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【交流】MS计算所需要的文件的探讨（1）
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一、 MS运行需要哪些文件 在ms模块中搭建好所需要的的结构，然后点一个模块比如castep下拉菜单中的“calcualtion”，出现一个菜单，在该菜单最下方出现三个选项，run，files，help，我们选择点击“files”，然后点击“save files”。这个时候你建立的结构就会默认保存在项目下。你将会发现项目下有很多文件（到工具栏下设置下显示隐藏的文件）。 1. 结构优化 将会在目录中发现如下文件：非隐藏文件（*.param,*.xsd, SMCastep_Extension_*.xms）,隐藏文件（*.cell,*.kpaux,*.trjaux）。 1)*.param文件： comment : CASTEP calculation from Materials Studio task : GeometryOptimization xc_functional : PBE spin_polarized : false opt_strategy : Speed page_wvfns : 0 cut_off_energy : 550.000000000000000 grid_scale : 1.500000000000000 finite_basis_corr : 2 finite_basis_npoints : 3 elec_energy_tol : 5.000000000000000e-007 max_scf_cycles : 100 fix_occupancy : true metals_method : dm mixing_scheme : Pulay mix_charge_amp : 0.500000000000000 mix_charge_gmax : 1.500000000000000 mix_history_length : 20 nextra_bands : 0 geom_energy_tol : 5.000000000000000e-006 geom_force_tol : 0.010000000000000 geom_stress_tol : 0.020000000000000 geom_disp_tol : 5.000000000000000e-004 geom_max_iter : 100 geom_method : BFGS fixed_npw : false geom_modulus_est : 500.000000000000000 GPa calculate_stress : true popn_calculate : false calculate_densdiff : false pdos_calculate_weights : false num_dump_cycles : 0 由此可以看出*.param文件为参数文件，具体意义和castep中的calculation TAB一样 2)*.xsd 为ms特有的晶体结构文件 3) SMCastep_Extension_*.xms 为计算任务文件 4)*.cell文件 %BLOCK LATTICE_CART 4.433337044187580 0.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 4.436194540426790 0.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 2.964214040510110 %ENDBLOCK LATTICE_CART 直角坐标系下晶格常数a,b,c %BLOCK POSITIONS_FRAC O 0.3056677837013660 0.3069474983283770 0.0000000000000000 O -0.3056677837013660 -0.3069474983283770 0.0000000000000000 O 0.1943322162986340 0.8069474983283771 0.5000000000000000 O 0.8056677837013661 0.1930525016716231 0.5000000000000000 Sn 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 Sn 0.5000000000000000 0.5000000000000000 0.5000000000000000 %ENDBLOCK POSITIONS_FRAC 原子的分数坐标 %BLOCK KPOINTS_LIST 0.4166666666666667 0.4166666666666667 0.4375000000000000 0.027777777777778 0.4166666666666667 0.4166666666666667 0.3125000000000000 0.027777777777778 ……………………………………………………………………………………………………….. %ENDBLOCK KPOINTS_LIST 结构优化所需要的K点 %BLOCK SYMMETRY_OPS 1.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 1.000000000000000 0.000000000000000 ……………………………………………………………………………………………. %ENDBLOCK SYMMETRY_OPS 对称性操作 FIX_COM : false %BLOCK IONIC_CONSTRAINTS %ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS 如果结构优化时候有把原子固定，这里就有被固定的原子的坐标了 %BLOCK EXTERNAL_PRESSURE 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 %ENDBLOCK EXTERNAL_PRESSURE 结构优化时候如果设置压力，将会出现压力值，这里压力值为0 %BLOCK SPECIES_MASS O 15.9989995956 Sn 118.6900024414 %ENDBLOCK SPECIES_MASS 元素的质量 %BLOCK SPECIES_POT O O_00.recpot Sn Sn_00.recpot %ENDBLOCK SPECIES_POT 所用的赝势 %BLOCK SPECIES_LCAO_STATES O 2 Sn 3 %ENDBLOCK SPECIES_LCAO_STATES 这个没弄明白：（ 5) *.kpaux MP_GRID : 6 6 8 MP_OFFSET : 0.000000000000000e+000 0.000000000000000e+000 0.000000000000000e+000 %BLOCK KPOINT_IMAGES 8 1 2 3 4 5 6 7 8 8 1 2 3 4 5 6 7 8 ……………………………………………… %ENDBLOCK KPOINT_IMAGES MP_GRID:K点采样密度 MP_OFFSET: KPOINT_IMAGES:这个不大理解 6) *.trjaux # Atom IDs to appear in any .trj file to be generated. # Correspond to atom IDs which will be used in exported .msi file # required for animation/analysis of trajectory within Cerius2. 1 3 4 5 2 6 #Origin 0.000000000000000e+000 0.000000000000000e+000 0.000000000000000e+000 这个不大理解 2. 能带计算 比结构优化多出几个文件（*_BandStr.cell,*_ BandStr.kptaux,*_ BandStr.param） 7) *_BandStr.cell %BLOCK LATTICE_CART 4.433337044187580 0.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 4.436194540426790 0.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 2.964214040510110 %ENDBLOCK LATTICE_CART %BLOCK POSITIONS_FRAC O 0.3056677837013660 0.3069474983283770 0.0000000000000000 O -0.3056677837013660 -0.3069474983283770 0.0000000000000000 O 0.1943322162986340 0.8069474983283771 0.5000000000000000 O 0.8056677837013661 0.1930525016716231 0.5000000000000000 Sn 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 Sn 0.5000000000000000 0.5000000000000000 0.5000000000000000 %ENDBLOCK POSITIONS_FRAC %BLOCK BS_KPOINT_LIST 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.015151515151515 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0454545454545455 0.015151515151515 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0909090909090909 0.015151515151515 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.1363636363636364 0.015151515151515 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.1818181818181818 0.015151515151515 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.2272727272727273 0.015151515151515 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.2727272727272727 0.015151515151515 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.3181818181818182 0.015151515151515 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.3636363636363637 0.015151515151515 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.4090909090909091 0.015151515151515 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.4545454545454546 0.015151515151515 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.015151515151515 ……………………………………………………………………………………………………….. %ENDBLOCK BS_KPOINT_LIST FIX_COM : false %BLOCK IONIC_CONSTRAINTS %ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS %BLOCK SPECIES_MASS O 15.9989995956 Sn 118.6900024414 %ENDBLOCK SPECIES_MASS %BLOCK SPECIES_POT O O_00.recpot Sn Sn_00.recpot %ENDBLOCK SPECIES_POT %BLOCK SPECIES_LCAO_STATES O 2 Sn 3 %ENDBLOCK SPECIES_LCAO_STATES 说明：与结构优化不同的地方就是KPOINT_LIST，这些都是沿着布里渊区的特殊K点 8)*_BandStr.kptaux %BLOCK KPOINT_PATH_INFO 1 G1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 Z 13 14 15 16 17 18 19 20 T 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 Y 32 33 34 35 36 37 38 39 S 40 41 42 43 44 45 46 47 X 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 U 59 60 61 62 63 64 65 66 R2 %ENDBLOCK KPOINT_PATH_INFO 说明：这是表示计算band structure时候沿着特殊K点计算，并对特殊K点标记 9) *_BandStr.param task : BandStructure continuation : default spin_polarized : false bs_nextra_bands : 12 opt_strategy : Memory page_wvfns : -1 bs_eigenvalue_tol : 1.000000000000000e-005 calculate_stress : false popn_calculate : false calculate_densdiff : false pdos_calculate_weights : false num_dump_cycles : 0 说明：能带计算的参数文件 |
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