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windows下bioperl怎么调用clustalw比对序列。
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最近LZ对bioperl比较着迷，windows环境下，安装好了biopel和clustalw。clustalw路径为C:\Program Files (x86)\ClustalW2. 代码如下 use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw; use Bio::AlignIO; @params= ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM'); $factory= Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params); $inputfilename = '1.fa'; $in = $factory->align($inputfilename); $out = Bio::AlignIO->new(-file => ">outputfilename", -format => 'pfam'); while ( my $aln = $in->next_aln ) { $out->write_aln($aln); } 运行后出现  我猜原因就出在bioperl不能找到Clustalw程序。由于在windows环境下，代码开始端添加BEGIN { $ENV{CLUSTALDIR} = 'C:\Program Files (x86)\ClustalW2' }也不行。windos环境下虽然system函数可以调用Clustalw，但终究是不方便。 同样的道理PAML中Codeml怎么调用，Bio::Tools:: Phylo:: PAML::Codeml，PAML中Codeml被我安在了'C:\paml4.7\bin\codeml.exe' 跪求高手赐教。 |
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