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木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】用Discover中的Analysis模块分析“Elastic properties (static)”？

先来说一下我的操作步骤：

首先导入一个MS自带的模型文件，地址是“C:\Program Files\Accelrys\Materials Studio 4.2\Structures\polymers\crystalline\nylon-6-6-alpha.msi”，而后把氢原子加上；

依次点击“Discover”-->“Analysis”-->“Mechanical”-->“Elastic properties (static)”；

在“Apply analysis to”下选择“Current structure in nylon-6-6-alpha”；

单击“Analyze”开始计算。

这是程序生成的inp文件（删掉了一些没用的注释）

CODE:

# 

  autoEcho off 

# 

# Begin Forcefield Section 

  begin forcefield = compass

# 

# Nonbond section: 

  forcefield nonbond \

      +separate_coulomb \

    vdw \

    summation_method = atom_based \

      cutoff = 9.50 \

      spline_width = 1.00 \

      buffer_width = 0.50 \

    coulomb \

    summation_method = ewald \

      ewald_accuracy = 1.e-002 \

      update_width = 1.00 \

    dielectric_value = 1.0000

#

# vdW long range energy correction

  vdWTailCorrection 9.50

# End Forcefield Section

#

analysis \

         method = Elastic_Static

计算完成后，得到了一个out文件(我删掉了一些没用的东西):

CODE:

INPUT FILES

___________

File Type                Name

---------                ----

Forcefield                C:\PROGRA~1\Accelrys\MATERI~1.2\Discover\..\Data\Discover\res/compass.frc

Molecular data                nylon-6-6-alpha.mdf

Coordinate                 nylon-6-6-alpha.car

Space Group (P-1)

Periodic Boundary Conditions

____________________________

                Length (A)                Angle (degrees)

                ----------                ---------------

                a  4.90000                alpha  48.50000

                b  5.40000                beta   77.00000

                c 17.20000                gamma  63.50000

MOLECULAR TOPOLOGY

__________________

Number of molecules:                     1

Number of residues:                     1

Number of atoms:                    46 (asymmetric unit: 19)

Number of atom types:                     7

Number of bonds:                    38

Number of consolidated angles:            72

Number of consolidated torsions:   104

Number of bond_bond_1_3s:           104

Number of angle-angles:                   132

Number of out-of-planes:             4

FORCEFIELD OPTIONS

__________________

Filename                  : compass.frc

Definition name                  : cff91

Version                          : 2.7

Last modification date          : 7/28/2006

# of automatic parameters : 0

NONBOND ENERGY CUTOFFS

______________________

                Cutoff (A)        Spline Width (A)        Buffer Width (A)

vdW                  9.50                     1.00                     0.50

Coulomb                   --                       --                       -- 

NONBOND ENERGY EWALD PARAMETERS

_______________________________

                Accuracy (kcal/mol)        Update Width (A)

vdW                   --                               -- 

Coulomb                  0.01000000                     1.00

Summation method for vdW        : Atom based

Summation method for Coulomb        : Ewald

Dielectric                        : 1.00

NOTE: Pressure and energy tail corrections will be added to all subsequent energy evaluations

Total time used by DISCOVER: 6.59 secs

Completion date: Sat May 31 17:38:15 2008

Exiting Discover: status OK.