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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【讨论】ms 不同文件中的基矢和原子坐标为什么不同？
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nodding

木虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】ms 不同文件中的基矢和原子坐标为什么不同？

请教各位， 我把结构建模后导出.cif 文件，可以看到a,b,c ,基矢，各个原子坐标。

但发现在计算后的输出文件，a，b，c和各个原子坐标，但明显不同啊，谁能解释一下。
下边给出例子：

通过结构建模后导出的：
_cell_length_a                    9.6101
_cell_length_b                    9.6101
_cell_length_c                    4.2600
_cell_angle_alpha                 90.0000
_cell_angle_beta                  90.0000
_cell_angle_gamma                 120.0000
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_adp_type
_atom_site_occupancy
C1     C     0.86904   0.74809   0.47051   0.00000  Uiso   1.00
C2     C     0.86904   0.74809   0.80385   0.00000  Uiso   1.00
C3     C     0.81286   0.83747   0.97051   0.00000  Uiso   1.00
C4     C     0.81286   0.83747   0.30385   0.00000  Uiso   1.00
C5     C     0.70904   0.87547   0.47051   0.00000  Uiso   1.00
C6     C     0.70904   0.87547   0.80385   0.00000  Uiso   1.00
C7     C     0.57341   0.85630   0.97051   0.00000  Uiso   1.00
C8     C     0.57341   0.85630   0.30385   0.00000  Uiso   1.00
C9     C     0.42659   0.78290   0.47051   0.00000  Uiso   1.00
C10    C     0.42659   0.78290   0.80385   0.00000  Uiso   1.00
C11    C     0.29096   0.66642   0.97051   0.00000  Uiso   1.00
C12    C     0.29096   0.66642   0.30385   0.00000  Uiso   1.00
C13    C     0.18714   0.52461   0.47051   0.00000  Uiso   1.00
C14    C     0.18714   0.52461   0.80385   0.00000  Uiso   1.00
C15    C     0.13096   0.37905   0.97051   0.00000  Uiso   1.00
C16    C     0.13096   0.37905   0.30385   0.00000  Uiso   1.00
C17    C     0.13096   0.25191   0.47051   0.00000  Uiso   1.00
C18    C     0.13096   0.25191   0.80385   0.00000  Uiso   1.00
C19    C     0.18714   0.16253   0.97051   0.00000  Uiso   1.00
C20    C     0.18714   0.16253   0.30385   0.00000  Uiso   1.00
C21    C     0.29096   0.12453   0.47051   0.00000  Uiso   1.00
C22    C     0.29096   0.12453   0.80385   0.00000  Uiso   1.00
C23    C     0.42659   0.14370   0.97051   0.00000  Uiso   1.00
C24    C     0.42659   0.14370   0.30385   0.00000  Uiso   1.00
C25    C     0.57341   0.21710   0.47051   0.00000  Uiso   1.00
C26    C     0.57341   0.21710   0.80385   0.00000  Uiso   1.00
C27    C     0.70904   0.33358   0.97051   0.00000  Uiso   1.00
C28    C     0.70904   0.33358   0.30385   0.00000  Uiso   1.00
C29    C     0.81286   0.47539   0.47051   0.00000  Uiso   1.00
C30    C     0.81286   0.47539   0.80385   0.00000  Uiso   1.00
C31    C     0.86904   0.62095   0.97051   0.00000  Uiso   1.00
C32    C     0.86904   0.62095   0.30385   0.00000  Uiso   1.00





计算后生成的文件.outmol
INCOOR, atomic coordinates in au (for archive):
______________________________________________________________________>8

$cell vectors
             18.16045572284231    0.00000000000000    0.00000000000000
             -9.08022786142115   15.72741600028393    0.00000000000000
              0.00000000000000    0.00000000000000    8.05023271134622
$coordinates
C             8.98932562197133   11.76556041811238    3.78774915737165
C             8.98932562197133   11.76556041811238    6.47116006115372
C             7.15747396388918   13.17118963479853    7.81286551304476
C             7.15747396388918   13.17118963479853    2.44604370548062
C             4.92715269775326   13.76880241690058    3.78774915737165
C             4.92715269775326   13.76880241690058    6.47116006115372
C             2.63790801784829   13.46741763646759    7.81286551304476
C             2.63790801784829   13.46741763646759    2.44604370548062
C             0.63825667418291   12.31291839608169    3.78774915737165
C             0.63825667418291   12.31291839608169    6.47116006115372
C            -0.76737254061351   10.48106673799954    7.81286551304476
C            -0.76737254061351   10.48106673799954    2.44604370548062
C            -1.36498532271557    8.25074546997390    3.78774915737165
C            -1.36498532271557    8.25074546997390    6.47116006115372
C            -1.06360054228257    5.96150079006892    7.81286551304476
C            -1.06360054228257    5.96150079006892    2.44604370548062
C             0.09089869810333    3.96184944829327    3.78774915737165
C             0.09089869810333    3.96184944829327    6.47116006115372
C             1.92275035618548    2.55622023349685    7.81286551304476
C             1.92275035618548    2.55622023349685    2.44604370548062
C             4.15307162232139    1.95860744950507    3.78774915737165
C             4.15307162232139    1.95860744950507    6.47116006115372
C             6.44231630222636    2.25999222993806    7.81286551304476
C             6.44231630222636    2.25999222993806    2.44604370548062
C             8.44196764589175    3.41449147032396    3.78774915737165
C             8.44196764589175    3.41449147032396    6.47116006115372
C             9.84759686068817    5.24634313029584    7.81286551304476
C             9.84759686068817    5.24634313029584    2.44604370548062
C            10.44520964279022    7.47666439643175    3.78774915737165
C            10.44520964279022    7.47666439643175    6.47116006115372
C            10.14382486235722    9.76590907633673    7.81286551304476
C            10.14382486235722    9.76590907633673    2.44604370548062
$end

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-26 at 16:04 ]
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1楼 2008-05-23 23:19:18
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hopingzmn

金虫 (知名作家)
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):感谢参与！欢迎常来！
有可能输出文件中的C坐标为笛卡尔坐标，而刚开始给的C坐标是分数坐标
赞一下(10人) 回复此楼
淡定
2楼2008-05-24 10:49:07
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nodding

木虫 (小有名气)
请问对于碳管，两种写法怎么转化的，谢了
引用回帖:
Originally posted by hopingzmn at 2008-5-24 10:49:
有可能输出文件中的C坐标为笛卡尔坐标，而刚开始给的C坐标是分数坐标

赞一下 回复此楼
3楼2008-05-25 10:04:46
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hopingzmn

金虫 (知名作家)
回楼上的，不清楚，没有做过碳纳米管
赞一下 回复此楼
淡定
4楼2008-05-25 11:05:06
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spur

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
如果是将纳米管放置在一个大的盒子中，或者计算的体系本来具有周期性，则直接用castep-->calculation-->save file,然后在文件夹下找到隐藏文件.cell，这里面就是分数坐标。
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2008-05-25 11:28:17
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wangqj1

铁杆木虫 (著名写手)
gjhghjgggj
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6楼2008-09-05 20:22:45
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