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hyf9901

铁杆木虫 (著名写手)


[资源] 常用生物学分析网站

综合工具

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

http://www.bionavigator.com , 功能最为完整的网上服务器。包括核酸的酶切位点、motif、开读框等搜索,PCR引物设计,二级结构预测,多序列比较及分子进化树构建,等等;蛋白分析则包括酶切图谱,功能区搜索,分子进化分析,蛋白二级结构预测,等等;此外还提供序列管理等功能。收费站点,但提供两周的全功能免费试用期

http://bioinformatics.weizamann.ac.il/gdp/gdp.html , 另一个综合性的提供序列分析功能的网站

http://www.hgsc.bcm.tmc.edu ,内容丰富的站点,有数据库及教程、在线分析工具等,常用其预测编码区、搜索启动子和结合位点等功能

编码区统计特性分析

http://cbrg.inf.ethz.ch ,常用其基因预测及验证功能,预测DNA序列的外显子。 还有其它一些在线服务

启动子及调控元件分析

BDGP-promoter

Tfsitescan

内含子/外显子剪接位点

NetGene服务的Email地址是: netgene@cbs.dtu.dk

重复序列分析

CENSOR的Email服务地址是: censor@sharon.lpi.org

XBLAST: ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/jmc

Repbase: ftp://ncbi/nlm.nih.gov/repository/repbase/REF

从氨基酸组成辨识蛋白质

ExPASy: http://www.expasy.ch/tools/

PROSEARCH: http://www.embl-heidelberg.de/prs.html

预测蛋白质的物理性质: 等电点、分子量、酶切特性、疏水性、电荷分布等

ExPASy: http://www.expasy.ch/tools/ ,有较多的蛋白分析工具,包括分子量、亲疏水性、表面积、二级结构、与SWISS-PROT数据库收录分子同源性比较、极性、折射率等分析

FASTA: ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/

SAPS: http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html

跨膜区预测: http://www.isrec.isb-sib.ch/software/tmpred_from.html

蛋白质二级结构预测

nnPredict: http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html

PredictProtein: http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/

PredictProtein的国内镜像: http://www.cbi.pku.edu.cn/predictprotein/

SOPMA: http://pbil.ibcp.fr/

二级结构预测: www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict-instrucs.html

卷曲螺旋预测

COILS: http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html

跨膜区段和在膜上的取向预测

TMpred: http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html

信号肽的剪切位点

SignalP: http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

蛋白质的三维结构

SWISS-MODEL: http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html

CPHmodels: http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/




启动子分析网站:

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalscan.html
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
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