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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 高手求解：用paup软件多次跑的mp树生成的CI值和RI值总是变动
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yanliefeng

新虫 (初入文坛)

[求助] 高手求解：用paup软件多次跑的mp树生成的CI值和RI值总是变动 已有1人参与

如题，我用同一nex文件构建的mp树得到的树长、RI、CI值总是不一样的是怎么回事啊啊啊
这是我放在nex文件最后的命令：
begin paup;
log file=****.log;
set autoclose =yes;
set criterion = parsimony;
set root = outgroup;
set storebrlens = yes;
set increase=prompt;
outgroup *** ***;
bootstrap nreps=1000 search=heuristic conlevel=50 / addseq=random nreps=10 swap=tbr hold=1;
savetrees from=1 to=1 file=****.tre format= altnex brlens = yes
savebootp = NodeLabels MaxDecimals=0;
pscores /TL=yes CI=yes RI=yes RC=Yes HI=Yes;
end;
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1楼 2014-12-26 19:40:09
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yanliefeng

新虫 (初入文坛)
我的实验类群亲缘关系很近，我看文献都说mp树对亲缘关系近的类群比较可靠啊~~
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3楼2014-12-28 17:59:08
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arfield88

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
为什么要跑mp树嘞
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2楼2014-12-26 20:15:52
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