| 查看: 2259 | 回复: 5 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
[求助]
关于Ewald sum算法的相关问题 已有1人参与
|
||||
|
自己作死地用C编写Monte Carlo的代码，模拟的具体问题是粘土矿物对Ar的吸附。 然后需要加上Ewald Sum算法的问题算矿物羟基的长程力。 但是这个矿物是三斜晶系的，书上给的Ewald Sum是立方格子。 我查过LAMMPS里面，前几年有个Ewald/n方法专门算三斜格子，现在和Ewald本身合并了。 我决定用三斜的格子算，因为矿物的周期性是三斜的，用立方重复不了。但是实验室其他人不搞算法，他们说关于三斜粘土矿物的文献，没有听过把格子划分为三斜格子的说法。 我认为算短程力的格子可以是立方的，但长程力不行，那些文献里没有写清楚。 不知道我的观点正不正确，因为我只能找到立方格子的源码和伪代码，没见过三斜的代码。 还有，如果有编程简单一点的，被大家比较公认的算长程力的算法，求推荐。我已经要被Ewald sum坑死了。 |
回复此楼» 猜你喜欢
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有49人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有21人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有5人回复
-
国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率
已经有8人回复
-
各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。
已经有7人回复
-
filecode
已经有10人回复
-
奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样
已经有11人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有8人回复
-
应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键
已经有37人回复
-
好奇怪的filecode
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于pwscf进行优化的问题
已经有5人回复
- gromacs运行问题
已经有9人回复
- LDA+U遇到的一个奇怪的问题？？？
已经有14人回复
- [求助成功]VASP 计算 graphene 的错误
已经有15人回复
- 分子动力学模拟长程库仑势的处理问题
已经有8人回复
- 【分享】分子模拟中作图和看轨迹的软件vmd windows版下载及使用手册
已经有13人回复
王慧1021
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1018.5
- 帖子: 140
- 在线: 144.6小时
- 虫号: 1535805
- 注册: 2011-12-13
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
5楼2015-01-13 11:48:52
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
★
感谢参与，应助指数 +1
Waxwane(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-11 12:37:23
感谢参与，应助指数 +1
Waxwane(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-11 12:37:23
|
Ewald的k空间求和里的傅立叶变换还是在直角坐标系下进行，理论上来讲跟你用什么晶系关系不大。也就是说你依然可以把盒子里的电荷密度做一个傅立叶变换然后求和。 不过有一点技术上我没太想明白的是在三斜晶系里做傅立叶变换，倒格子的格矢如何选取。立方盒子格矢很容易选取，直接2pi/L就可以了。三斜晶系下可能要做点额外处理来获得一组正交的倒格子格矢？ 实空间部分求和跟你的晶系有一定关系，但这一部分很容易处理，因为只是个短程相互作用＋考虑minimum image convention。 |
2楼2015-01-11 03:35:12
3楼2015-01-11 18:31:08
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
|
看不懂你在说什么。 我又看了一下DL_POLY中Ewald sum的代码，对于所有晶格，它们k空间部分的处理是这样的。 1.先从晶格的格矢得到倒格子(reciprocal lattice）的格矢 2. 由倒格子的格矢再构建一组正交的k空间矢量 3. 有了这组正交的k空间矢量，就可以获得kmax并进行下一步k空间的计算了。 对于步骤2，如果是立方盒子，这一步相当于什么都没做，因为原先倒格子的格矢就是正交的。但对于三斜的格子，因为其倒格子格矢不是正交的，这一步就可以获得一组正交的k空间矢量。步骤2的算法的大概意思是，对于三斜晶系，总可以找到一组正交的格矢，它们形成的晶胞体积跟原晶胞相等。 如果你想看dlpoly的代码，可以在网上搜DL_POLY classic的代码（下载需要注册，但免费）。Ewald的代码在文件ewald_module.f里，参看subroutine ewald1. |
4楼2015-01-12 01:20:43
