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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 耐药基因测序和mlst
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赵慧铮

铜虫 (著名写手)

[求助] 耐药基因测序和mlst 已有3人参与

我是做细菌耐药的，本人对于分子生物学刚刚入门，很多都还是不太明白，我想问下：
1.细菌耐药基因扩增出来之后为什么要进行测序，然和和genbank进行比对，是查看有没有位点的突变吗？就算是存在突变，还是对抗生素耐药，这又有什么作用呢？
2.细菌做MLST的作用是什么？进行分型，然后查看是否有同源性吗？PCR扩增出看家基因之后需要做些什么？
多谢各位了！！！
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1楼 2014-12-14 23:29:06
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sxxuan

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-12-15 18:31:34
1.细菌耐药基因扩增出来之后为什么要进行测序，然和和genbank进行比对，是查看有没有位点的突变吗？就算是存在突变，还是对抗生素耐药，这又有什么作用呢？
测序看具体哪些位点突变了，不同的突变可能导致的耐药性不同，便于治疗前后预测药效或对症下药。
2.细菌做MLST的作用是什么？进行分型，然后查看是否有同源性吗？PCR扩增出看家基因之后需要做些什么？
同理，不同分型的耐药性可能不一致。
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赵慧铮
你的日子如何，你的力量也必如何！
2楼2014-12-15 10:37:02
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sxxuan

金虫 (著名写手)
http://wenku.baidu.com/view/8be493d184254b35eefd34ee.html
之前没有了解过MLST，参考一下度娘
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你的日子如何，你的力量也必如何！
3楼2014-12-15 10:40:24
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赵慧铮

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sxxuan at 2014-12-15 10:40:24
http://wenku.baidu.com/view/8be493d184254b35eefd34ee.html
之前没有了解过MLST，参考一下度娘

多谢了，不过这篇文献我看过了，可是还是不太懂
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4楼2014-12-15 12:43:42
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赵慧铮

铜虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by sxxuan at 2014-12-15 10:37:02
1.细菌耐药基因扩增出来之后为什么要进行测序，然和和genbank进行比对，是查看有没有位点的突变吗？就算是存在突变，还是对抗生素耐药，这又有什么作用呢？
测序看具体哪些位点突变了，不同的突变可能导致的耐药性 ...

首先表示感谢！对于第一个，好像我做微生物的时候没有你说的这方面原因，好像还是和世界上其他地方的菌株进行比对，以确认是不是同一克隆型，不过不是很清楚
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5楼2014-12-15 18:01:03
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刘仁坤2013

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
赵慧铮: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2015-02-05 22:23:43
1.细菌耐药基因扩增出来之后为什么要进行测序，然和和genbank进行比对，是查看有没有位点的突变吗？就算是存在突变，还是对抗生素耐药，这又有什么作用呢？
和genbank进行比对是为了确定三个问题：1 PCR是否正确，有可能是假阳性，因为基因测序是金标准；2 通过测序，比对能确定这株耐药菌的耐药机制，比如一株耐碳青霉烯类的KPN，通过MHT阳性和PCR得到阳性带，在通过测序，比对得到是KPC，那么这株耐药菌的耐药机制是产生KPC酶。3 如果你通过测序发现你的目的条带总和genbank上有固定的几个位点发生变异，OK，没准你发现了一个耐药基因的新亚型， 但要排除无意义突变，也就是说基因序列不一样，模拟翻译的蛋白质序列也不一样。如果存在突变那你就要对这个耐药基因进行克隆，表达，纯化，测其酶学特性，观察这个耐药基因对其他抗生素的KM和Kcat值。我所说的这些，只适合于细菌耐药是因为产生了酶，不适合其他的如，外膜蛋白的变化以及外排泵的过度表达。
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6楼2015-02-05 21:29:15
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赵慧铮

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 刘仁坤2013 at 2015-02-05 21:29:15
1.细菌耐药基因扩增出来之后为什么要进行测序，然和和genbank进行比对，是查看有没有位点的突变吗？就算是存在突变，还是对抗生素耐药，这又有什么作用呢？
和genbank进行比对是为了确定三个问题：1 PCR是否正确， ...

回答的条理很清楚，多谢了！不知道你是做什么细菌的，你对阴沟肠杆菌的MLST了解不？
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7楼2015-02-05 22:25:12
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刘仁坤2013

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 赵慧铮 at 2015-02-05 22:25:12
回答的条理很清楚，多谢了！不知道你是做什么细菌的，你对阴沟肠杆菌的MLST了解不？...

这个分型没有做过
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8楼2015-02-06 20:35:25
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忒男

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1.PCR完测序是为了确定你扩出来的片段是你想扩出来的基因，突变的意义不大
2.MLST算是一种归类，像ST123型，ST477型这样
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9楼2020-08-17 20:38:02
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