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赵慧铮铜虫 (著名写手)
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耐药基因测序和mlst 已有3人参与
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我是做细菌耐药的，本人对于分子生物学刚刚入门，很多都还是不太明白，我想问下： 1.细菌耐药基因扩增出来之后为什么要进行测序，然和和genbank进行比对，是查看有没有位点的突变吗？就算是存在突变，还是对抗生素耐药，这又有什么作用呢？ 2.细菌做MLST的作用是什么？进行分型，然后查看是否有同源性吗？PCR扩增出看家基因之后需要做些什么？ 多谢各位了！！！ |
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1.细菌耐药基因扩增出来之后为什么要进行测序，然和和genbank进行比对，是查看有没有位点的突变吗？就算是存在突变，还是对抗生素耐药，这又有什么作用呢？ 测序看具体哪些位点突变了，不同的突变可能导致的耐药性不同，便于治疗前后预测药效或对症下药。 2.细菌做MLST的作用是什么？进行分型，然后查看是否有同源性吗？PCR扩增出看家基因之后需要做些什么？ 同理，不同分型的耐药性可能不一致。 |
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赵慧铮
2楼2014-12-15 10:37:02
sxxuan
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5楼2014-12-15 18:01:03
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1.细菌耐药基因扩增出来之后为什么要进行测序，然和和genbank进行比对，是查看有没有位点的突变吗？就算是存在突变，还是对抗生素耐药，这又有什么作用呢？ 和genbank进行比对是为了确定三个问题：1 PCR是否正确，有可能是假阳性，因为基因测序是金标准；2 通过测序，比对能确定这株耐药菌的耐药机制，比如一株耐碳青霉烯类的KPN，通过MHT阳性和PCR得到阳性带，在通过测序，比对得到是KPC，那么这株耐药菌的耐药机制是产生KPC酶。3 如果你通过测序发现你的目的条带总和genbank上有固定的几个位点发生变异，OK，没准你发现了一个耐药基因的新亚型， 但要排除无意义突变，也就是说基因序列不一样，模拟翻译的蛋白质序列也不一样。如果存在突变那你就要对这个耐药基因进行克隆，表达，纯化，测其酶学特性，观察这个耐药基因对其他抗生素的KM和Kcat值。我所说的这些，只适合于细菌耐药是因为产生了酶，不适合其他的如，外膜蛋白的变化以及外排泵的过度表达。 |
6楼2015-02-05 21:29:15
赵慧铮
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