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qugm110

木虫 (正式写手)

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[资源] 【讨论】初级菜鸟学习Linux和Gromacs的经历入门篇（一）

说起我为什么要学习Linux和Gromacs实属无奈，本人小硕是个三流学院的化工专业毕业的，出于对自己未来发展的考虑，想到换个专业吧，结果一不小心通过考博考到了胶体化学方向来了，虽说有点基础但是在这里是在是谈不上，这几年竞瞎混了，虽说是在做科研，但是基本上是跟着市场走，老板拿来什么题，就做什么题，没有什么确定的方向！所以现在也不赶把自己当成个科研工作者！
谈谈正题吧，博士题目基本上是自己定的，同老板商量了一下，老板说你再做合成和表征延续下去也没有什么创新点，还不如搞点新的东西，当时一时冲动说没有问题，结果就是今天的处境！吃不好一片睡不好，吃嘛嘛不香！
最初看到MD的资料是在小木虫上和山大的一篇论文觉得对自己很有帮助，基本上用这种工具把自己的想法实现了就可以了！实则不然，我想以后出现的问题会更多！所以本人十分珍惜与论坛网友交流的机会，以后若有不懂的地方还请各位网友多多帮助！山大的用的是MS，没有办法，太贵了，加之当时考虑到如果用D版以后发文章会涉及到版权的问题，所以一狠心用 gmx吧！对我来说什么都是新的知识,都要重头学习，所以无所谓!
LINUX的教训，一开始分区的时候没有搞好，最后晕了，一不小心把我这几年的电脑资料全都弄光了，当时欲哭无泪呀，用了几天 Redhat觉得很麻烦，自己感觉也不是还容易上手，很多问题都搞不清楚，在红联论坛上曾经下载过一份Linux的教程，看到Ubuntu可以申请光盘，然后就填了一份表格，没有想到的是还真给寄来了，然后就改用Ubuntu了，Ubuntu的安装和使用我自己感觉还是比较容易的，以前用Redhat的时候曾装过双系统的也装过虚拟机的，但是感觉不好很繁琐，不容易上手！把Ubuntu的光盘在XP下放入光驱后，光驱自动运行后出现了，安装在XP下，心里不禁一热，犹豫了一下，想到前一次删掉资料的经历，想还是试试看吧！不试不知道，还真的顺利的安装了！而且XP下的硬盘都显示出来了，U盘也可以自动识别了！太好了，这些在虚拟机和redhat上我都没有实现！所以现在铁心就用Ubunt！目前困扰我的最大的问题是不能上网，我们学校用的是锐捷的上网认证软件，很麻烦，我到现在也不明白学校为什么非得用这么个东西，弄了两天也没有弄好！现在还是不行，所以还是有点失败！555，不过我想肯定会弄好的，只是时间的问题，各位网友有什么好的意见和建议可以发给我！这几天最大的感受就是网络太好了，感谢baidu和google,没有他们我不会认识咱们论坛的各位网友和QQ群
Gromac的安装参照网友的经验，也是下载了fftw 和gromacs,用Ubuntu时安装软件时记住su root这个命令，还要提前把CPP，gcc，g++， g77等安装好，我是把笔记本带回家，用ＤＨＣＰ上网，然后新立得搜索安装的，fftx 和gromacs 也是用新立得安装的，只不过在安装完后找不到tutor，所以后来求助网友杉杉**，他告诉我再用,/configure --enable-float,,,make .....make install跑一次，果真好用了！不知道这是为什么，现在正在参照Tutor学习跑speptide呢，基本上开始有点入门了，以后一边用再一边学吧！今天先写到这里吧！以后有不懂的问题还请大家多多帮助！过几天我把Ubuntu安装使用过程中我用的基本命令贴出来分享，希望能对大家有所帮助！总之，希望我们共同进步！

[ Last edited by qugm110 on 2008-5-29 at 22:54 ]

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