      CTA |       CCA | Gln Q CAA |       CGA
      CTG |       CCG |       CAG |       CGG
----------------------------------------------
Ile I ATT | Thr T ACT | Asn N AAT | Ser S AGT
      ATC |       ACC |       AAC |       AGC
      ATA |       ACA | Lys K AAA | Arg R AGA
Met M ATG |       ACG |       AAG |       AGG
----------------------------------------------
Val V GTT | Ala A GCT | Asp D GAT | Gly G GGT
      GTC |       GCC |       GAC |       GGC
      GTA |       GCA | Glu E GAA |       GGA
      GTG |       GCG |       GAG |       GGG
----------------------------------------------
Nice code, uuh?


Ambiguity character definition table:

T (1): T
C (1): C
A (1): A
G (1): G
U (1): T
Y (2): T C
R (2): A G
M (2): C A
K (2): T G
S (2): C G
W (2): T A
H (3): T C A
B (3): T C G
V (3): C A G
D (3): T A G
- (4): T C A G
N (4): T C A G
? (4): T C A G

ns = 13          ls = 273
Reading sequences, sequential format..
Reading seq # 1: U68496     
Reading seq # 2: U68497     
Reading seq # 3: U68498     
Reading seq # 4: U68499     
Reading seq # 5: U68500     
Reading seq # 6: U68501     
Reading seq # 7: U68502     
Reading seq # 8: U68503     
Reading seq # 9: U68504     
Reading seq #10: U68505     
Reading seq #11: U68506     
Reading seq #12: U68507     
Reading seq #13: U68508     

Sequences read..
Counting site patterns..  0:00

          79 patterns at       91 /       91 sites (100.0%),  0:00
Counting codons..
NG distances for seqs.:
   1
  2   1:Sites    59.8 +  213.2 =  273.0        Diffs     3.0 +    6.0 =    9.0   2
  3   1:Sites    60.4 +  212.6 =  273.0        Diffs     1.5 +   18.5 =   20.0
  3   2:Sites    60.3 +  212.7 =  273.0        Diffs     1.5 +   22.5 =   24.0   3
  4   1:Sites    59.5 +  213.5 =  273.0        Diffs     1.5 +   19.5 =   21.0
  4   2:Sites    59.4 +  213.6 =  273.0        Diffs     1.5 +   21.5 =   23.0
  4   3:Sites    59.9 +  213.1 =  273.0        Diffs     0.0 +   14.0 =   14.0   4
  5   1:Sites    59.0 +  214.0 =  273.0        Diffs     2.5 +   25.5 =   28.0
  5   2:Sites    58.9 +  214.1 =  273.0        Diffs     2.5 +   27.5 =   30.0
  5   3:Sites    59.5 +  213.5 =  273.0        Diffs     2.5 +   16.5 =   19.0
  5   4:Sites    58.6 +  214.4 =  273.0        Diffs     1.0 +   10.0 =   11.0   5
  6   1:Sites    60.1 +  212.9 =  273.0        Diffs     2.5 +   23.5 =   26.0
  6   2:Sites    60.0 +  213.0 =  273.0        Diffs     2.5 +   27.5 =   30.0
  6   3:Sites    60.5 +  212.5 =  273.0        Diffs     1.0 +   19.0 =   20.0
  6   4:Sites    59.6 +  213.4 =  273.0        Diffs     1.0 +   25.0 =   26.0
  6   5:Sites    59.2 +  213.8 =  273.0        Diffs     3.5 +   27.5 =   31.0   6
  7   1:Sites    60.3 +  212.7 =  273.0        Diffs     5.8 +   31.2 =   37.0
  7   2:Sites    60.2 +  212.8 =  273.0        Diffs     5.3 +   33.7 =   39.0
  7   3:Sites    60.8 +  212.2 =  273.0        Diffs     3.8 +   24.2 =   28.0
  7   4:Sites    59.9 +  213.1 =  273.0        Diffs     3.8 +   25.2 =   29.0
  7   5:Sites    59.4 +  213.6 =  273.0        Diffs     6.3 +   29.7 =   36.0
  7   6:Sites    60.5 +  212.5 =  273.0        Diffs     2.3 +   26.7 =   29.0   7
  8   1:Sites    60.1 +  212.9 =  273.0        Diffs     3.5 +   28.5 =   32.0
  8   2:Sites    60.0 +  213.0 =  273.0        Diffs     3.5 +   28.5 =   32.0
  8   3:Sites    60.6 +  212.5 =  273.0        Diffs     2.5 +   24.5 =   27.0
  8   4:Sites    59.7 +  213.3 =  273.0        Diffs     2.5 +   26.5 =   29.0
  8   5:Sites    59.2 +  213.8 =  273.0        Diffs     4.0 +   28.0 =   32.0
  8   6:Sites    60.3 +  212.7 =  273.0        Diffs     3.5 +   27.5 =   31.0
  8   7:Sites    60.5 +  212.5 =  273.0        Diffs     7.5 +   25.5 =   33.0   8
  9   1:Sites    59.9 +  213.2 =  273.0        Diffs     4.0 +   26.0 =   30.0
  9   2:Sites    59.7 +  213.3 =  273.0        Diffs     6.0 +   28.0 =   34.0
  9   3:Sites    60.3 +  212.7 =  273.0        Diffs     5.0 +   20.0 =   25.0
  9   4:Sites    59.4 +  213.6 =  273.0        Diffs     4.5 +   20.5 =   25.0
  9   5:Sites    58.9 +  214.1 =  273.0        Diffs     6.5 +   24.5 =   31.0
  9   6:Sites    60.0 +  213.0 =  273.0        Diffs     6.5 +   20.5 =   27.0
  9   7:Sites    60.3 +  212.7 =  273.0        Diffs     7.8 +   21.2 =   29.0
  9   8:Sites    60.0 +  213.0 =  273.0        Diffs     7.0 +   23.0 =   30.0   9
10   1:Sites    59.7 +  213.3 =  273.0        Diffs     5.0 +   25.0 =   30.0
10   2:Sites    59.6 +  213.4 =  273.0        Diffs     5.0 +   27.0 =   32.0
10   3:Sites    60.1 +  212.9 =  273.0        Diffs     4.0 +   19.0 =   23.0
10   4:Sites    59.2 +  213.8 =  273.0        Diffs     3.5 +   20.5 =   24.0
10   5:Sites    58.8 +  214.2 =  273.0        Diffs     5.5 +   24.5 =   30.0
10   6:Sites    59.8 +  213.2 =  273.0        Diffs     4.5 +   22.5 =   27.0
10   7:Sites    60.1 +  212.9 =  273.0        Diffs     6.8 +   20.2 =   27.0
10   8:Sites    59.9 +  213.2 =  273.0        Diffs     4.0 +   24.0 =   28.0
10   9:Sites    59.6 +  213.4 =  273.0        Diffs     4.0 +    4.0 =    8.0  10
11   1:Sites    59.9 +  213.1 =  273.0        Diffs     2.5 +   26.5 =   29.0
11   2:Sites    59.8 +  213.2 =  273.0        Diffs     5.5 +   28.5 =   34.0
11   3:Sites    60.4 +  212.6 =  273.0        Diffs     4.5 +   23.5 =   28.0
11   4:Sites    59.5 +  213.5 =  273.0        Diffs     4.0 +   24.0 =   28.0
11   5:Sites    59.0 +  214.0 =  273.0        Diffs     5.5 +   27.5 =   33.0
11   6:Sites    60.1 +  212.9 =  273.0        Diffs     6.0 +   22.0 =   28.0
11   7:Sites    60.4 +  212.6 =  273.0        Diffs     8.3 +   24.7 =   33.0
11   8:Sites    60.1 +  212.9 =  273.0        Diffs     6.5 +   26.5 =   33.0
11   9:Sites    59.9 +  213.1 =  273.0        Diffs     3.5 +    4.5 =    8.0
11  10:Sites    59.7 +  213.3 =  273.0        Diffs     5.5 +    8.5 =   14.0  11
12   1:Sites    60.5 +  212.5 =  273.0        Diffs     4.5 +   29.5 =   34.0
12   2:Sites    60.4 +  212.6 =  273.0        Diffs     4.5 +   33.5 =   38.0
12   3:Sites    61.0 +  212.0 =  273.0        Diffs     3.5 +   19.5 =   23.0
12   4:Sites    60.1 +  212.9 =  273.0        Diffs     3.5 +   22.5 =   26.0
12   5:Sites    59.6 +  213.4 =  273.0        Diffs     5.0 +   26.0 =   31.0
12   6:Sites    60.7 +  212.3 =  273.0        Diffs     4.5 +   24.5 =   29.0
12   7:Sites    60.9 +  212.1 =  273.0        Diffs     7.3 +   21.7 =   29.0
12   8:Sites    60.7 +  212.3 =  273.0        Diffs     4.0 +   24.0 =   28.0
12   9:Sites    60.4 +  212.6 =  273.0        Diffs     6.0 +    9.0 =   15.0
12  10:Sites    60.3 +  212.7 =  273.0        Diffs     2.0 +    9.0 =   11.0
12  11:Sites    60.5 +  212.5 =  273.0        Diffs     5.5 +    9.5 =   15.0  12
13   1:Sites    59.9 +  213.1 =  273.0        Diffs     4.5 +   36.5 =   41.0
13   2:Sites    59.8 +  213.2 =  273.0        Diffs     4.5 +   36.5 =   41.0

13   3:Sites    60.4 +  212.6 =  273.0        Diffs     4.0 +   30.0 =   34.0
13   4:Sites    59.5 +  213.5 =  273.0        Diffs     4.0 +   27.0 =   31.0
13   5:Sites    59.0 +  214.0 =  273.0        Diffs     5.0 +   26.0 =   31.0
13   6:Sites    60.1 +  212.9 =  273.0        Diffs     6.0 +   28.0 =   34.0
13   7:Sites    60.4 +  212.6 =  273.0        Diffs     8.3 +   26.7 =   35.0
13   8:Sites    60.1 +  212.9 =  273.0        Diffs     5.0 +   27.0 =   32.0
13   9:Sites    59.9 +  213.1 =  273.0        Diffs     6.5 +   21.5 =   28.0
13  10:Sites    59.7 +  213.3 =  273.0        Diffs     2.5 +   22.5 =   25.0
13  11:Sites    60.0 +  213.0 =  273.0        Diffs     6.0 +   25.0 =   31.0
13  12:Sites    60.5 +  212.5 =  273.0        Diffs     2.5 +   22.5 =   25.0  13

      624 bytes for distance
    77104 bytes for conP
        0 bytes for fhK
  5000000 bytes for space

TREE #  1
(1, 2, ((3, (4, 5)), (6, (7, (8, ((((9, 11), 10), 12), 13))))));   MP score: 136
   1    0.231603
   2    0.118697
   3    0.105762
   4    0.103763
   5    0.103653
   6    0.103627
   7    0.103622
   8    0.103621
   9    0.103621
  10    0.103621
   424072 bytes for conP, adjusted

    0.033457    0.069836    0.113609    0.025446    0.076423    0.051361    0.027202    0.080448    0.042832    0.130329    0.033338    0.171651    0.000000    0.149217    0.040489    0.059854    0.009691    0.044490    0.031077    0.049686    0.039922    0.083111    0.177533    2.000000    0.400000

ntime & nrate & np:    23     2    25

Bounds (np=25):
   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000004   0.000100   0.000100
  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000  50.000000 999.000000 999.000000

np =    25
lnL0 = -1220.231096

Iterating by ming2
Initial: fx=  1220.231096
x=  0.03346  0.06984  0.11361  0.02545  0.07642  0.05136  0.02720  0.08045  0.04283  0.13033  0.03334  0.17165  0.00000  0.14922  0.04049  0.05985  0.00969  0.04449  0.03108  0.04969  0.03992  0.08311  0.17753  2.00000  0.40000

  1 h-m-p  0.0000 0.0007 469.0061 ++YYCCCC  1211.002298  5 0.0003    40 | 0/25
  2 h-m-p  0.0002 0.0008 132.5623 +CYYC  1203.765909  3 0.0007    73 | 0/25
  3 h-m-p  0.0001 0.0004 418.8964 YCYC   1200.900766  3 0.0002   105 | 0/25
  4 h-m-p  0.0004 0.0018 195.2846 YCCC   1196.208152  3 0.0008   138 | 0/25
  5 h-m-p  0.0001 0.0007 155.9189 +YYYYC  1192.968013  4 0.0005   171 | 0/25
  6 h-m-p  0.0001 0.0007 225.3270 YCCCC  1190.879786  4 0.0004   206 | 0/25
  7 h-m-p  0.0004 0.0019 133.2646 CCC    1189.925119  2 0.0004   238 | 0/25
  8 h-m-p  0.0007 0.0034  52.9874 CYC    1189.435621  2 0.0006   269 | 0/25
  9 h-m-p  0.0011 0.0054  28.7714 YYC    1189.173515  2 0.0010   299 | 0/25
10 h-m-p  0.0016 0.0154  17.3933 YC     1189.092352  1 0.0008   328 | 0/25
11 h-m-p  0.0022 0.0407   6.7537 CCC    1189.058260  2 0.0017   360 | 0/25
12 h-m-p  0.0014 0.0496   8.4704 YC     1188.992811  1 0.0031   389 | 0/25
13 h-m-p  0.0013 0.0452  20.2523 +YC    1188.822413  1 0.0037   419 | 0/25
14 h-m-p  0.0014 0.0203  54.5600 +YYYC  1188.196056  3 0.0052   451 | 0/25
15 h-m-p  0.0016 0.0080 149.1999 YCCC   1187.814327  3 0.0012   484 | 0/25
16 h-m-p  0.0017 0.0085  37.8110 YCC    1187.736402  2 0.0009   515 | 0/25
17 h-m-p  0.0024 0.0321  14.7235 YCC    1187.679796  2 0.0018   546 | 0/25
18 h-m-p  0.0041 0.0203   2.6057 YC     1187.666994  1 0.0020   575 | 0/25
19 h-m-p  0.0049 0.1463   1.0970 +CCC   1187.483706  2 0.0211   608 | 0/25
20 h-m-p  0.0019 0.0206  12.3306 +YCCCCC  1186.037745  5 0.0084   646 | 0/25
21 h-m-p  0.0008 0.0039  53.9582 +YCYCCC  1183.940036  5 0.0022   683 | 0/25
22 h-m-p  0.0003 0.0017  48.2643 YCCCC  1183.446020  4 0.0007   718 | 0/25
23 h-m-p  0.0004 0.0019  58.9156 CCCC   1183.089660  3 0.0006   752 | 0/25

24 h-m-p  0.0185 0.1105   1.7835 CY     1183.073174  1 0.0046   782 | 0/25
25 h-m-p  0.0084 0.1357   0.9676 CCC    1183.007084  2 0.0131   814 | 0/25
26 h-m-p  0.0021 0.1075   6.0391 ++YCCC  1181.405622  3 0.0281   874 | 0/25
27 h-m-p  0.0024 0.0121   9.3216 CYC    1181.379436  2 0.0007   905 | 0/25
28 h-m-p  0.0373 2.9850   0.1768 ++YCCC  1180.464300  3 1.2089   940 | 0/25
29 h-m-p  1.6000 8.0000   0.0575 CCC    1180.029465  2 2.5333   997 | 0/25
30 h-m-p  1.6000 8.0000   0.0851 CCC    1179.711214  2 2.4203  1054 | 0/25
31 h-m-p  1.6000 8.0000   0.0605 CCC    1179.643267  2 1.3058  1111 | 0/25
32 h-m-p  1.6000 8.0000   0.0295 CC     1179.629940  1 1.3740  1166 | 0/25
33 h-m-p  1.6000 8.0000   0.0053 C      1179.627401  0 1.5280  1219 | 0/25
34 h-m-p  1.6000 8.0000   0.0023 YC     1179.627116  1 1.1520  1273 | 0/25
35 h-m-p  1.6000 8.0000   0.0010 Y      1179.627100  0 1.1524  1326 | 0/25
36 h-m-p  1.6000 8.0000   0.0000 C      1179.627099  0 1.5731  1379 | 0/25
37 h-m-p  1.1276 8.0000   0.0001 C      1179.627099  0 1.3352  1432 | 0/25
38 h-m-p  1.6000 8.0000   0.0000 Y      1179.627099  0 1.2649  1485 | 0/25
39 h-m-p  1.2958 8.0000   0.0000 C      1179.627099  0 1.3752  1538 | 0/25
40 h-m-p  1.6000 8.0000   0.0000 ----------------..  | 0/25
41 h-m-p  0.0160 8.0000   0.0004 ----Y  1179.627099  0 0.0000  1662
Out..
lnL  = -1179.627099
1663 lfun, 1663 eigenQcodon, 38249 P(t)
Calculating SE's

d123
  • =  0.00977  0.01025  0.00605  average  0.00869
        [B] =  0.00493  0.00503  0.00503  average  0.00499
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.01018 dS =  0.00499 d4 =  0.00519 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.00973 dS*=  0.00564 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.02803  0.02938  0.01735  average  0.02492
        [B] =  0.01414  0.01441  0.01441  average  0.01432
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.02919 dS =  0.01432 d4 =  0.01487 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.02791 dS*=  0.01616 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.05387  0.05647  0.03334  average  0.04789
        [B] =  0.02717  0.02770  0.02770  average  0.02752
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.05611 dS =  0.02752 d4 =  0.02858 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.05365 dS*=  0.03106 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.00735  0.00770  0.00455  average  0.00653
        [B] =  0.00371  0.00378  0.00378  average  0.00375
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.00765 dS =  0.00375 d4 =  0.00390 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.00732 dS*=  0.00424 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.02318  0.02430  0.01434  average  0.02061
        [B] =  0.01169  0.01192  0.01192  average  0.01184
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.02414 dS =  0.01184 d4 =  0.01230 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.02308 dS*=  0.01336 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.02622  0.02749  0.01623  average  0.02331
        [B] =  0.01322  0.01348  0.01348  average  0.01340
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.02731 dS =  0.01340 d4 =  0.01391 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.02611 dS*=  0.01512 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.00975  0.01022  0.00603  average  0.00867
        [B] =  0.00492  0.00501  0.00501  average  0.00498
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.01016 dS =  0.00498 d4 =  0.00517 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.00971 dS*=  0.00562 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.03741  0.03921  0.02315  average  0.03326
        [B] =  0.01887  0.01924  0.01924  average  0.01911
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.03896 dS =  0.01911 d4 =  0.01984 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.03725 dS*=  0.02157 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.01487  0.01559  0.00920  average  0.01322
        [B] =  0.00750  0.00765  0.00765  average  0.00760
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.01549 dS =  0.00760 d4 =  0.00789 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.01481 dS*=  0.00857 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.05399  0.05660  0.03341  average  0.04800
        [B] =  0.02723  0.02776  0.02776  average  0.02759
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.05624 dS =  0.02759 d4 =  0.02864 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.05377 dS*=  0.03113 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.00978  0.01026  0.00605  average  0.00870
        [B] =  0.00493  0.00503  0.00503  average  0.00500
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.01019 dS =  0.00500 d4 =  0.00519 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.00974 dS*=  0.00564 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.07700  0.08071  0.04765  average  0.06845
        [B] =  0.03884  0.03959  0.03959  average  0.03934
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.08020 dS =  0.03934 d4 =  0.04084 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.07668 dS*=  0.04439 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.01615  0.01693  0.01000  average  0.01436
        [B] =  0.00815  0.00831  0.00831  average  0.00825
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.01683 dS =  0.00825 d4 =  0.00857 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.01609 dS*=  0.00931 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.06712  0.07036  0.04154  average  0.05967
        [B] =  0.03385  0.03451  0.03451  average  0.03429
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.06991 dS =  0.03429 d4 =  0.03560 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.06684 dS*=  0.03870 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.02084  0.02185  0.01290  average  0.01853
        [B] =  0.01051  0.01072  0.01072  average  0.01065
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.02171 dS =  0.01065 d4 =  0.01106 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.02076 dS*=  0.01202 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.01452  0.01522  0.00899  average  0.01291
        [B] =  0.00733  0.00747  0.00747  average  0.00742
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.01513 dS =  0.00742 d4 =  0.00770 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.01446 dS*=  0.00837 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.01542  0.01616  0.00954  average  0.01371
        [B] =  0.00778  0.00793  0.00793  average  0.00788
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.01606 dS =  0.00788 d4 =  0.00818 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.01535 dS*=  0.00889 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.02069  0.02168  0.01280  average  0.01839
        [B] =  0.01043  0.01064  0.01064  average  0.01057
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.02155 dS =  0.01057 d4 =  0.01097 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.02060 dS*=  0.01193 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.00453  0.00474  0.00280  average  0.00402
        [B] =  0.00228  0.00233  0.00233  average  0.00231
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.00471 dS =  0.00231 d4 =  0.00240 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.00451 dS*=  0.00261 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.02864  0.03003  0.01773  average  0.02547
        [B] =  0.01445  0.01473  0.01473  average  0.01464
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.02984 dS =  0.01464 d4 =  0.01520 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.02853 dS*=  0.01652 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.00862  0.00904  0.00534  average  0.00767
        [B] =  0.00435  0.00443  0.00443  average  0.00441
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.00898 dS =  0.00441 d4 =  0.00457 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.00859 dS*=  0.00497 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.02354  0.02467  0.01457  average  0.02093
        [B] =  0.01187  0.01210  0.01210  average  0.01203
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.02452 dS =  0.01203 d4 =  0.01249 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.02344 dS*=  0.01357 S* =  69.55 N* = 203.45

    d123
  • =  0.06998  0.07336  0.04331  average  0.06221
        [B] =  0.03530  0.03598  0.03598  average  0.03575
    accept  =  1.98259  2.03861  1.20354

    w =  2.03861 dN =  0.07289 dS =  0.03575 d4 =  0.03712 (47.7 four-fold sites)
                 dN*=  0.06969 dS*=  0.04035 S* =  69.55 N* = 203.45

    Time used:  0:26
    		•
    回复此楼

    » 猜你喜欢
    1楼 2015-01-10 11:35:35
    		已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

    小小的散

    新虫 (初入文坛)
    我用的是example文件...各项设置都是默认的...
    用pamlx做codeml的结果怎么分析？
    搜狗截图20150110113658.png
    赞一下 回复此楼
    2楼2015-01-10 11:37:56
    		已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

    wizardfan

    至尊木虫 (著名写手)

    优秀版主

    【答案】应助回帖

    感谢参与，应助指数 +1
    you really need to read the manual.
    The most important concepts: dN, dS, dN/dS and parameters NSsite.

    Your selection is to test the whole sequence, not individual sites.
    赞一下(1人) 回复此楼
    3楼2015-01-11 10:13:12
    		已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

    yany19900707

    铁虫 (初入文坛)
    请问楼主问题解决了吗？我的问题跟你一模一样
    赞一下 回复此楼
    NO.1
    4楼2015-12-08 10:01:38
    		已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
    相关版块跳转 我要订阅楼主 小小的散 的主题更新
    41/1返回列表
    普通表情 龙 兔 虎 猫
    信息提示
    关闭
    请填处理意见
    关闭